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J-GLOBAL ID：201902266798933062   整理番号：19A1564964

RNA配列データを用いたイネ戻し交雑近交系の初期成長速度に影響する転写産物の選択【JST・京大機械翻訳】

Selection of Transcripts Affecting Initial Growth Rate of Rice Backcrossed Inbred Lines Using RNA Sequencing Data

著者 (8件)： Fukuda Akari (Central Region Agricultural Research Center, National Agriculture and Food Research Organization, Joetsu, Japan) ,  Hirose Tatsuro (Central Region Agricultural Research Center, National Agriculture and Food Research Organization, Joetsu, Japan) ,  Aoki Naohiro (Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Kondo Satoshi (Agriculture and Biotechnology Business Division, Toyota Motor Corporation, Miyoshi, Japan) ,  Yonekura Madoka (Agriculture and Biotechnology Business Division, Toyota Motor Corporation, Miyoshi, Japan) ,  Kataoka Tomomori (Kyushu Okinawa Agricultural Research Center, National Agriculture and Food Research Organization, Fukuoka, Japan) ,  Ohto Chikara (T-Frontier Division, Toyota Motor Corporation, Toyota, Japan) ,  Nagano Atsushi J. (Faculty of Agriculture, Ryukoku University, Otsu, Japan)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 9  ページ： 1880  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 苗成長はイネの直接播種のための重要な因子である。しかし,この過程に関与する遺伝的およびトランスクリプトーム因子はほとんど知られていない。本研究では,20の戻し交雑近交系(BILs)とそれらの親品種からのRNA配列決定(RNA-Seq)データを用いて,イネ(Oryza sativa L.)におけるシュート重量に影響する転写産物を同定した。回帰モデルに対する遺伝子の選択頻度をトランスクリプトームのランダムサブセットの反復分析を用いて決定した。低温発芽性を制御するqLTG3-1遺伝子および器官伸長を減少させることが知られている短粒1遺伝子(SG1)は高頻度を示した。BILの定量的形質遺伝子座(QTL)分析は,qLTG3-1がシュート重量のQTLに含まれるが,SG1は含まれないことを明らかにした。親品種のいずれにおいても,SG1のコード領域にヌクレオチド多型は見られなかった。定量的リアルタイムPCRは,SG1発現が本研究で分析したすべての104BILsに対してシュート重量と負に相関していることを示した。発現QTL(eQTL)分析は,シュート重量のQTLと同じ領域に位置するSG1発現のeQTLを示した。しかしながら,eQTLはSG1と同じ染色体上で検出されず,遺伝子周辺のヌクレオチド多型が分析された成長段階におけるその発現に影響しないことを示唆した。全体として,これらの結果はRNA-Seqが実生成長速度に関連する転写産物を同定するための有用なツールであることを示す。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  ヌクレオチド ,  イネ属 ,  トランスクリプトーム ,  *成長速度 ,  低温 ,  遺伝 ,  *戻し交雑 ,  遺伝子 ,  発芽 ,  品種 ,  実生 ,  部分集合 ,  回帰モデル
準シソーラス用語： *転写産物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： EQTL ,  LASSO ,  Oryza sativa ,  QLTg3-1 ,  QTL ,  RNA-seq ,  SG1 ,  トランスクリプトーム

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (24件)：

• Abe A., Takagi H., Fujibe T., Aya K., Kojima M., Sakakibara H., et al (2012). OsGA20ox1, a candidate gene for a major QTL controlling seedling vigor in rice. Theor. Appl. Genet. 125 647-657. doi: 10.1007/s00122-012-1857-z
• Chen L. K., Gao W. W., Chen S. P., Wang L. P., Zou J. Y., Liu Y. Z., et al (2016). High-resolution QTL mapping for grain appearance traits and co-localization of chalkiness-associated differentially expressed candidate genes in rice. Rice 9:48. doi: 10.1186/s12284-016-0121-6
• R Core Team (2015). R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna: R Foundation for Statistical Computing. doi: 10.1186/s12284-016-0121-6
• Fujino K., Iwata N. (2011). Selection for low-temperature germinability on the short arm of chromosome 3 in rice cultivars adapted to Hokkaido, Japan. Theor. Appl. Genet. 123 1089-1097. doi: 10.1007/s00122-011-1650-4
• Fujino K., Sekiguchi H., Matsuda Y., Sugimoto K., Ono K., Yano M. (2008). Molecular identification of a major quantitative trait locus, qLTG3-1, controlling low-temperature germinability in rice. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 12623-12628. doi: 10.1073/pnas.0805303105

タイトルに関連する用語 (7件)： RNA ,  イネ ,  戻し交雑 ,  近交系 ,  初期 ,  成長速度 ,  転写産物