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J-GLOBAL ID：201902267772581598   整理番号：19A0780728

ミニオンナノポア配列を持つPlasmodium falciparumのKelch13におけるコドン突然変異C580Yの革新的診断技術【JST・京大機械翻訳】

An innovative diagnostic technology for the codon mutation C580Y in kelch13 of Plasmodium falciparum with MinION nanopore sequencer

著者 (24件)： Imai Kazuo (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Imai Kazuo (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Tarumoto Norihito (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Tarumoto Norihito (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Runtuwene Lucky Ronald (Department of Computational Biology and Medical Science, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan) ,  Sakai Jun (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Sakai Jun (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Hayashida Kyoko (Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Eshita Yuki (Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Eshita Yuki (Faculty of Medicine, Oita University, Yufu, Japan) ,  Eshita Yuki (Department of Medical Entomology, Faculty of Tropical Medicine, Mahidol University, Bangkok, Thailand) ,  Eshita Yuki (Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University, Suita, Japan) ,  Maeda Ryuichiro (Division of Biomedical Sciences, Department of Basic Veterinary Medicine, Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine, Obihiro, Japan) ,  Tuda Josef (Department of Parasitology, Faculty of Medicine, Sam Ratulangi University, Bahu Manado, Indonesia) ,  Ohno Hideaki (Department of Infectious Diseases and Infection Control, Saitama Medical Center, Saitama Medical University, Kawagoe, Japan) ,  Murakami Takashi (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Murakami Takashi (Department of Microbiology, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Maesaki Shigefumi (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Maesaki Shigefumi (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Suzuki Yutaka (Department of Computational Biology and Medical Science, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan) ,  Yamagishi Junya (Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Yamagishi Junya (Global Station for Zoonosis Control, GI-CoRE, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Maeda Takuya (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan) ,  Maeda Takuya (Department of Microbiology, Saitama Medical University, Iruma-gun, Japan)
資料名： Malaria Journal (Web)  (Malaria Journal (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 217  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7332A  ISSN： 1475-2875  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アルテミシニン(ART)耐性Plasmodium falciparumの最近の普及は,公衆衛生に対する新興の世界的脅威を表している。東南アジアにおいて,kelch13(k13)のC580Y突然変異は,ART耐性P.falciparumの優性突然変異である。したがって,C580Y突然変異の検出のための簡単な方法は,現場での広範なルーチン監視を可能にするために緊急に必要である。本研究の目的は,ミニイオンナノ細孔sequサーと組み合わせたループ媒介等温増幅(LAMP)を用いたC580Y突然変異に対する新しい診断手順を開発することである。C580Y突然変異を検出するためのP.falciparumのk13遺伝子に対するLAMPアッセイを成功裏に開発した。この手順の検出限界は,60分以内にk13遺伝子を持つ参照プラスミドの10コピーであった。その後,ミニイオンナノ細孔sequサーを用いたLAMP産物のアンプリコン配列決定を行い,遺伝子のヌクレオチド配列を明らかにした。C580Y突然変異は,配列決定の開始の30分後にミニイオンから集められた配列データに基づいて同定された。さらに,インドネシアのP.falciparumマラリア患者から採取した34人のヒト血液試料におけるLAMPアッセイの臨床評価は,100%の陽性検出率を明らかにした。12試料までのすべてのLAMPアンプリコンを,ミニイオンを用いて同時に配列決定した。配列決定の結果は,従来のPCRとSanger配列決定プロトコルのものと一致した。DNA抽出から変異体calへのすべての手順を3時間以内に完了した。C580Y突然変異はインドネシアにおけるこれら34のP.falciparum分離株の間で見つからなかった。LAMPとミニオンを組み合わせた革新的な方法は,発展途上国における資源制限状況においてさえ,P.falciparumのC580Y突然変異の簡単で迅速で高感度な検出を可能にするであろう。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： マラリア ,  公衆衛生 ,  プラスミド ,  *診断 ,  高感度 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  遺伝子 ,  *Plasmodium falciparum ,  *突然変異 ,  検出限界 ,  分離株 ,  アンプリコン ,  LAMP ,  *プラスモジウム属 ,  *微生物 ,  *原生動物 ,  *胞子虫類
準シソーラス用語： *マラリア原虫 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： マラリア ,  Plasmodium falciparum ,  アルテミシニン耐性 ,  ランプ ,  ナノ細孔シーケンサー ,  ミニイオン ,  KELCH 13

分類 (2件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

引用文献 (55件)：

• WHO. Global Malaria Programme Artemisinin and artemisinin-based combination therapy resistance. Status report. Geneva: World Health Organization; 2016.
• N Engl J Med; Artemisinin resistance in Plasmodium falciparum malaria; AM Dondorp, F Nosten, P Yi, D Das, AP Phyo, J Tarning; 361; 2009; 455-467; 10.1056/NEJMoa0808859; citation_id=CR2
• N Engl J Med; Spread of artemisinin resistance in malaria; M Hawkes, AL Conroy, KC Kain; 371; 2014; 1944-1945; 10.1056/NEJMc1410735; citation_id=CR3
• N Engl J Med; Evidence of artemisinin-resistant malaria in western Cambodia; H Noedl, Y Se, K Schaecher, BL Smith, D Socheat, MM Fukuda; 359; 2008; 2619-2620; 10.1056/NEJMc0805011; citation_id=CR4
• Guidelines for the treatment of malaria; 2015; CR5; citation_publisher=World Health Organization

タイトルに関連する用語 (4件)： Plasmodium ,  コドン ,  突然変異 ,  診断技術