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J-GLOBAL ID：201902269421716425   整理番号：19A1884909

ピリミジン特異的ヌクレオシドヒドロラーゼに関するQM/MM及びMM MDシミュレーション ウリジンの酵素加水分解の包括的理解【JST・京大機械翻訳】

QM/MM and MM MD Simulations on the Pyrimidine-Specific Nucleoside Hydrolase: A Comprehensive Understanding of Enzymatic Hydrolysis of Uridine

著者 (5件)： Fan Fangfang (State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces and Fujian Provincial Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, China) ,  Chen Nanhao (Department of Chemistry, University of California, California, United States) ,  Wang Yongheng (School of Pharmaceutical Sciences, Sun Yat-sen University, China) ,  Wu Ruibo (School of Pharmaceutical Sciences, Sun Yat-sen University, China) ,  Cao Zexing (State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces and Fujian Provincial Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, China)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 122  号： 3  ページ： 1121-1131  発行年： 2018年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ピリミジン特異的ヌクレオシドヒドロラーゼYeek(CU-NH)はウリジン及びシチジンのN-グリコシド結合を切断し,イノシンのようなプリンヌクレオシド基質のそれより10~2~10~4倍速い速度を示した。そのような顕著な基質特異性及びウリジンの妥当な加水分解機構をQM/MM及びMM MDシミュレーションを用いて調べた。本計算はウリジンと活性部位残基Gln227の間の比較的強い水素結合相互作用とCU-NHのTyr231が基質結合の増強に重要な役割を果たし,イノシンと比較してN-グリコシド結合開裂を促進することを示した。イノシンの加水分解に対する30kcal/molの推定エネルギー障壁はウリジンに対して22kcal/molよりはるかに高かった。CU-NHの活性部位への基質輸送に関する広範なMM MDシミュレーションは,ウリジン結合が約23kcal/mol,イノシン(~12kcal/mol)より顕著な発熱であることを示した。これらの全ては,基質特異性を説明するCU-NHで特徴付けられる基質と活性部位の間の非共有相互作用から生じる。他のヌクレオシドヒドロラーゼとは全く異なり,ウリジンの酵素的N-グリコシド結合開裂はそのプロトン化によりあまり影響されなかった。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 開裂反応 ,  基質特異性 ,  プロトン化 ,  計算機シミュレーション ,  *加水分解 ,  活性部位 ,  *ヒドロラーゼ ,  基質 ,  *ヌクレオシド ,  プリンヌクレオシド ,  水素結合 ,  相互作用 ,  計算機利用 ,  利用 ,  リボヌクレオシド ,  ピリミジンヌクレオシド
準シソーラス用語： グリコシド結合 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (3件)： イノシン ,  シチジン ,  ウリジン

タイトルに関連する用語 (5件)： ピリミジン ,  MDシミュレーション ,  ウリジン ,  酵素加水分解 ,  理解