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J-GLOBAL ID：201902272137145219   整理番号：19A1406496

メタ動力学シミュレーションからのp38MAPキナーゼII型阻害剤の非結合動力学【JST・京大機械翻訳】

Unbinding Kinetics of a p38 MAP Kinase Type II Inhibitor from Metadynamics Simulations

著者 (6件)： Casasnovas Rodrigo (Computational Biomedicine (IAS-5/INM-9), Forschungszentrum Juelich, Germany) ,  Limongelli Vittorio (Universita della Svizzera Italiana (USI), Faculty of Informatics, Institute of Computational Science - Center for Computational Medicine in Cardiology, Switzerland) ,  Limongelli Vittorio (Department of Pharmacy, University of Naples “Federico II”, Italy) ,  Tiwary Pratyush (Department of Chemistry, Columbia University, New York, United States) ,  Carloni Paolo (Computational Biomedicine (IAS-5/INM-9), Forschungszentrum Juelich, Germany) ,  Parrinello Michele (Department of Chemistry and Applied Biosciences, ETH Zurich, and Faculty of Informatics, Institute of Computational Science, Universita della Svizzera Italiana, Switzerland)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 139  号： 13  ページ： 4780-4788  発行年： 2017年04月05日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： その分子標的に対するリガンド結合の構造的及びエネルギー的必要部位を理解することは,薬物設計において最も重要である。近年,原子論的自由エネルギー計算は,蛋白質/配位子相互作用の熱力学的及び速度論的特性を特性化する実験を補完する有効なツールであることが証明されている。ここで著者らは,最近開発された,薬物学的に関連する標的p38 MAPキナーゼの阻害剤の非結合機構を研究した。著者らは,最も安定な結合モードと他の熱力学的に関連する姿勢を同定するリガンド非結合経路の完全な記述を提供する。シミュレーションから,k_off=0.020±0.011s-1として非結合速度を推定した。これは実験値(k_off=0.14s-1)と良く一致した。次に,リガンド非結合過程の律速段階を同定できるMarkov状態モデルを開発した。著者らの計算はさらに,配位子の溶媒和と活性部位の溶媒和が非結合過程において重要な役割を果たすことを示した。本研究は,一般的に,より複雑なp38阻害剤と他の薬理学的に関連する阻害剤の非結合動力学に関する研究の道を開くものであり,この方法は,工学的結合/非結合速度論を有する新薬の設計において強力なツールであることを示す。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデル ,  *計算機シミュレーション ,  ドラッグデザイン ,  活性部位 ,  相互作用 ,  速度論 ,  熱力学 ,  エネルギー ,  タンパク質 ,  新薬 ,  *溶媒和 ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： *キナーゼ ,  *P38 ,  リガンド結合 ,  *阻害剤 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  生物物理学一般  (EA02020O) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子間相互作用  (BH07020P)

タイトルに関連する用語 (4件)： 動力学シミュレーション ,  p38MAPキナーゼ ,  阻害剤 ,  動力学