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J-GLOBAL ID：201902274787267311   整理番号：19A1477735

M6ACOMET: RNA共メチル化ネットワークからの個々のM6A RNAメチル化部位の大規模機能予測【JST・京大機械翻訳】

m6Acomet: large-scale functional prediction of individual m 6 A RNA methylation sites from an RNA co-methylation network

著者 (13件)： Wu Xiangyu (Department of Biological Sciences, Xi’an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou, China) ,  Wu Xiangyu (Institute of Ageing & Chronic Disease, University of Liverpool, Liverpool, UK) ,  Wei Zhen (Department of Biological Sciences, Xi’an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou, China) ,  Wei Zhen (Institute of Ageing & Chronic Disease, University of Liverpool, Liverpool, UK) ,  Chen Kunqi (Department of Biological Sciences, Xi’an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou, China) ,  Chen Kunqi (Institute of Ageing & Chronic Disease, University of Liverpool, Liverpool, UK) ,  Zhang Qing (Department of Biological Sciences, Xi’an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou, China) ,  Zhang Qing (Present address: Harvard T.H. Chan School of Public Health, Harvard University, Boston, USA) ,  Su Jionglong (Department of Mathematical Sciences, Xi’an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou, China) ,  Liu Hui (School of Information and Control Engineering, China University of Mining and Technology, Xuzhou, China) ,  Zhang Lin (School of Information and Control Engineering, China University of Mining and Technology, Xuzhou, China) ,  Meng Jia (Department of Biological Sciences, Xi’an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou, China) ,  Meng Jia (Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, Liverpool, UK)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 223  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 100種類以上の転写後RNA修飾がヒトで同定されている。研究者はRNA修飾が種々の生物学的過程を調節でき,RNAメチル化,特にN6-メチルアデノシンがepiティクスにおける最も研究された話題の1つになっていることを発見した。今日まで,epitスクリプト層遺伝子調節の研究は,RNAメチル化のメディエーター蛋白質,すなわち読者,ライター,および消去者の機能に焦点を合わせている。個々のm6A RNAメチル化部位の機能的関連性に関する研究は限られている。これに取り組むために,RNA共メチル化ネットワークからのguilt-by-会合原理に基づいて大規模にヒトm6A部位を注釈した。それは,32の独立した実験条件の下で,m6Aepit文をプロファイリングする公開ヒトMeRIP-Seqデータセットに基づいて構築される。RNAメチル化プロファイルから得られたネットワーク特性を系統的に調べることにより,1446のヒトm6A部位に関連する全部で339,158の推定遺伝子オントロジー機能を同定した。これらは,可逆的なm6A RNAメチル化を介し,epitran膜層で調節される可能性がある生物学的機能である。結果を,ランダム予測子と比較することにより,ソフトベンチマーク上でさらに検証した。オンラインWebサーバm6Aコメットを構築し,m6Aサイトの予測された生物学的機能のための直接的な質問をサポートし,また,epitスクリプト層における共メチル化パターンを示すサイトを構築した。m6AcometWebサーバは,www.xjtlu.edu.cn/biologicalサイエンス/m6acometにおいて自由に利用可能である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： タンパク質 ,  ヒト ,  *RNA【核酸】 ,  生物活性 ,  *予測 ,  *ネットワーク ,  遺伝的調節 ,  *メチル化
準シソーラス用語： Webサーバ ,  オンライン ,  遺伝子オントロジー ,  プロファイリング ,  スクリプト ,  *RNAメチル化 ,  RNA修飾 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (45件)：

• Nat Rev Genet; Gene expression regulation mediated through reversible m(6)a RNA methylation; Y Fu, D Dominissini, G Rechavi, C He; 15; 5; 2014; 293-306; 10.1038/nrg3724; citation_id=CR1
• RNA; Purification and cDNA cloning of the AdoMet-binding subunit of the human mRNA (N6-adenosine)-methyltransferase; JA Bokar, ME Shambaugh, D Polayes, AG Matera, FM Rottman; 3; 11; 1997; 1233-1247; citation_id=CR2
• Novoa EM, Mason CE, Mattick JS. Charting the unknown epitranscriptome. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017; advance online publication.
• Nat Chem Biol; A METTL3-METTL14 complex mediates mammalian nuclear RNA N6-adenosine methylation; J Liu, Y Yue, D Han, X Wang, Y Fu, L Zhang, G Jia, M Yu, Z Lu, X Deng; 10; 2; 2014; 93-95; 10.1038/nchembio.1432; citation_id=CR4
• Nature; N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability; X Wang, Z Lu, A Gomez, GC Hon, Y Yue, D Han, Y Fu, M Parisien, Q Dai, G Jia; 505; 7481; 2014; 117-120; 10.1038/nature12730; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： RNA ,  メチル化 ,  RNAメチル化 ,  大規模 ,  予測