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J-GLOBAL ID：201902277422371288   整理番号：19A1065336

活性汚泥におけるCandidatus phylum saccharobacteriaを標的とするプライマーの特異性と効率【JST・京大機械翻訳】

Specificities and Efficiencies of Primers Targeting Candidatus Phylum Saccharibacteria in Activated Sludge

著者 (5件)： Takenaka Ryota (Department of Civil and Environmental Engineering, Graduate School of Engineering, Hiroshima University, 1-4-1 Kagamiyama, Higashihiroshima 739-8527, Japan) ,  Aoi Yoshiteru (Department of Molecular Biotechnology, Graduate School of Advanced Sciences of Matter, Hiroshima University, 1-3-1 Kagamiyama, Higashihiroshima 739-8530, Japan) ,  Ozaki Noriatsu (Department of Civil and Environmental Engineering, Graduate School of Engineering, Hiroshima University, 1-4-1 Kagamiyama, Higashihiroshima 739-8527, Japan) ,  Ohashi Akiyoshi (Department of Civil and Environmental Engineering, Graduate School of Engineering, Hiroshima University, 1-4-1 Kagamiyama, Higashihiroshima 739-8527, Japan) ,  Kindaichi Tomonori (Department of Civil and Environmental Engineering, Graduate School of Engineering, Hiroshima University, 1-4-1 Kagamiyama, Higashihiroshima 739-8527, Japan)
資料名： Materials (Web)  (Materials (Web))
巻： 11  号： 7  ページ： 1129  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7237A  ISSN： 1996-1944  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Candiidatus Sac炭化細菌は,うまく分離されていない良く記述された候補門である。それにもかかわらず,その存在は16S rRNA遺伝子配列決定データによって示唆され,それは自然環境および活性スラッジにおいて頻繁に検出される。Candiidatus Sacariobacteriaの純粋培養代表者は不足しているので,それらの豊度と多様性の決定のためのプライマーの特異性を注意深く評価する必要がある。本研究において,8つのCandiidatus Saccharibia特異的プライマーを以前の研究から選択し,公開データベースに対するそれらの被覆率,組み合わせプライマーセットのアニーリング温度,及びクローニング分析による検出頻度と系統発生的多様性を決定するための利用と定量的ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による定量化を評価した。8つのプライマーの中で,4つのプライマー(TM7314F,TM7580F,TM7-910R,TM7-1177R)が高い被覆率を示した。クローニング分析により,4つのプライマーセット(TM7314FおよびTM7-910R,TM7314FおよびTM7-1177R,TM7580FおよびTM7-910R,TM7580FおよびTM7-1177R)は,日本,東gas島市の廃水処理施設からの活性汚泥中のCandiidatus Sac炭化細菌に対して高い検出頻度を示した。定量的PCR結果は,TM7314FとTM7-910Rを含むプライマーセットが,活性スラッジにおけるCandiidatus Sacariobacteriaの特異的検出のために優れていることを示した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自然環境 ,  系統発生 ,  廃水処理施設 ,  被覆率 ,  *活性汚泥 ,  定量的PCR法 ,  細菌 ,  炭化 ,  データベース
準シソーラス用語： クローニング ,  純粋培養 ,  遺伝子配列 ,  16S rRNA ,  *特異性 ,  *Candidatus , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Candidatus saccharibacteria ,  プライマー評価 ,  プライマー特異性 ,  定量的PCR ,  プローブ

分類 (2件)： モルタル,コンクリート  (RA06042H) ,  溶接技術  (WC07030G)

引用文献 (23件)：

• Wagner, M.; Amann, R.; Lemmer, H.; Schleifer, K.-H. Probing activated sludge with oligonucleotides specific for proteobacteria: Inadequacy of culture-dependent methods for describing microbial community structure. Appl. Environ. Microbiol. 1993, 59, 1520-1525.
• Kindaichi, T.; Kawano, Y.; Ito, T.; Satoh, H.; Okabe, S. Population dynamics and in situ kinetics of nitrifying bacteria in autotrophic nitrifying biofilms as determined by real-time quantitative PCR. Biotechnol. Bioeng. 2006, 94, 1111-1121.
• Kindaichi, T.; Awata, T.; Suzuki, Y.; Tanabe, K.; Hatamoto, M.; Ozaki, N.; Ohashi, A. Enrichment using an up-flow column reactor and community structure of marine anammox bacteria from coastal sediment. Microbes Environ. 2011, 26, 67-73.
• Kindaichi, T.; Nierychlo, M.; Kragelund, C.; Nielsen, J.L.; Nielsen, P.H. High and stable substrate specificities of microorganisms in enhanced biological phosphorus removal plants. Environ. Microbiol. 2013, 15, 1821-1831.
• Brown, C.T.; Hug, L.A.; Thomas, B.C.; Sharon, I.; Castelle, C.J.; Singh, A.; Wilkins, M.J.; Wrighton, K.C.; Williams, K.H.; Banfield, J.F. Unusual biology across a group comprising more than 15% of domain Bacteria. Nature 2015, 523, 208-211.

タイトルに関連する用語 (5件)： 活性汚泥 ,  Candidatus ,  標的 ,  プライマー ,  特異性