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J-GLOBAL ID：201902281820215625   整理番号：19A0710914

2つの異なるSymbiodiniumゲノムはサンスクリーン生合成と最近失われた遺伝子に対する遺伝子クラスタの保存を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Two divergent Symbiodinium genomes reveal conservation of a gene cluster for sunscreen biosynthesis and recently lost genes

著者 (17件)： Shoguchi Eiichi (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Beedessee Girish (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Tada Ipputa (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Tada Ipputa (Present address: Department of Genetics, School of Life Science, The Graduate University for Advanced Studies, Shizuoka, Japan) ,  Hisata Kanako (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Kawashima Takeshi (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Kawashima Takeshi (Present address: Center for Information Biology, National Institute of Genetics, Mishima, Japan) ,  Takeuchi Takeshi (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Arakaki Nana (DNA Sequencing Section, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Fujie Manabu (DNA Sequencing Section, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Koyanagi Ryo (DNA Sequencing Section, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Roy Michael C. (Instrumental Analysis Section, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Kawachi Masanobu (Center for Environmental Biology and Ecosystem Studies, National Institute for Environmental Studies, Tsukuba, Japan) ,  Hidaka Michio (Department of Chemistry, Biology and Marine Science, University of the Ryukyus, Okinawa, Japan) ,  Satoh Noriyuki (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Shinzato Chuya (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Shinzato Chuya (Atmosphere and Ocean Research Institute, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 458  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 海洋渦鞭毛藻類,シムビオジニウムは,亜熱帯および熱帯におけるサンゴおよび他の多様な非光合成宿主に対する良く知られた光合成パートナーであり,そこでは海洋生態系の必須成分から成る。分子系統発生学を用いて,Symbiodinium属は9つの主要クレード,A-Iに分類され,表現型間の報告された差異の1つは,UV照射を吸収するミコスポリン様アミノ酸(MAAs)を合成する能力である。しかし,合成能力におけるこの差異の遺伝的基礎は不明である。Symbodiniumの多様性の基礎となる遺伝学を理解するために,クレードAからの1つ,最も早い分岐クレードであると推定される2つのドラフトゲノム,および末端分枝におけるクレードCからのものを報告する。SymbiodiniumクレードA(SymA)の核ゲノムはクレードCのそれより多くの遺伝子ファミリーを有し,ミトコンドリア転写末端因子(mTERF)及びRubiscoを含む多数のオルガネラ関連遺伝子を有する。クレードC(SYMC)は少数の遺伝子ファミリーを持つが,ロイシンに富む反復(LRRs)やレトロウイルス関連dUTPアーゼのような反復ドメイン含有遺伝子の特異的な拡大を示す。興味深いことに,SymAゲノムはMAA生合成のための遺伝子クラスターをコードしており,これらの遺伝子を完全に失っているが,SYMCは内部共生紅藻(おそらく細菌起源)から移動する可能性がある。著者らの分析は,SYMCがMAA生合成遺伝子クラスタのような遺伝子ファミリーを失うことにより進化したように見えることを示す。光合成能力に関連する遺伝子の保存とは対照的に,末端クレードは他のクレードより多くの遺伝子ファミリー損失を受け,共生への適応の可能性を示唆した。全体として,本研究はシンバイオジニウム生態が遺伝子ファミリーの獲得と損失を駆動することを意味する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  海洋 ,  共生 ,  ミトコンドリア ,  細菌 ,  生態 ,  熱帯 ,  光合成 ,  *遺伝 ,  遺伝学 ,  表現型 ,  ゲノミクス ,  クレード ,  紅藻植物門 ,  *Symbiodinium属 ,  微生物 ,  自然科学 ,  隠花植物
準シソーラス用語： 紅藻類 ,  *Symbiodinium , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 渦鞭毛虫類 ,  進化ゲノミクス ,  Symbiodinium ,  マイコスポリン様アミノ酸 ,  共生

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

引用文献 (84件)：

• Diversity and phylogeny of marine parasitic dinoflagellates; Marine Protists; 2015; 397-419; CR1; T Horiguchi; citation_publisher=Springer
• Annu Rev Microbiol; Dinoflagellate genome evolution; JH Wisecaver, JD Hackett; 65; 2011; 369-387; 10.1146/annurev-micro-090110-102841; citation_id=CR2
• Res Microbiol; Genomic understanding of dinoflagellates; S Lin; 162; 2011; 551-569; 10.1016/j.resmic.2011.04.006; citation_id=CR3
• Curr Biol; Draft assembly of the Symbiodinium minutum nuclear genome reveals dinoflagellate gene structure; E Shoguchi, C Shinzato, T Kawashima, F Gyoja, S Mungpakdee, R Koyanagi; 23; 2013; 1399-1408; 10.1016/j.cub.2013.05.062; citation_id=CR4
• Proc Natl Acad Sci U S A; Major transitions in dinoflagellate evolution unveiled by phylotranscriptomics; J Janouškovec, GS Gavelis, F Burki, D Dinh, TR Bachvaroff, SG Gornik; 114; 2017; E171-E180; 10.1073/pnas.1614842114; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： Symbiodinium ,  ゲノム ,  サンスクリーン ,  生合成 ,  遺伝子 ,  遺伝子クラスタ ,  保存