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J-GLOBAL ID：201902283741117273   整理番号：19A1561629

MAGIC クロマチンからの単一対立遺伝子推定のための機械学習ツールセットとWebアプリケーション【JST・京大機械翻訳】

MaGIC: a machine learning tool set and web application for monoallelic gene inference from chromatin

著者 (10件)： Vinogradova Svetlana (Department of Cancer Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Vinogradova Svetlana (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Saksena Sachit D. (Computational and Systems Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA) ,  Ward Henry N. (Department of Cancer Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Ward Henry N. (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Ward Henry N. (University of Minnesota-Twin Cities, Bioinformatics and Computational Biology Program, Minneapolis, USA) ,  Vigneau Sebastien (Department of Cancer Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Vigneau Sebastien (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Gimelbrant Alexander A. (Department of Cancer Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Gimelbrant Alexander A. (Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, USA)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 106  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒトおよびマウスの常染色体遺伝子の大部分は,クローン細胞系統間で変化する対立遺伝子特異的遺伝子発現により特徴付けられる後成的機構である,ランダムな単一対立遺伝子発現(MAE)を受ける。MAEは高度に細胞型特異的であり,多数の細胞においてそれをマッピングし,組織型はその生物学的機能への洞察を提供することができる。しかし,その検出は困難なままである。著者らは以前に,配列に依存しないクロマチンの特徴が,容易に入手可能なChIP-seqデータを用いて,複数の組織型においてMAEを受ける遺伝子を高い感度と特異性で同定することを報告した。ここでは,クロマチン(マジック)からの単一対立遺伝子の遺伝子推論のためのユーザに優しいオープンソースソフトウェアパイプラインとしてのこの方法の実装を示した。マジックパイプラインとShinyappのソースコードはhttps://github.com/gimelbrantlab/magicで利用可能である。パイプラインは,既存のモデルを用いて種々の細胞型における単一対立遺伝子発現をマップするために研究者によって使用することができて,クロマチン標識の付加的セットによって新しいモデルを訓練することができた。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデル ,  常染色体 ,  エピジェネティクス ,  *対立遺伝子 ,  *遺伝子 ,  *クロマチン ,  マウス ,  ヒト ,  生物活性 ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： オープンソース ,  特異性 ,  組織型 ,  細胞型 ,  *Webアプリケーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 単一対立遺伝子発現 ,  クロマチン ,  クロマチン署名 ,  ソフトウェアパイプライン ,  SHINY APP

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (17件)：

• Annu Rev Genet; Monoallelic Gene Expression in Mammals; A Chess; 50; 2016; 317-327; 10.1146/annurev-genet-120215-035120; citation_id=CR1
• Trends Genet; Random monoallelic expression: regulating gene expression one allele at a time; MA Eckersley-Maslin, DL Spector; 30; 2014; 237-244; 10.1016/j.tig.2014.03.003; citation_id=CR2
• Nature; An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome; ; 489; 2012; 57-74; 10.1038/nature11247; citation_id=CR3
• Science; Widespread monoallelic expression on human autosomes; A Gimelbrant; 318; 2007; 1136-1140; 10.1126/science.1148910; citation_id=CR4
• Front Genet; Perspective: Is Random Monoallelic Expression a Contributor to Phenotypic Variability of Autosomal Dominant Disorders?; B Gui; 8; 2017; 191; 10.3389/fgene.2017.00191; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： クロマチン ,  対立遺伝子 ,  推定 ,  機械学習 ,  ツール ,  Webアプリケーション