文献

J-GLOBAL ID：201902285850748580   整理番号：19A2704489

比較メタゲノムアプローチによる食事と宿主によるこぶ胃ミクロビオームとカザイムプロファイルの変化の理解【JST・京大機械翻訳】

Understanding the alteration in rumen microbiome and CAZymes profile with diet and host through comparative metagenomic approach

著者 (3件)： Bohra Varsha (CSIR - National Environmental Engineering Research Institute, Nagpur, India) ,  Dafale Nishant A. (CSIR - National Environmental Engineering Research Institute, Nagpur, India) ,  Purohit Hemant J. (CSIR - National Environmental Engineering Research Institute, Nagpur, India)
資料名： Archives of Microbiology  (Archives of Microbiology)
巻： 201  号： 10  ページ： 1385-1397  発行年： 2019年 
JST資料番号： A0450A  ISSN： 0302-8933  CODEN： AMICCW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 第一胃微生物群集は,植物バイオマスの分解に効率的に機能する強力な炭水化物活性酵素(CAZyme)の異なる遺伝的貯留層を有する。この前提に基づいて,メタゲノムアプローチを適用して,第一胃微生物群集を特性化し,グリーンまたは乾燥粗飼料に供給されたBos taurus(ウシ)およびBubalus bubalis(スイギュウ)の炭水化物活性遺伝子を同定した。サンプルからメタデータを発生させた:グリーン粗飼料乳牛(NDC_GR),スイギュウ(NDB_GR)および乾燥粗飼料乳牛(NDC_DR),バッファロー(NDB_DR)。系統発生分析により,全細菌集団の90~96%をカバーする4試料全てにおいてBacteroidetes,Firmicutes,Proteobacteria,Actinobacteria及びFibrobacterの優勢を明らかにした。より細かい分解能では,植物バイオマス加水分解に関与する細菌属Fibrobacter,Bacteroids,Clostridium,PrevotellaおよびRuminococcusのより高い豊度がNDB_DRで観察された。dbCANアノテーションアルゴリズムを用いた機能的アノテーションは,NDC_GR,NDB_GR,NDC_DR,およびNDB_DRに対して,それぞれ28.13%,8.08%,10.93%および12.53%の総コンティグを同定した。CAZymesのさらなるプロファイリングにより,ファミリーGH2,GH3,GH13及びGH43からGHsをコードする遺伝子の実質的濃縮を伴う乾燥粗飼料を給餌した動物における推定グリコシドヒドロラーゼ(GHs)の過剰発現及び多様性を明らかにした。家族GH45,GH12,GH113,GH128,GH54およびGH27のGHSは,NDB_DRメタゲノムで排他的に観察された。NDB_DRメタゲノムにおいて,セルラーゼ,ヘミセルラーゼ,脱分枝およびオリゴ糖加水分解酵素のより高い豊度が明らかになった。従って,バッファロー第一胃微生物は植物バイオマス加水分解においてより効率的であると結論できる。本研究は,飼料型および宿主動物における変化に応答して,第一胃ミクロビオームの微生物群集および植物多糖類の分解能におけるシフトの深い理解を提供する。これらの動物から得られた活性特異的微生物共同体は,効率的な植物バイオマス加水分解のためにさらに使用することができる。本研究はまた,多様なリグノセルロース分解酵素を採掘するためのユニークな資源としてのルーメン微生物の有用性を確立する。Copyright 2019 Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： セルラーゼ ,  遺伝 ,  アノテーション ,  加水分解 ,  微生物 ,  Fibrobacter ,  遺伝子 ,  *粗飼料 ,  バイオマス ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： プロテオバクテリア ,  *メタゲノム ,  植物バイオマス ,  微生物コンソーシアム ,  *常在菌叢ゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： グリコシドヒドロラーゼ ,  MG-RAST ,  DBCAN ,  Cazyme ,  微生物群集 ,  バイオマス加水分解

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： メタゲノム ,  食事 ,  宿主 ,  こぶ胃 ,  ミクロビオーム ,  理解