文献

J-GLOBAL ID：201902285859754404   整理番号：19A1481863

ヒトゲノムにおけるLINE-1挿入マッピングのための配列決定(TIPSQ)によるトランスポゾン挿入プロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Transposon insertion profiling by sequencing (TIPseq) for mapping LINE-1 insertions in the human genome

著者 (19件)： Steranka Jared P. (Department of Pathology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Steranka Jared P. (McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Tang Zuojian (Department for Biochemistry and Molecular Pharmacology, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Tang Zuojian (Institute for Systems Genetics, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Grivainis Mark (Department for Biochemistry and Molecular Pharmacology, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Grivainis Mark (Institute for Systems Genetics, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Huang Cheng Ran Lisa (McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Payer Lindsay M. (Department of Pathology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Rego Fernanda O. R. (Centro de Oncologia Molecular, Hospital Sirio-Libanes, Sao Paulo, Brazil) ,  Miller Thiago Luiz Araujo (Centro de Oncologia Molecular, Hospital Sirio-Libanes, Sao Paulo, Brazil) ,  Miller Thiago Luiz Araujo (Departamento de Bioquimica, Instituto de Quimica, Universidade de Sao Paul, Sao Paulo, Brazil) ,  Galante Pedro A. F. (Centro de Oncologia Molecular, Hospital Sirio-Libanes, Sao Paulo, Brazil) ,  Ramaswami Sitharam (Genome Technology Center, Division of Advanced Research Technologies, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Heguy Adriana (Genome Technology Center, Division of Advanced Research Technologies, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Fenyo David (Department for Biochemistry and Molecular Pharmacology, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Fenyo David (Institute for Systems Genetics, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Boeke Jef D. (Institute for Systems Genetics, NYU Langone Health, New York, USA) ,  Burns Kathleen H. (Department of Pathology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Burns Kathleen H. (McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA)
資料名： Mobile DNA (Web)  (Mobile DNA (Web))
巻： 10  号： 1  ページ： 8  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7334A  ISSN： 1759-8753  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転移性要素はヒトゲノムのかなりの部分を構成する。これらの移動性DNAを正確に位置づけることは,構造変化と体細胞突然変異の源としての役割を理解するために重要である。この目的のために,研究室はゲノムDNAにおける転移可能なエレメント挿入部位を選択的に増幅するか,またはそうでないように開発した戦略を開発した。本論文では,ヒトゲノムにおけるLong INtersperesed エレメント1(LINE-1,L1)レトロトランスポゾン挿入をマッピングするために,配列決定(TIPseq)による技術,トランスポーソン挿入プロファイリングについて述べた。この方法は,種特異的L1(L1PA1)挿入部位を増幅するためにベクターPCRを使用し,続いてpaired-end Illina配列決定を行った。ステップバイステップ分子生物学プロトコルを提供することに加えて,著者らはデータ解析,TIPseqHunterのために著者らのパイプラインにガイドを提供した。膵臓および卵巣癌における最近の研究により,TIPseqの不変(固定),多形(遺伝的変異体),および患者の構成的構成から癌ゲノムを識別する細胞獲得L1挿入を同定する能力が示されている。TIPseqは,ゲノムDNAから進化的に若く,活性な転移可能なエレメント挿入部位を増幅するためのアプローチを提供する。このプロトコルに関する著者らの原理と変動は,複雑なゲノムにおけるL1と他の可動要素のマッピングに有用である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 不変性 ,  ヒト ,  ベクター ,  DNA【核酸】 ,  *ゲノム ,  *トランスポゾン ,  卵巣腫瘍 ,  データ解析 ,  分子生物学 ,  *LINE ,  ゲノムDNA ,  *LINE-1 ,  *ヒトゲノム ,  転移因子 ,  レトロエレメント ,  *遺伝子
準シソーラス用語： 転移性遺伝要素 ,  レトロトランスポゾン ,  *プロファイリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： LINE-1 ,  標的PCR ,  次世代シークエンシング

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

引用文献 (45件)：

• Nature; Initial sequencing and analysis of the human genome; ES Lander, LM Linton, B Birren, C Nusbaum, MC Zody, J Baldwin, K Devon, K Dewar, M Doyle, W FitzHugh; 409; 6822; 2001; 860-921; 10.1038/35057062; citation_id=CR1
• Mol Cell Biol; Unit-length line-1 transcripts in human teratocarcinoma cells; J Skowronski, TG Fanning, MF Singer; 8; 4; 1988; 1385-1397; 10.1128/MCB.8.4.1385; citation_id=CR2
• Genome Res; Reading between the LINEs: human genomic variation induced by LINE-1 retrotransposition; FM Sheen, ST Sherry, GM Risch, M Robichaux, I Nasidze, M Stoneking, MA Batzer, GD Swergold; 10; 10; 2000; 1496-1508; 10.1101/gr.149400; citation_id=CR3
• Proc Natl Acad Sci U S A; Hot L1s account for the bulk of retrotransposition in the human population; B Brouha, J Schustak, RM Badge, S Lutz-Prigge, AH Farley, JV Moran, HH Kazazian; 100; 9; 2003; 5280-5285; 10.1073/pnas.0831042100; citation_id=CR4
• Cell; LINE-1 retrotransposition activity in human genomes; CR Beck, P Collier, C Macfarlane, M Malig, JM Kidd, EE Eichler, RM Badge, JV Moran; 141; 7; 2010; 1159-1170; 10.1016/j.cell.2010.05.021; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： ヒトゲノム ,  LINE-1 ,  マッピング ,  トランスポゾン ,  プロファイリング