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J-GLOBAL ID：201902288284612616   整理番号：19A0887034

超高磁場Orbitrapを用いたMS1イオン電流に基づく定量化のためのIONSTAR実験戦略:大規模コホートにおける再現性,深さ,正確な蛋白質測定【JST・京大機械翻訳】

An IonStar Experimental Strategy for MS1 Ion Current-Based Quantification Using Ultrahigh-Field Orbitrap: Reproducible, In-Depth, and Accurate Protein Measurement in Large Cohorts

著者 (16件)： Shen Xiaomeng (Department of Pharmaceutical Science, SUNY at Buffalo, New York, United States) ,  Shen Xiaomeng (Center of Excellence in Bioinformatics & Life Sciences, New York, United States) ,  Shen Shichen (Department of Biochemistry, SUNY at Buffalo, New York, United States) ,  Shen Shichen (Center of Excellence in Bioinformatics & Life Sciences, New York, United States) ,  Li Jun (Department of Pharmaceutical Science, SUNY at Buffalo, New York, United States) ,  Li Jun (Center of Excellence in Bioinformatics & Life Sciences, New York, United States) ,  Hu Qiang (Roswell Park Cancer Institute, New York, United States) ,  Nie Lei (Center of Excellence in Bioinformatics & Life Sciences, New York, United States) ,  Nie Lei (Shandong University, China) ,  Tu Chengjian (Department of Pharmaceutical Science, SUNY at Buffalo, New York, United States) ,  Tu Chengjian (Center of Excellence in Bioinformatics & Life Sciences, New York, United States) ,  Wang Xue (Roswell Park Cancer Institute, New York, United States) ,  Orsburn Benjamin (ThermoFisher Scientific, Pennsylvania, United States) ,  Wang Jianmin (Roswell Park Cancer Institute, New York, United States) ,  Qu Jun (Department of Pharmaceutical Science, SUNY at Buffalo, New York, United States) ,  Qu Jun (Center of Excellence in Bioinformatics & Life Sciences, New York, United States)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 16  号： 7  ページ： 2445-2456  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多くの生物学的試料における徹底的で再現性のある蛋白質測定は医薬品/生物医学的プロテオミクスにとってしばしば重要であるが,挑戦的なままである。四重極/超高磁場Orbitrap(Q/UHF-Orbitrap)を用いたMS1に基づく定量化は大きな有望性を有するが,信頼できる大規模コホート解析を可能にする非常に重要な実験アプローチは見過ごされている。ここでは,MS1定量の優れた定量的品質を達成するIonStar実験戦略について述べた。主要な特徴を含む。(i)最適化された界面活性剤支援試料調製アプローチは,高効率(>75%の回収率)および大きな細胞/組織コホートにわたる再現性のある(<15%CV)ペプチド回収を提供する;(ii)中程度の勾配長さ(2.5時間)を持つ長いカラムは,Q/UHF-Orbitrap上の深さ/スループットの最適バランスをもたらす;(iii)大IDトラップは,リアルタイム電気伝導度モニタリングにより初めて観察されたように,高再現性勾配デリバリーを可能にするだけでなく,>8倍の定量的負荷容量を増加させ,>25%の蛋白質を定量化した。(iv)最適化されたHCD-OTは,高い負荷量を有する大規模なコホートを分析するとき,HCD-ITより著しく優れている。(V)新しい選択的トラッピング/デリバリー法を用いた疎水性/親水性マトリックス成分の選択的除去は,単一セットにおける>100の生物学的試料の再現性のあるロバストなLC-MS分析を可能にし,バッチ効果を除去する;(VI)より高い分解能(fwhm=120k)で得られたMS1は,低豊度種に対してS/Nの強化と定量的精度/精度を提供する。5つのグループ,20のサンプル生物学的ベンチマークサンプルセットを分析することによってこのパイプラインを調べて,20のサンプルのいずれにおいてもデータを欠くことなく,分別なしで6234(>99.4%)の厳しいカットオフの下で6273のユニークな蛋白質(≧2ペプチド/蛋白質)を定量化した。この戦略は,高い定量精度(3~6%の媒体誤差),低い粒内変動(6~9%の培地内のCV)および5つのグループを横切る低い偽陽性バイオマーカー発見率(3~8%)を達成し,定量化蛋白質豊度は>6.5桁の範囲であった。最後に,この戦略は,医薬品/生物医学研究において簡単で,ロバストで,広く適用できる。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： スループット ,  品質 ,  LC-MS分析 ,  媒質 ,  ペプチド ,  *タンパク質 ,  バイオマーカー ,  *再現性 ,  *母集団 ,  ロバスト性 ,  最適化 ,  試料調製 ,  回収率 ,  プロテオミクス
準シソーラス用語： *Orbitrap , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 定量的プロテオミクス ,  LC-MS ,  ラベルフリー ,  MS1ベース ,  プロテオミクス ,  大型コホート ,  欠測データ ,  偽陽性バイオマーカー発見率 ,  Orbitrap ,  イオン電流

分類 (2件)： 有機化合物の各種分析  (CC08034J) ,  食品の汚染  (FJ01053P)

タイトルに関連する用語 (10件)： 高磁場 ,  Orbitrap ,  イオン電流 ,  定量化 ,  実験 ,  戦略 ,  大規模 ,  コホート ,  再現性 ,  蛋白質