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J-GLOBAL ID：201902288635148025   整理番号：19A0792182

未培養原核生物由来のゲノム:メタゲノム集合および単一増幅ゲノムの比較【JST・京大機械翻訳】

Genomes from uncultivated prokaryotes: a comparison of metagenome-assembled and single-amplified genomes

著者 (13件)： Alneberg Johannes (School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, Department of Gene Technology, Science for Life Laboratory, KTH Royal Institute of Technology, Stockholm, Sweden) ,  Karlsson Christofer M. G. (Centre for Ecology and Evolution in Microbial Model Systems, EEMiS, Linnaeus University, Kalmar, Sweden) ,  Divne Anna-Maria (Department of Cell and Molecular Biology, SciLifeLab, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Bergin Claudia (Department of Cell and Molecular Biology, SciLifeLab, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Homa Felix (Department of Cell and Molecular Biology, SciLifeLab, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Lindh Markus V. (Centre for Ecology and Evolution in Microbial Model Systems, EEMiS, Linnaeus University, Kalmar, Sweden) ,  Lindh Markus V. (Present address: Department of Biology, Lund University, Lund, Sweden) ,  Hugerth Luisa W. (School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, Department of Gene Technology, Science for Life Laboratory, KTH Royal Institute of Technology, Stockholm, Sweden) ,  Hugerth Luisa W. (Present address: Science for Life Laboratory, Department of Molecular, Tumour and Cell Biology, Centre for Translational Microbiome Research, Karolinska Institutet, Solna, Sweden) ,  Ettema Thijs J. G. (Department of Cell and Molecular Biology, SciLifeLab, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Bertilsson Stefan (Department of Ecology and Genetics, Limnology, Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Andersson Anders F. (School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, Department of Gene Technology, Science for Life Laboratory, KTH Royal Institute of Technology, Stockholm, Sweden) ,  Pinhassi Jarone (Centre for Ecology and Evolution in Microbial Model Systems, EEMiS, Linnaeus University, Kalmar, Sweden)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 6  号： 1  ページ： 173  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 原核生物は生物圏を支配し,全生命に必須の生物地球化学的過程を調節する。しかし,それらの生物学に関する著者らの知識は,成功裏に培養されている少数に限定されたほとんどの部分についてである。現在,分子技術は,未培養原核生物分類群のゲノム配列を得ることを可能にし,これらの重要な生物の理解を最終的に改善する可能性がある徹底的な分析を容易にする。細菌ゲノムを回収するための2つの培養非依存戦略からの結果を比較した:単一増幅ゲノムとメタゲノム集合ゲノム。単一増幅されたゲノムは,バルト海Properの沖合ステーションで収集されたサンプルから得られ,同じステーションでの時系列から以前に得られたメタゲノム集合ゲノムと比較された。分析された16の単一増幅ゲノムの中で,7つはメタゲノム集合ゲノムに適合することが見出され,多様な分類群と関連していた。特に,2つのアプローチ間のゲノム対は,重複領域(各ゲノムの30~80%)にわたってほぼ同一(平均99.51%配列同一性;範囲98.77~99.84%)であった。マッチング対内では,単一増幅ゲノムは一貫して小さく,完全ではなかったが,遺伝的機能プロファイルは維持された。メタゲノム集合ゲノムについては,塩基の平均3.6%のみが,wronglyに結合したコンティグによるゲノムから失われていると推定された。単一増幅とメタゲノム集合ゲノムの間の強い一致は,両方法が非培養細菌から正確なゲノム情報を生成することを強調した。重要なことに,これは,研究課題と利用可能な資源が,微生物研究のためのゲノミクスアプローチの選択を決定することを可能にすることを意味する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  *ゲノム ,  *培養 ,  配列相同性 ,  *原核生物 ,  細菌
準シソーラス用語： メタゲノミクス ,  ゲノミクス ,  ゲノム情報 ,  コンティグ ,  細菌ゲノム ,  ゲノム配列 ,  分類群 ,  生物地球化学 ,  *メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 単一増幅ゲノム ,  メタゲノム集合ゲノム ,  メタゲノミクス ,  ビニング ,  単一細胞ゲノミクス

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (97件)：

• Nucleic acids Res.; The Genomes OnLine Database (GOLD) v. 5: a metadata management system based on a four level (meta) genome project classification; T Reddy, AD Thomas, D Stamatis; 43; Database issue; 2014; D1099-D1106; citation_id=CR1
• Nucleic Acids Res; Genomes OnLine Database (GOLD) v.6: data updates and feature enhancements; S Mukherjee, D Stamatis, J Bertsch, G Ovchinnikova, O Verezemska, M Isbandi; 45; 2016; gkw992; citation_id=CR2
• Science.; Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii; CJ Bult, O White, GJ Olsen, L Zhou, RD Fleischmann, GG Sutton; 273; 1996; 1058-1073; 10.1126/science.273.5278.1058; citation_id=CR3
• Nature.; A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of bacteria and archaea; D Wu, P Hugenholtz, K Mavromatis, R Pukall, E Dalin, NN Ivanova; 462; 2009; 1056-1060; 10.1038/nature08656; citation_id=CR4
• Science.; The sequence of the human genome; J Craig Venter, MD Adams, EW Myers, PW Li, RJ Mural, G Sutton Granger; 291; 2001; 1304-1351; 10.1126/science.1058040; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 培養 ,  原核生物 ,  ゲノム ,  メタゲノム ,  集合 ,  増幅