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J-GLOBAL ID：201902293570668081   整理番号：19A0885153

Crcro spp.間の系統発生学的関連性の決定における汎ゲノムDNAマイクロアレイの使用とCrcro生物学を理解するためのデータマイニングツールとしての利用【JST・京大機械翻訳】

Use of a Pan-Genomic DNA Microarray in Determination of the Phylogenetic Relatedness among Cronobacter spp. and Its Use as a Data Mining Tool to Understand Cronobacter Biology

著者 (18件)： Tall Ben D. (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Gangiredla Jayanthi (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Grim Christopher J. (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Patel Isha R. (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Jackson Scott A. (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Jackson Scott A. (Complex Microbial Systems Group Biosystems and Biomaterials Division, National Institute of Standards and Technology, Gaithersburg, MD 20899, USA) ,  Mammel Mark K. (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Kothary Mahendra H. (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Sathyamoorthy Venugopal (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Carter Laurenda (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA) ,  Fanning Seamus (UCD Centre for Food Safety, School of Public Health, Physiotherapy & Population Science, University College, Dublin, Belfield, Dublin D04 N2E5, Ireland) ,  Iversen Carol (College of Life Sciences, University of Dundee, Dundee, DD1 5EH Scotland, UK) ,  Pagotto Franco (Food Directorate, Bureau of Microbial Hazards, Health Canada, Ottawa, ON K1A 0K9, Canada) ,  Stephan Roger (Institute for Food Safety and Hygiene, University of Zurich, Winterthurerstr. 272, CH-8057 Zurich, Switzerland) ,  Lehner Angelika (Institute for Food Safety and Hygiene, University of Zurich, Winterthurerstr. 272, CH-8057 Zurich, Switzerland) ,  Farber Jeffery (Department of Food Science, University of Guelph, Guelph, ON N1G 2W1, Canada) ,  Yan Qiong Q. (UCD Centre for Food Safety, School of Public Health, Physiotherapy & Population Science, University College, Dublin, Belfield, Dublin D04 N2E5, Ireland) ,  Gopinath Gopal R. (Center of Food Safety and Applied Nutrition, U. S. Food and Drug Administration, Laurel, MD 20708, USA)
資料名： Microarrays (Web)  (Microarrays (Web))
巻： 6  号： 1  ページ： 6  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7246A  ISSN： 2076-3905  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cronobacter(Enterobacter sakazakiiとして以前に知られている)は,腸内細菌科のグラム陰性,通性嫌気性,酸化酵素陰性,カタラーゼ陽性,桿状細菌の属である。これらの生物は,新生児および乳児における髄膜炎,壊死性腸炎および敗血症のような種々の疾患,および成人における尿路,創傷,膿瘍または外科部位感染,敗血症および肺炎を引き起こす。最近報告されたDNAマイクロアレイを用いて,Cronobacter spp.と分類学的に関連した分離株の379株の全遺伝子含量を測定した。遺伝子タイピングツールとしてのCronobacterマイクロアレイは,食品安全性,環境,および臨床監視目的のための発生分離株の全ゲノム含有量を同定し,捕捉するための迅速な方法である,世界的な食品安全性コミュニティを与える。それは,7つのCronobacter種を互いに区別することができた。マイクロアレイは,各種内の株を明確なサブグループにクラスタ化することもできた。これらの結果はまた,属の種メンバーの系統発生的分離に関する以前の研究を支持し,系統発生的に関連する種と比較して属の各種間の進化的配列の相違を明確に強調する。このレビューは,これらの研究を拡張し,マイクロアレイが菌株からゲノムデータセットを採掘するための調査ツールとしてどのように使用できるかを説明する。マイクロアレイの使用を記述する3つの事例研究を示した。(1)病原性プラスミドpESA3を持つCronobacter sakazakii株間の対立遺伝子の差異の決定;(2)亜種同一性を決定するために,Cronobacter dublinensis株の亜種間のマロン酸とmyo-イノシトール対立遺伝子のマイニング;(3)マイクロアレイを用いて,240のCronobacterと系統発生的に関連した株の間の13の外膜蛋白質対立遺伝子に対する配列分岐と系統発生的関連性傾向を示した。このレビューの目的は,世界的な食品供給からこの食品媒介病原体を除去するための将来の予防措置の開発に向けた基準である,この分類された重要な属のゲノミクス研究のためのロバストなツールとしてのマイクロアレイを記述することである。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 乳児 ,  腸内細菌科 ,  *DNAマイクロアレイ ,  事例研究 ,  *系統発生 ,  対立遺伝子 ,  病原性 ,  敗血症 ,  クラスタ化 ,  新生児 ,  プラスミド ,  予防 ,  細菌感染症
準シソーラス用語： *マイクロアレイ ,  分離株 ,  Cronobacter属 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Crcroobacter ,  マイクロアレイ ,  データマイニング

分類 (2件)： 食品の汚染  (FJ01053P) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

引用文献 (34件)：

• Yan, Q.Q.; Condell1, O.; Power, K.; Butler, F.; Tall, B.D.; Fanning, S. Cronobacter species (formerly known as Enterobacter sakazakii) in powdered infant formula: A review of our current understanding of the biology of this bacterium. J. Appl. Microbiol. 2012, 113, 1-15.
• Jaradat, Z.W.; Al Mousa, W.; Elbetieha, A.; Al Nabulsi, A.; Tall, B.D. Cronobacter spp.-Opportunistic food borne pathogen. A review of its virulence and environmental adaptive traits. J. Med. Microbiol. 2014, 63, 1023-1037.
• Tall, B.D.; Chen, Y.; Yan, Q.Q.; Gopinath, G.R.; Grim, C.J.; Jarvis, K.G.; Fanning, S.; Lampel, K.A. Cronobacter: An emergent pathogen causing meningitis to neonates through their feeds. Sci. Prog. 2014, 97, 154-172.
• Patrick, M.E.; Mahon, B.E.; Greene, S.A.; Rounds, J.; Cronquist, A.; Wymore, K.; Boothe, E.; Lathrop, S.; Palmer, A.; Bowen, A. Incidence of Cronobacter spp. infections, United States, 2003-2009. Emerg. Infect. Dis. 2014, 20, 1520-1523.
• Jason, J. Prevention of invasive Cronobacter infections in young infants fed powdered infant formulas. Pediatrics 2012, 130, e1076-e1084.

タイトルに関連する用語 (7件)： SPP ,  系統発生学 ,  関連性 ,  ゲノム ,  DNAマイクロアレイ ,  生物学 ,  理解