特許
J-GLOBAL ID：201903000569860140
鎖を除外することによりマイクロアレイの性能を向上する方法
発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (7件)：
青木 篤
, 石田 敬
, 福本 積
, 古賀 哲次
, 渡辺 陽一
, 中島 勝
, 上原 路子
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2015-540167
特許番号：特許第6571526号
出願日： 2013年11月06日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 センスおよびアンチセンス鎖を有する標的核酸の配列を、配列決定の計算を含むマイクロアレイ解析により問い合わせる方法であって、
該方法は、1つまたは複数のトレーニング試料の解析により決定された、標的核酸配列における1つまたは複数のヌクレオチド位置について、センスおよびアンチセンス鎖のうち一方からの所定のシグナルを計算から除外することを含み、
ヌクレオチド位置についてセンスおよびアンチセンス鎖のうち一方からの所定のシグナルを除外することは、以下の工程:
(a)1つまたは複数のトレーニング試料を解析してトレーニングデータセット内のトラブルスポットを同定すること;
(b)前記1つまたは複数のヌクレオチド位置の各々について、標的核酸のセンスおよびアンチセンス鎖に特異的なセンスおよびアンチセンスプローブセット(ここで、各プローブセットは、5つのプローブ、つまり、標的配列内の特定の位置においてトラブルスポットとなりうる可能性がある1個のヌクレオチドをそれぞれ検出するための4つのプローブおよび当該位置においてトラブルスポットとなりうる可能性があるヌクレオチドの欠失を検出するための1つのプローブを含む)を含む複数のマイクロアレイを使用し、センスおよびアンチセンス鎖の各々に対する1つまたは複数のプローブセットを用いて該当するヌクレオチド位置におけるハイブリダイゼーションシグナルを測定すること、ここで、前記4つのプローブは、A、T、GおよびCをそれぞれ検出するためのものである;
(c)各プローブセットについて、各プローブセットのハイブリダイゼーションシグナルを比較することにより塩基識別能を決定すること;
(d)各ヌクレオチド位置について、工程(c)で決定した各プローブセットの識別能を用いてセンスおよびアンチセンス鎖で別々に識別能を計算すること;
(e)各ヌクレオチド位置について、工程(d)で計算したセンスおよびアンチセンス鎖間の識別能を比較すること;
(f)検査試料において、工程(a)で同定したトラブルスポットからのシグナル、および工程(e)で同定した塩基識別能が低い鎖からのシグナルをトラブルスポットとして除外すること;
を含む、前記方法。
IPC (4件)：
C12Q 1/6874 ( 201 8.01)
, C12N 15/09 ( 200 6.01)
, G01N 37/00 ( 200 6.01)
, G01N 33/53 ( 200 6.01)
C12Q 1/687 Z
, C12N 15/09 200
, G01N 37/00 102
, G01N 33/53 M
