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J-GLOBAL ID：202002210405300696   整理番号：20A0430679

血液疾患患者におけるSaprochaete clavata Sepsisの発生: エピソードの同定と相関のためのMALDI-TOFとシークエンシング戦略の併用【JST・京大機械翻訳】

Outbreak of Saprochaete clavata Sepsis in Hematology Patients: Combined Use of MALDI-TOF and Sequencing Strategy to Identify and Correlate the Episodes

著者 (16件)： Lo Cascio Giuliana (Microbiology and Virology Unit, Department of Pathology, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy) ,  Vincenzi Marcello (Infectious Disease Unit, Department of Diagnostics and Public Health, University of Verona, Verona, Italy) ,  Soldani Fabio (Infectious Disease Unit, Department of Diagnostics and Public Health, University of Verona, Verona, Italy) ,  De Carolis Elena (Dipartimento di Scienze di Laboratorio e Infettivologiche, Fondazione Policlinico Universitario Agostino Gemelli IRCCS, Rome, Italy) ,  Maccacaro Laura (Microbiology and Virology Unit, Department of Pathology, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy) ,  Sorrentino Annarita (Microbiology and Virology Unit, Department of Pathology, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy) ,  Nadali Gianpaolo (Haematology Unit, Department of Medicine, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy) ,  Cesaro Simone (Division of Pediatric Oncohaematology, Department of Pediatrics, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy) ,  Sommavilla Michele (Direzione Medica Ospedaliera, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy) ,  Niero Valentina (Sezione di Igiene e Medicina Preventiva, Ambientale e Occupazionale, Dipartimento Diagnostica e Sanita Pubblica, Universita di Verona, Verona, Italy) ,  Naso Laura (Microbiology and Virology Unit, Department of Pathology, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy) ,  Grancini Anna (Laboratorio di Analisi Chimico - Cliniche e Microbiologia, Fondazione IRCCS Ca Granda O. Maggiore Policlinico, Milan, Italy) ,  Azzini Anna Maria (Infectious Disease Unit, Department of Diagnostics and Public Health, University of Verona, Verona, Italy) ,  Sanguinetti Maurizio (Dipartimento di Scienze di Laboratorio e Infettivologiche, Fondazione Policlinico Universitario Agostino Gemelli IRCCS, Rome, Italy) ,  Tacconelli E. (Infectious Disease Unit, Department of Diagnostics and Public Health, University of Verona, Verona, Italy) ,  Cornaglia Giuseppe (Microbiology and Virology Unit, Department of Pathology, Azienda Ospedaliera Universitaria Integrata di Verona, Verona, Italy)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 84  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 導入:新しい菌類種は免疫不全患者においてますます報告されている。GeGeo clavatumと呼ばれている子嚢菌であるSaprochaete clavata(S.clavata)は,エキノカンジンに本質的に耐性があり,しばしば誤っている。目的:11か月以内にこの稀な真菌血症を発症した入院血液学患者における7つのS.clavata感染のクラスターについて述べる。7例中3例は死亡した。分離株の同定は,VitekMSシステムのSaramisデータベースと内部転写スペーサー(ITS)領域の配列決定によってのみ決定された。分離株のクローン関連性を,マトリックス支援レーザ脱離イオン化-飛行時間質量分析(MALDI-TOF)分析により測定した。株間のクローン相関を,単一ヌクレオチド変異体(SNP)に基づいて系統発生分析により調べた。臨床症状,1-3β-D-グルカン(BG)およびガラクトマンナン(GM)抗原の結果および汚染の可能な汚染源の分析についても,発生の前向き症例対照研究により記述した。【結果】MALDI-TOF MS-Vitek(bioMerieux,Marcy l’Etoile,フランス)は6つの分離株を同定することができなかったが,SARAMIS(bioMerieux,Marcy l’Etoile,フランス)はS.clavataとして分離株を同定した。最初に,Vitek2は7つのケースのうちの2つでGeGeo capitatumとして株を同定した。分子同定はS.clavataと99%の相同性を示した。BGは6人の患者のうち3人(範囲159から>523pg/ml)で陽性であり,GM結果は常に陰性であった。すべての分離株は,エキノカンジン(アニデュラファンギン,ミカファンギンおよびカスポファンギン)およびフルコナゾールに対して耐性を示したが,フルコナゾールおよびボリコナゾールに対しては感受性であった。1つの分離株は,処理の間,フルシトシンとアンホテリシンBに対して獲得された耐性を示した。MALDI-TOF MS(Bruker Daltonics)とMS-Vitekによって得られた相関に基づく系統樹は,同じ群で7つの血流感染(BSI)分離株の6つをクラスタ化しただけでなく,それらの強い関連性も示した。SNPを用いた系統発生分析は,調査期間中に記録された7つの試料が一緒にクラスタ化されたことを示した。著者らは,1つの症例と残りの間の分割を観察し,zスコア2.3(p値=0.021)と各枝に特有の16の突然変異によって支持されたノードがあった。結論:稀な病原体の発生における菌株クローン性の同定と評価のためのプロテオミクスの使用は,分子全ゲノム配列決定(WGS)タイピングが稀な緊急病原体に対する参照法のままであるとしても,面倒で時間がかかる分子法に対する有望な代替法である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 汚染源 ,  子嚢菌類 ,  突然変異 ,  抗原 ,  病原体 ,  クラスタ化 ,  *MALDI-TOF MS ,  脱着 ,  酵母 ,  クローン ,  クラスタ ,  *血液疾患 ,  データベース ,  プロテオミクス ,  系統樹

著者キーワード (5件)： Saprochaete ,  MALDI-TOF ,  酵母SEPSI ,  発生 ,  全ゲノム配列決定

分類 (3件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  食品の汚染  (FJ01053P) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (30件)：

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• Bougnoux M., Brun S., Zahar J. (2018). Healthcare-associated fungal outbreaks: new and uncommon species, New molecular tools for investigation and prevention. Antimicrob. Resist. Infect. Control 7:45. doi: 10.1186/s13756-018-0338-9

タイトルに関連する用語 (8件)： 血液 ,  疾患患者 ,  エピソード ,  同定 ,  相関 ,  シークエンシング ,  戦略 ,  併用