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J-GLOBAL ID：202002214894309901   整理番号：20A0794729

凍結肺移植生検からのドナーおよびレシピエント転写産物のデコンボリューション【JST・京大機械翻訳】

Deconvolution of Donor and Recipient Transcripts from Frozen Lung Transplant Biopsies

著者 (8件)： Wilson G.W. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada) ,  Allen J.D. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada) ,  Martinu T. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada) ,  Juvet S. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada) ,  Liu M. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada) ,  Cypel M. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada) ,  Keshavjee S. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada) ,  Yeung J.C. (Latner Thoracic Research Laboratories, University Health Network, Toronto, ON, Canada)
資料名： Journal of Heart and Lung Transplantation  (Journal of Heart and Lung Transplantation)
巻： 39  号： 4 S  ページ： S114-S115  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3128A  ISSN： 1053-2498  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒトおよび動物モデルに適用される従来のアプローチを用いた研究の数年にもかかわらず,肺移植の生物学は完全に理解されていない。ヒト肺移植試料と現代の配列決定を用いて分子機構を研究する新しい戦略を開発することを目的とした。ドナーとレシピエント細胞の間の相互作用は,移植に対するユニークな特徴である。このように,著者らは凍結肺組織生検においてドナー特異的遺伝子発現からレシピエントをdeconするための配列決定と生物情報科学戦略を開発した。著者らは,純粋ドナーおよびレシピエント肺の凍結生検に関する全エキソソーム配列決定(40x被覆)を行い,再灌流後2時間に採取した凍結肺生検によりRNA-seq(200M2x125bp)を追跡した。各患者に対して,ドナー/レシピエント特異的単一ヌクレオチド変異(SNVs)を同定し,RNA-seqデータにおけるドナー/レシピエント発現を定量化するために用いた。遺伝子を肺および免疫細胞型から既知のマーカー遺伝子と比較した。RNA-seqデータから同定された受容体特異的転写物は免疫細胞特異的転写産物に富み,遺伝子オントロジー解析は好中球活性化と脱顆粒化(Fig1)を示した。ドナー特異的転写物は肺実質細胞型に富んでいた。レシピエント特異的転写産物の対立遺伝子画分は中央値~0.05であったが,ドナー特異的転写物は0.5の予想される中央値を有した。これは,遺伝子発現の大部分がドナー肺から誘導され,初期再潅流期に予想されるように,レシピエント由来の転写物のわずかな画分しか存在しないことを示す。SNVsの利点を利用することにより,再潅流の初期段階でドナーとレシピエント転写物をdeconすることが可能であることを示した。得られた経路解析は,再潅流生物学の現在の知識と一致する。検証の後,著者らは,CLADのようなより明確でない現象に適用することを目的として,技術を固体-器官移植に一般化することを目指した。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *肺移植 ,  *凍結 ,  *生検 ,  *デコンボリューション ,  脱顆粒 ,  再潅流 ,  RNA【核酸】 ,  受容体 ,  遺伝子 ,  被覆 ,  遺伝子発現 ,  *ドナー【臓器移植】 ,  ヒト ,  対立遺伝子 ,  相互作用

分類 (1件)： 呼吸器疾患の外科療法  (GI05030U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 凍結 ,  肺移植 ,  生検 ,  ドナー ,  転写産物 ,  デコンボリューション