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J-GLOBAL ID：202002217055442208   整理番号：20A2512010

インド北東部における中咽頭癌患者の全ゲノムDNAメチル化と遺伝子発現プロファイリング:エピジェネティックに変化した遺伝子発現の同定は潜在的バイオマーカーを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Whole Genome DNA Methylation and Gene Expression Profiling of Oropharyngeal Cancer Patients in North-Eastern India: Identification of Epigenetically Altered Gene Expression Reveals Potential Biomarkers

著者 (7件)： Marthong Lastborn (Department of Zoology, North Eastern Hill University (NEHU), Shillong, India) ,  Ghosh Sahana (National Institute of Biomedical Genomics (NIBMG), Kalyani, India) ,  Palodhi Arindam (National Institute of Biomedical Genomics (NIBMG), Kalyani, India) ,  Imran Mohamed (National Institute of Biomedical Genomics (NIBMG), Kalyani, India) ,  Shunyu Neizekhotuo Brian (Department of Otorhinolaryngology (ENT), North Eastern Indira Gandhi Regional Institute of Health and Medical Sciences (NEIGRIHMS), Shillong, India) ,  Maitra Arindam (National Institute of Biomedical Genomics (NIBMG), Kalyani, India) ,  Ghosh Srimoyee (Department of Zoology, North Eastern Hill University (NEHU), Shillong, India)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 986  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 口腔咽頭癌は頭頚部扁平上皮癌のサブタイプであり,煙のないタバコやイサナッツの消費のようなユニークなリスク曝露と関係しており,インド,特にMeghalyaの北東地域で非常に一般的である。しかし,この癌型における根底にあるエピジェネティックおよびトランスクリプトミクス変化は,まだ描写されていない。対腫瘍および隣接正常組織におけるゲノムワイド技術を用いて,この領域からの口腔咽頭癌患者におけるDNAメチル化およびトランスクリプトームにおけるゲノムワイド体細胞変化に関する研究を行った。統合的アプローチを用いることにより,これらの患者の腫瘍組織において194のエピジェネティックなサイレンシングと241のエピジェネティックに過剰発現した遺伝子を同定した。これらの遺伝子によって有意に濃縮される経路は,インターロイキンシグナル伝達経路やToll様受容体シグナル伝達経路のような免疫系の経路を含む。また,破骨細胞分化経路はエピジェネティックにアップレギュレートされることを見出した。エピジェネティックにダウンレギュレートされた遺伝子によって豊富な経路は,主に生体異物代謝とケラチン化に関与することを見出した。2つの主要な転写因子-SPI1とRUNX1をエピジェネティックに調節不全として同定し,さらに129の下流遺伝子を調整した。TCGAからの頭頚部癌データとの著者らの観察の比較は,口腔咽頭癌に特異的な可能性がある異なるDNAメチル化と遺伝子発現景観を明らかにした。HPV DNA配列はRNA-Seqデータで腫瘍サンプルのいずれでも検出されなかった。本研究で得られた結果は,疾患の理解を改善する可能性がある。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： タバコ ,  *DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  腫瘍 ,  *ゲノム ,  インターロイキン ,  *遺伝子発現 ,  転写因子 ,  *バイオマーカー ,  トランスクリプトーム ,  遺伝子サイレンシング ,  *エピジェネティクス
準シソーラス用語： *DNAメチル化 ,  過剰発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 中咽頭癌 ,  DNAメチル化 ,  RNA-Seq ,  エピジェネティックな調節 ,  転写因子濃縮 ,  バイオマーカー

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  基礎腫よう学一般  (GE02010R) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

引用文献 (55件)：

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• AssenovY.RamírezF.SchelhornS.-E.LengauerT.AlbrechtM. (2007). Computing topological parameters of biological networks. Bioinformatics 24 282-284. doi: 10.1093/bioinformatics/btm554 18006545
• BhatS.KabekkoduS. P.JayaprakashC.RadhakrishnanR.RayS.SatyamoorthyK. (2017). Gene promoter-associated CpG island hypermethylation in squamous cell carcinoma of the tongue. Virchows Arch. 470 445-454. doi: 10.1007/s00428-017-2094-2 28255813
• BibikovaM.BarnesB.TsanC.HoV.KlotzleB.LeJ. M. (2011). High density DNA methylation array with single CpG site resolution. Genomics 98 288-295. doi: 10.1016/j.ygeno.2011.07.007 21839163

タイトルに関連する用語 (10件)： インド ,  中咽頭 ,  癌患者 ,  ゲノム ,  DNAメチル化 ,  遺伝子発現プロファイリング ,  エピジェネティック ,  遺伝子発現 ,  同定 ,  バイオマーカー