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J-GLOBAL ID：202002217225782715   整理番号：20A0674950

2つの型のシステイン脱硫酵素における中間体としてのPLP基質およびPLP生成物外部アルジミンのスナップショット【JST・京大機械翻訳】

Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes

著者 (5件)： Nakamura Ryosuke (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Graduate School of Science and Engineering, Saitama University, Saitama, Japan) ,  Hikita Masahide (Structural Biology Research Center, Photon Factory, Institute of Materials Structure Science, High Energy Accelerator Research Organization, Tsukuba, Japan) ,  Ogawa Shoko (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Graduate School of Science and Engineering, Saitama University, Saitama, Japan) ,  Takahashi Yasuhiro (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Graduate School of Science and Engineering, Saitama University, Saitama, Japan) ,  Fujishiro Takashi (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Graduate School of Science and Engineering, Saitama University, Saitama, Japan)
資料名： FEBS Journal  (FEBS Journal)
巻： 287  号： 6  ページ： 1138-1154  発行年： 2020年 
JST資料番号： B0206B  ISSN： 1742-464X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： システイン脱硫酵素は,鉄-硫黄(Fe-S)クラスタやチオ-tRNAなどの硫黄含有生体分子へのL-システインからの硫黄移動を触媒する。酵素は補因子ピリドキサール-5′-リン酸(PLP)を利用し,それは触媒作用の間に外部基質と生成物-アルジミンとケチミンを形成し,それらの異なる触媒ループに基づいて2つのタイプ(IとII)に分類される。各基に対する構造に基づく触媒機構を明らかにするために,X線結晶学的スナップショット解析を用いてFe-Sクラスタ生合成に関与するNifS(I型)とSufS(II型)の触媒中間体としての外部基質と生成物-アルジミンの構造を決定した。一般的な中間構造として,PLP-L-システイン外部アルジミンのチオール基は,極性相互作用によりPLPに隣接する保存ヒスチジンにより安定化される。この相互作用は,PLP-L-システインアルジミンから形成されるPLP-L-システインケチミンの状態における触媒ループ上の保存システイン残基によるその後の求核攻撃のために配向したチオール基を形成する。中間体と異なり,ループの構造変化はI型とII酵素の間で異なった。I型酵素において,システインによる求核攻撃にはループの立体配座とトポロジー変化が必要である。対照的に,II型システイン脱硫酵素のループは大きな立体配座変化を示さなかった。むしろ,それはおそらく,PLP-L-システインに対する求核攻撃のための触媒システインのチオール基を配向させる可能性がある。本構造は触媒機構の修正を可能にし,酵素機能,構造的多様性,及びシステイン脱硫酵素の進化を考慮する手掛かりを提供する可能性がある。データベース:構造データは,受入番号5WT2,5WT4,5ZSP,5ZST,5ZS9,5ZSK,5ZSO,6KFZ,6KG0および6KG1の下でPDBデータベースにおいて利用可能である。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クラスタ ,  *酵素 ,  触媒 ,  配座転移 ,  *脱硫 ,  *基質 ,  データベース ,  リン酸 ,  相互作用 ,  立体配座 ,  生合成 ,  硫黄 ,  補因子 ,  *中間体 ,  tRNA

著者キーワード (5件)： 生合成 ,  システインデサチュラーゼ ,  酵素触媒作用 ,  反応中間体 ,  X線結晶学

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (10件)： 型 ,  システイン ,  脱硫 ,  酵素 ,  中間体 ,  PLP ,  基質 ,  生成物 ,  アルジミン ,  スナップショット