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J-GLOBAL ID：202002219870841045   整理番号：20A2340226

転写因子結合部位の予測精度を改善するためのDNA形状特徴を結合する新しい方法【JST・京大機械翻訳】

A New Method Combining DNA Shape Features to Improve the Prediction Accuracy of Transcription Factor Binding Sites

著者 (8件)： Wang Siguo (The Institute of Machine Learning and Systems Biology, School of Electronics and Information Engineering, Tongji University, Shanghai, China) ,  Shen Zhen (The Institute of Machine Learning and Systems Biology, School of Electronics and Information Engineering, Tongji University, Shanghai, China) ,  He Ying (The Institute of Machine Learning and Systems Biology, School of Electronics and Information Engineering, Tongji University, Shanghai, China) ,  Zhang Qinhu (The Institute of Machine Learning and Systems Biology, School of Electronics and Information Engineering, Tongji University, Shanghai, China) ,  Yuan Changan (Guangxi Academy of Science, Nanning, China) ,  Qin Xiao (School of Computer and Information Engineering, Nanning Normal University, Nanning, China) ,  Wu Hongjie (School of Electronic and Information Engineering, Suzhou University of Science and Technology, Suzhou, China) ,  Zhao Xingming (Institute of Science and Technology for Brain Inspired Intelligence (ISTBI), Fudan University, Shanghai, China)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 12464  ページ： 79-89  発行年： 2020年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写因子(TF)結合部位(TFBS)の同定は,遺伝子調節の計算推論において重要な役割を果たす。高スループット技術の開発により,TFBSの同定に用いられる多くの従来法と深い学習モデルがある。しかし,ほとんどの方法は,生DNA配列のみに基づくTFBSを予測するように設計され,低い精度をもたらす。したがって,DNA配列とDNA形状特徴を組み合わせた二重チャネル畳込みニューラルネットワーク(CNN)モデルを提案し,DCDSと名付けたTFBSを予測した。DCDSモデルにおいて,畳込み層は入力データから低レベル特徴を捕捉し,並列プール操作を用いて,TFBSの予測精度を改善するために,各フィルタのシーケンスで最も重要な活性化信号を見出した。66のin vitroデータセットで一連の実験を行い,実験結果は,提案モデルDCDSがいくつかの最先端の方法より優れていることを示した。Copyright Springer Nature Switzerland AG 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 畳込み ,  フィルタ ,  学習モデル ,  *DNA【核酸】 ,  *結合部位 ,  遺伝的調節 ,  *転写因子 ,  in vitro実験
準シソーラス用語： DNA配列 ,  *予測精度 ,  ハイスループット ,  *転写因子結合部位 ,  入力データ ,  デュアルチャネル ,  畳込みニューラルネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 畳込みニューラルネットワーク ,  転写因子結合部位 ,  DNA形状特徴 ,  DNA配列 ,  プール作業

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 転写因子結合部位 ,  予測精度 ,  DNA ,  形状特徴