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J-GLOBAL ID：202002220243734989   整理番号：20A1016563

AcMg/AMP配列変異解釈フレームワークを用いた機能的証拠PS3/BS3基準の適用に対する推奨【JST・京大機械翻訳】

Recommendations for application of the functional evidence PS3/BS3 criterion using the ACMG/AMP sequence variant interpretation framework

著者 (16件)： Brnich Sarah E. (Department of Genetics, The University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, USA) ,  Tayoun Ahmad N. Abou (Genomics Department, Al Jalila Children’s Specialty Hospital, Dubai, United Arab Emirates) ,  Couch Fergus J. (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, USA) ,  Cutting Garry R. (Department of Genetic Medicine, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Greenblatt Marc S. (Department of Medicine and University of Vermont Cancer Center, Larner College of Medicine, University of Vermont, Burlington, USA) ,  Heinen Christopher D. (Center for Molecular Oncology, UConn Health, Farmington, USA) ,  Kanavy Dona M. (Department of Genetics, The University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, USA) ,  Luo Xi (Department of Pediatrics/Hematology-Oncology, Baylor College of Medicine, Houston, USA) ,  McNulty Shannon M. (Department of Genetics, The University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, USA) ,  Starita Lea M. (Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, USA) ,  Starita Lea M. (Brotman Baty Institute for Precision Medicine, Seattle, USA) ,  Tavtigian Sean V. (Department of Oncological Sciences and Huntsman Cancer Institute, University of Utah School of Medicine, Salt Lake City, USA) ,  Wright Matt W. (Stanford University School of Medicine, Stanford, USA) ,  Harrison Steven M. (Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, USA) ,  Biesecker Leslie G. (Medical Genomics and Metabolic Genetics Branch, National Human Genome Research Institute, NIH, Bethesda, USA) ,  Berg Jonathan S. (Department of Genetics, The University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, USA)
資料名： Genome Medicine (Web)  (Genome Medicine (Web))
巻： 12  号： 1  ページ： 1-12  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7320A  ISSN： 1756-994X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子病理学(AMP)臨床変異解釈ガイドラインのための米国医科大学(ACMG)/協会は,異なるタイプの証拠に対する基準を確立した。これは,変異体がそれぞれ異常または正常な遺伝子/蛋白質機能を有することを示す「良く確立された」機能アッセイに対する強い証拠コードPS3とBS3を含む。しかしながら,それらは機能的証拠がどのように評価されるべきかについての詳細なガイダンスを提供せず,PS3/BS3コードの適用における差異は実験室間の異型解釈不一致の一因である。この推奨は,アッセイ検証に基づく様々なレベルの強度の使用に関する変異解釈と誘導のための機能的アッセイの評価に対するより構造化されたアプローチを提供することを求める。臨床ゲノム資源(ClinGen)シーケンス変数介入(SVI)ワーキンググループは,ClinGen variance Curation Expert Panel開発ルール仕様と専門家意見からの機能的証拠を用いて,複数の人と仮想会議上でPS3/BS3基準を洗練した。著者らは,中程度のレベルの証拠に到達するために必要な最小の制御を決定するために,様々な数の変異体対照を用いたアッセイに対する病原性のオッズを推定した。ClinGen Steering委員会と外部専門家からのフィードバックを,開発の複数の段階における勧告に組み込んだ。SVIワーキンググループは,機能的データの臨床的妥当性の評価と臨床的変異解釈に適用できる証拠の適切な強度を決定するための4段階暫定フレームワークに関する評価者に対する推奨を開発した。これらのステップは以下の通りである。(1)疾患メカニズムを定義し,(2)圃場で使用される一般的なアッセイの適用性を評価し,(3)アッセイの特異的な実例の妥当性を評価し,(4)個々の変異解釈に対する証拠を適用する。著者らは,11の全病原性および良性変異体対照の最小値が,厳密な統計解析の不在下で中程度レベルの証拠に到達するために必要であることを見出した。ここで述べた機能的証拠評価への推奨とアプローチは,機能分析のための臨床的変異解釈過程の解明に役立つ。さらに,これらの勧告は,様々な遺伝子の機能を調べるのに有用な機能的分析を開発した基礎科学者による生産的パートナーシップの開発に役立つと期待される。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  適応性 ,  *ゲノム ,  病原性 ,  機能分析
準シソーラス用語： 分子病理学 ,  異型 ,  蛋白質機能 ,  *配列突然変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 機能分析 ,  ガイドライン ,  バリアント解釈

分類 (3件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (35件)：

• Genet Med.; Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology; S Richards, N Aziz, S Bale, D Bick, S Das, J Gastier-Foster; 17; 2015; 405-424; 10.1038/gim.2015.30; citation_id=CR1
• Human Mutation; Quantifying the potential of functional evidence to reclassify variants of uncertain significance in the categorical and Bayesian interpretation frameworks; Sarah E. Brnich, Edgar A. Rivera-Muñoz, Jonathan S. Berg; 39; 11; 2018; 1531-1541; 10.1002/humu.23609; citation_id=CR2
• Genet Med.; Clinical laboratories collaborate to resolve differences in variant interpretations submitted to ClinVar; SM Harrison, JS Dolinsky, AE Knight Johnson, T Pesaran, DR Azzariti, S Bale; 19; 2017; 1096-1104; 10.1038/gim.2017.14; citation_id=CR3
• Am J Hum Genet; Performance of ACMG-AMP variant-interpretation guidelines among nine laboratories in the Clinical Sequencing Exploratory Research Consortium; LM Amendola, GP Jarvik, MC Leo, HM McLaughlin, Y Akkari, MD Amaral; 98; 2016; 1067-1076; 10.1016/j.ajhg.2016.03.024; citation_id=CR4
• Sequence Variant Interpretation Working Group [Internet]. [cited 2019 Oct 16]. Available from: https://www.clinicalgenome.org/working-groups/sequence-variant-interpretation. Accessed 16 Oct 2019.

タイトルに関連する用語 (5件)： AMP ,  配列変異 ,  フレームワーク ,  証拠 ,  推奨