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J-GLOBAL ID：202002221551202031   整理番号：20A2015953

Sox遺伝子ファミリーは自己四倍体Carassius auratusにおける遺伝的変異を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Sox Gene Family Revealed Genetic Variations in Autotetraploid Carassius auratus

著者 (13件)： Huang Xu (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Wu Chang (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Gong Kaijun (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Chen Qian (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Gu Qianhong (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Qin Huan (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Zhao Chun (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Yu Tingting (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Yang Li (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Fu Wen (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Wang Yude (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Qin Qinbo (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Liu Shaojun (State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Engineering Research Center of Polyploid Fish Reproduction and Breeding of the State Education Ministry, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 804  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Sox遺伝子ファミリーは脊椎動物における発生過程において鍵となる役割を果たす転写因子をコード化した。硬骨魚類におけるSox遺伝子ファミリーの進化的運命をさらに理解するため,Sox遺伝子を,鈍いスナウダイ(2n=48,Megalobrama amblycephala,BSB),キンギョ(2n=100,Carassius auratus red var.,2nRCC),および同質四倍体C.auratus(4n=200,4nRCC)を含む異なる倍数性レベルの魚において包括的に特性化した。2nRCCの全ゲノム重複(WGD)に由来する4nRCCを,2nRCC(ΔΨ)×BSB(ΔΨ)の遠隔ハイブリダイゼーションにより得た。ゼブラフィッシュ(2n=50,Danio rerio),26,47,および92の推定Sox遺伝子における26のSox遺伝子と比較して,それぞれBSB,2nRCC,および4nRCCゲノムで同定され,7つのサブファミリー(B1,B2,C,D,E,F,およびK)に分類された。比較分析は,Sox遺伝子の89.36%(42/47)がBSBのそれらと比較して2nRCCで複製されたが,Sox遺伝子の97.83%(90/92)は2nRCCのそれらと比較して4nRCCで重複し,Sox遺伝子ファミリーは倍数体化事象後にそれぞれBSB,2nRCC,および4nRCCで膨張を受けたことを示した。さらに,潜在的遺伝子損失,遺伝的変異および父親SNP遺伝子座挿入が倍数体化事象の間に起こった。著者らのデータは,WGD事象のいくつかのラウンド後の倍数体脊椎動物におけるSox遺伝子ファミリーの進化への新しい洞察を提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  脊椎動物 ,  硬骨魚類 ,  ゲノム ,  キンギョ ,  *四倍体 ,  倍数体 ,  キャラクタリゼーション ,  ゼブラフィッシュ ,  遺伝子重複 ,  転写因子 ,  父親
準シソーラス用語： *遺伝的変異 ,  比較分析 ,  *遺伝子ファミリー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Sox遺伝子ファミリー ,  全ゲノム重複 ,  自己四倍体 ,  倍数体化 ,  ハイブリダイゼーション

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  飼育動物の育種  (FD01020R) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (54件)：

• Axel Meyer M. S. (1999). Gene and genome duplications in vertebrates_ the one-tofour (to eight in fish) rule and the evolution of novel gene functions. Curr. Opin. Cell Biol. 11 699-704. doi: 10.1016/s0955-0674(99)00039-3
• Chen Z., Omori Y., Koren S., Shirokiya T., Kuroda T., Miyamoto A. (2019). De novo assembly of the goldfish (Carassius auratus) genome and the evolution of genes after whole-genome duplication. Sci Adv. 5:eaav0547. doi: 10.1126/sciadv.aav0547
• Cheng P., Huang Y., Du H., Li C., Lv Y., Ruan R., et al (2019). Draft genome and complete hox-cluster characterization of the sterlet (Acipenser ruthenus). Front. Genet. 10:776. doi: 10.3389/fgene.2019.00776
• Chiang E. F., Pai C. I., Wyatt M., Yan Y. L., Postlethwait J., Chung B. (2001). Two sox9 genes on duplicated zebrafish chromosomes: expression of similar transcription activators in distinct sites. Dev. Biol. 231 149-163. doi: 10.1006/dbio.2000.0129
• Cossins A. R., Crawford D. L. (2005). Fish as models for environmental genomics. Nat. Rev. Genet. 6 324-333. doi: 10.1038/nrg1590

タイトルに関連する用語 (6件)： SOx ,  遺伝子ファミリー ,  自己 ,  四倍体 ,  Carassius ,  遺伝的変異