全ゲノム転写解析は肝細胞癌における選択的スプライシング事象プロファイルを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Xiong Yongfu; Xiong Yongfu; Yang Gang; Wang Kang; Riaz Muhammad; Xu Jian; Lv Zhenbing; Zhou He; Li Qiang; Li Weinan; Sun Ji; Tao Tang; Li Jingdong; Li Jingdong

文献

J-GLOBAL ID：202002231599847629 整理番号：20A2285823

全ゲノム転写解析は肝細胞癌における選択的スプライシング事象プロファイルを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Transcriptional Analysis Reveals Alternative Splicing Event Profiles in Hepatocellular Carcinoma and Their Prognostic Significance

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資料名：
巻： 11 ページ： 879 発行年： 2020年
JST資料番号： U7071A ISSN： 1664-8021 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

蓄積された証拠は,以前の研究で著しく無視されてきた肝細胞癌(HCC)における異常なスプライシングの予想外の役割を示している。HCCにおけるオルタナティブスプライシング(AS)とその根底にある生物学的および臨床的関連性の詳細な分析の必要性がある。この研究では,HCC患者の臨床情報および対応するRNA配列決定データを,癌ゲノムアトラスから得た。SpliceSeqを用いた元のRNA配列決定データから,遺伝子の(PSI)値および転写スプライシングパターンにおけるパーセントスプライスパターンを決定した。次に,異なる患者におけるASイベントのPSI値に基づいて,一連のバイオインフォマティクス法を用いて,差次的に発現したAS事象(DEAS)を同定し,潜在的調節関係を決定し,DEASと患者の臨床病理学的特徴の間の相関を調べた。最後に,8795の遺伝子に由来する25,934のAS事象を,高信頼性でスクリーニングした。これらのASイベントの263はDEASとして同定された。これらのDEASの親遺伝子は,癌関連経路および肝臓代謝の調節において役割を持つ複雑なネットワークを形成した。HCCにおいて,36のスプライシング因子は,部分DEASの調節不全に関与し,100のDEAS事象は,全体の生存と相関して,71のDEAS事象は,無病生存率と相関していた。DEASによるHCC患者の層別化は,異なる生存パターンを有する4つのクラスタをもたらした。ASの有意な変化は,HCC開始と維持の間に起こった;これらは生物学的過程および予後の両方にとって極めて重要である。ここで同定したHCC関連AS事象と構築したスプライシングネットワークは,HCCにおけるASの根底にある役割を解読するのに有用である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現 , 腫ようの化学・生化学・病理学

引用文献 (53件)：

Biamonti G., Catillo M., Pignataro D., Montecucco A., Ghigna C. (2014). The alternative splicing side of cancer. Semin. Cell Dev. Biol. 32 30-36. doi: 10.1016/j.semcdb.2014.03.016
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Brett D., Pospisil H., Valcarcel J., Reich J., Bork P. (2002). Alternative splicing and genome complexity. Nat. Genet. 30 29-30. doi: 10.1038/ng803
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