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J-GLOBAL ID：202002233669137127   整理番号：20A2193974

2つのGH74エンドプロセシングキシログルカナーゼおよび変異体の分子動力学シミュレーションは酵素作用機構を改善する【JST・京大機械翻訳】

Molecular dynamics simulations of two GH74 endo-processive xyloglucanases and the mutated variants to understand better the mechanism of the enzyme action

著者 (3件)： Gusakov Alexander V. (Department of Chemistry, M. V. Lomonosov Moscow State University, Vorobyovy Gory 1/11, Moscow 119991, Russia) ,  Uporov Igor V. (Department of Chemistry, M. V. Lomonosov Moscow State University, Vorobyovy Gory 1/11, Moscow 119991, Russia) ,  Sinitsyna Olga A. (Department of Chemistry, M. V. Lomonosov Moscow State University, Vorobyovy Gory 1/11, Moscow 119991, Russia)
資料名： Biochimica et Biophysica Acta  (Biochimica et Biophysica Acta)
巻： 1864  号： 12  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： B0207A  ISSN： 0005-2728  CODEN： BBBMBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： GH74キシログルカナーゼは2つの非構造化ペプチドにより連結された2つの別々のドメインから成る。以前に,ドメインの動きが触媒作用の酵素機構に影響するとの仮説がなされた。Paenibacillus odorfer(PoGH74_cat)とMyceliophthora thermophila(MtXeg74A)からのエンドプロセスキシログルカナーゼの分子動力学(MD)シミュレーションを実施した。XXLGとXGXXLGオリゴ糖との複合体における両酵素のMDシミュレーションはドメイン移動の可能性を確認した。MtXeg74Aの場合,活性部位裂溝の-3および+3サブサイトにおけるキシログルカン結合に関与する芳香族残基のC_α原子間の距離の変化および裂溝の反対側の選択した残基のそれらは10-12Åに達する値に達した。PoGH74_catに対して,配座転移はそれほど顕著でなかった。MtXeg74A変異体において,ループ1の欠失は,部分的に裂溝への入口を閉じ,+3および+5サブサイトにおける2つのTrp残基の付加的二重突然変異は,XGXXLGの移動性の増強を引き起こし,また,裂溝のトポグラフィーの変化を誘導した。これらの知見は,よりオープンでより閉鎖した酵素立体配座におけるGH74キシログルカナーゼの存在の可能性を実証した。開放立体配座の酵素は分岐多糖類に容易に適応し,一方,ループ1機能と共に閉鎖立体配座へのその転移は加工性を助けるはずである。本結果はGH74キシログルカナーゼの作用機構への洞察を提供し,他のファミリーからのグリコシドヒドロラーゼの触媒機構を議論するのに有用である。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *シミュレーション ,  立体配座 ,  *酵素 ,  配座転移 ,  多糖類 ,  ペプチド ,  グリコシド結合ヒドロラーゼ ,  突然変異 ,  活性部位 ,  複合体 ,  *分子動力学
準シソーラス用語： キシログルカン ,  ドメイン構造 ,  *キシログルカナーゼ ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： キシログルカナーゼ ,  GH74 ,  Myceliophthora thermophila ,  Paenibacillus ,  加工性 ,  分子動力学

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (4件)： 変異体 ,  分子動力学シミュレーション ,  酵素 ,  作用機構