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J-GLOBAL ID：202002238177223255   整理番号：20A1861182

アスパラギン酸,システインおよびセリンプロテアーゼの触媒部位pK_a値:一定pH MDシミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Catalytic Site pK_a Values of Aspartic, Cysteine, and Serine Proteases: Constant pH MD Simulations

著者 (5件)： Hofer Florian (Institute for General, Inorganic and Theoretical Chemistry, Center for Molecular Biosciences Innsbruck (CMBI), University of Innsbruck, Austria) ,  Kraml Johannes (Institute for General, Inorganic and Theoretical Chemistry, Center for Molecular Biosciences Innsbruck (CMBI), University of Innsbruck, Austria) ,  Kahler Ursula (Institute for General, Inorganic and Theoretical Chemistry, Center for Molecular Biosciences Innsbruck (CMBI), University of Innsbruck, Austria) ,  Kamenik Anna S. (Institute for General, Inorganic and Theoretical Chemistry, Center for Molecular Biosciences Innsbruck (CMBI), University of Innsbruck, Austria) ,  Liedl Klaus R. (Institute for General, Inorganic and Theoretical Chemistry, Center for Molecular Biosciences Innsbruck (CMBI), University of Innsbruck, Austria)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 60  号： 6  ページ： 3030-3042  発行年： 2020年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プロテアーゼの酵素機能と活性は,pH値によって密接に制御された。活性部位における滴定残基のプロトン化状態は,pK_aに従ってpH値の変化に反応し,それにより酵素の機能性を決定する。これらの残基の滴定挙動の知識は活性部位残基を標的とする薬剤の開発に重要である。しかし,実験pK_aデータは,システムのサイズと複雑性が本質的に難しいこれらのpK_a値を決定するので,不足している。本研究では,一連のアスパラギン酸,システインおよびセリンプロテアーゼの活性部位pK_a値を推定するための迅速でロバストなツールとして,単一pH一定pH MDシミュレーションを用いた。活性部位残基の特徴的なpK_aシフトを捕獲し,それぞれのプロテアーゼファミリーの実験的に決定した活性プロファイルを決定した。各ファミリー内の活性部位pK_a値の明確な差異を見出し,それはそれぞれのプロテアーゼの実験的に決定されたpH選択性に密接に一致した。これらのシフトは各プロテアーゼファミリーに特徴的な静電相互作用の異なるネットワークに起因する。セリンおよびアスパラギン酸プロテアーゼに対する実験データとの説得力のある一致を見出したが,一定pH MDフレームワーク内のシステインの滴定挙動の記述における明確な欠損を観察し,改善の機会を強調した。従って,この研究により,アスパラギン酸とセリンプロテアーゼの活性部位pK_a値の簡潔なセットを提供し,将来の研究と同様に将来の理論の参考として役立つ。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *シミュレーション ,  ネットワーク ,  酵素 ,  静電相互作用 ,  プロトン化 ,  *活性部位 ,  *ペプチド結合ヒドロラーゼ ,  ロバスト性 ,  *セリンプロテイナーゼ ,  pH【水素イオン指数】 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族アルコール ,  脂肪族カルボン酸 ,  アミノアルコール ,  ヒドロキシ酸 ,  チオール ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 複雑性 ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  抗ウイルス薬の基礎研究  (GW17040O) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (3件)： セリン ,  システイン ,  アスパラギン酸

タイトルに関連する用語 (6件)： アスパラギン酸 ,  システイン ,  セリンプロテアーゼ ,  触媒部位 ,  pH ,  MDシミュレーション