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J-GLOBAL ID：202002241736323128   整理番号：20A1896785

比較ゲノミクスはVeillonella atypaの遺伝的多様性と特性を明らかにし,その潜在的応用への洞察を提供する【JST・京大機械翻訳】

Comparative Genomics Uncovers the Genetic Diversity and Characters of Veillonella atypica and Provides Insights Into Its Potential Applications

著者 (5件)： Han Maozhen (School of Life Sciences, Anhui Medical University, Hefei, China) ,  Liu Gang (School of Life Sciences, Anhui Medical University, Hefei, China) ,  Chen Yajun (School of Life Sciences, Hefei Normal University, Hefei, China) ,  Wang Dong (School of Life Sciences, Hefei Normal University, Hefei, China) ,  Zhang Yan (School of Life Sciences, Hefei Normal University, Hefei, China)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 1219  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Veillonella atypeaは,哺乳類の腸および口腔に存在する細菌であり,異なるニッチにおいて多様な役割を果たす。最近の研究で,Veillonellaはマラソンの走行と高度に関連しており,V.atypeaの強制飼養がマウスのトレッドミル走行時間を改善し,V.atypeaが運動能力の改善において高いバイオテクノロジー可能性を持つことを明らかにした。しかし,V.atypeaの遺伝的多様性,機能形質およびゲノム編集法の包括的な分析は,分かりにくいままである。本研究では,9つのV.atypea株の遺伝的データセットの系統的比較解析を行った。V.atypeaのパンゲノムは,2,065の相同クラスタから成り,オープンパンゲノム構造を示した。2つの異なるカテゴリーを持つV.atypeaの系統発生解析により,V.atypea OK5は他の8つのV.atypea株から最も離れていることが明らかになった。合計43のオルソログ遺伝子をCAZyme遺伝子として同定し,23のCAZymeファミリーに分類した。アクセサリークラスタに由来するCAZyme成分は,炭水化物を利用する9つのV.atya株の能力の違いに寄与した。V.atypeaの代謝経路の統合分析は,V.atypea株がバンコマイシン耐性を持ち,二次代謝産物のいくつかの生合成経路に関与することを示唆した。V.atypea株は4つの主なCas蛋白質,すなわちCAS型IIIA,CAS型IIC及びCAS型IIIDを保持した。このパイロット研究は,この細菌の生物工学的可能性を増加させる可能性を可能にするV.atypeaの生物学についての詳細な理解と基本的な知識を提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 細菌 ,  *遺伝 ,  遺伝子 ,  口腔 ,  哺乳類 ,  系統発生 ,  ゲノム ,  代謝経路 ,  クラスタ ,  *Veillonella ,  二次代謝産物
準シソーラス用語： オルソログ遺伝子 ,  生合成経路 ,  *比較ゲノミクス ,  ゲノム構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Veillonella atypa ,  パンゲノム ,  CAZymes ,  代謝経路 ,  CAS型IIIA

分類 (5件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  口腔衛生学  (GT07000I) ,  代謝と栄養  (EG03054K) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

引用文献 (49件)：

• Alkhnbashi O. S., Meier T., Mitrofanov A., Backofen R., Voss B. (2019). CRISPR-Cas bioinformatics. Methods 172 3-11. doi: 10.1016/j.ymeth.2019.07.013
• Al-Otaibi F. E., Al-Mohizea M. M. (2014). Non-vertebral Veillonella species septicemia and osteomyelitis in a patient with diabetes: a case report and review of the literature. J. Case Rep. Med. 8:365. doi: 10.1016/j.ymeth.2019.07.013
• Aujoulat F., Bouvet P., Jumas-Bilak E., Jean-Pierre H., Marchandin H. (2014). Veillonella seminalis sp. nov., a novel anaerobic Gram-stain-negative coccus from human clinical samples, and emended description of the genus Veillonella. Intern. J. Syst. Evol. Microbiol. 64 3526-3531. doi: 10.1099/ijs.0.064451-0
• Beighton D., Clark D., Hanakuka B., Gilbert S., Do T. (2008). The predominant cultivable Veillonella spp. of the tongue of healthy adults identified using rpoB sequencing. Oral Microbiol. Immunol. 23 344-347. doi: 10.1111/j.1399-302x.2007.00424.x
• Bohra V., Dafale N. A., Purohit H. J. (2019). Understanding the alteration in rumen microbiome and CAZymes profile with diet and host through comparative metagenomic approach. Archiv. Microbiol. 201 1385-1397. doi: 10.1007/s00203-019-01706-z

タイトルに関連する用語 (5件)： 比較ゲノミクス ,  Veillonella ,  遺伝的多様性 ,  応用 ,  洞察