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J-GLOBAL ID：202002246855660025   整理番号：20A2755457

RNA-seqデータの差次的発現解析のための方法の安定性【JST・京大機械翻訳】

Stability of methods for differential expression analysis of RNA-seq data

著者 (2件)： Lin Bingqing (Institute of Statistical Sciences, College of Mathematics and Statistics, Shenzhen, China) ,  Pang Zhen (Department of Applied Mathematics, Hong Kong, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 1-13  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA-seqは遺伝子発現レベルを測定する選択のアッセイになるので,差次的発現分析は研究者の広範な注目を受けてきた。今日まで,DE法の評価には,多くの注意が妥当性に払われてきた。しかし,DE法,安定性の別の重要な側面は見落とされ,我々の知識の最良に研究されていない。本研究では,DE法の安定性評価の必要性を経験的に示し,相関曲線(AUCOR)下の領域と呼ぶ安定性計量を提案し,混合分布により摂動データセットを生成し,これらの摂動データセットとオリジナルデータセットから選択した特徴の集合間の類似性の情報を結合した。経験的結果は,AUCORが与えられたRNA-seqデータセットに対する安定性に関してDE法を効果的にランク付けできることを示した。さらに,実験およびデータ解析からの生物学的または技術的要因がDE法の安定性にどのように影響するかを調べた。AUCORはオープンソースRパッケージAUCORに実装され,ソースコードはhttps://github.com/linbingqing/stableDEで自由に利用可能である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  データ解析 ,  等級づけ ,  類似性 ,  摂動 ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： 混合分布 ,  散布図 ,  オープンソース ,  ソースコード ,  *差次的遺伝子発現 ,  Rパッケージ ,  *RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 安定性 ,  DE解析 ,  RNA-seqデータ

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (27件)：

• Biostatistics; Normalization, testing, and false discovery rate estimation for rna-sequencing data; J Li, DM Witten, IM Johnstone, R Tibshirani; 13; 2011; 523-38; 10.1093/biostatistics/kxr031; citation_id=CR1
• Bioinformatics; edger:a bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data; MD Robinson, DJ McCarthy, GK Smyth; 26; 2010; 139-40; 10.1093/bioinformatics/btp616; citation_id=CR2
• Genome Biol; Moderated estimation of fold change and dispersion for rna-seq data with deseq2; MI Love, W Huber, S Anders; 15; 2014; 550; 10.1186/s13059-014-0550-8; citation_id=CR3
• Bioinformatics; Shrinkage estimation of dispersion in negative binomial models for rna-seq experiments with small sample size; D Yu, W Huber, O Vitek; 29; 2013; 1275-82; 10.1093/bioinformatics/btt143; citation_id=CR4
• Bioinformatics; Ebseq: an empirical bayes hierarchical model for inference in rna-seq experiments; N Leng, JA Dawson, JA Thomson, V Ruotti, AI Rissman, BMG Smits, JD Haag, MN Gould, RM Stewart, C Kendziorski; 29; 2013; 1035-43; 10.1093/bioinformatics/btt087; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： RNA-seq ,  差次的発現 ,  解析 ,  安定性