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J-GLOBAL ID：202002248159230841   整理番号：20A2286668

限定DNAサンプルを用いた全ゲノム集団分析による北太平洋におけるアオウミガメの出生起源同定【JST・京大機械翻訳】

Natal Origin Identification of Green Turtles in the North Pacific by Genome-Wide Population Analysis With Limited DNA Samples

著者 (12件)： Hamabata Tomoko (Laboratory of Evolutionary Biology, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, Sendai, Japan) ,  Matsuo Ayumi (Kawatabi Field Science Center, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University, Osaki, Japan) ,  Sato Mitsuhiko P. (Kawatabi Field Science Center, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University, Osaki, Japan) ,  Kondo Satomi (Ogasawara Marine Center, Everlasting Nature of Asia, Ogasawara, Japan) ,  Kameda Kazunari (Kuroshima Research Station, Sea Turtle Association of Japan, Yaeyama, Japan) ,  Kawazu Isao (Okinawa Churashima Research Center, Okinawa Churashima Foundation, Motobu, Japan) ,  Kawazu Isao (Okinawa Churaumi Aquarium, Okinawa Churashima Foundation, Motobu, Japan) ,  Fukuoka Takuya (Atmosphere and Ocean Research Institute, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan) ,  Fukuoka Takuya (International Coastal Research Center, Atmosphere and Ocean Research Institute, The University of Tokyo, Otsuchi, Japan) ,  Sato Katsufumi (Atmosphere and Ocean Research Institute, The University of Tokyo, Kashiwa, Japan) ,  Suyama Yoshihisa (Kawatabi Field Science Center, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University, Osaki, Japan) ,  Kawata Masakado (Laboratory of Evolutionary Biology, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, Sendai, Japan)
資料名： Frontiers in Marine Science (Web)  (Frontiers in Marine Science (Web))
巻： 7  ページ： 658  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7076A  ISSN： 2296-7745  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムワイド一塩基多型(SNP)を用いた研究は,非モデル種で成長しているが,多くの野生種における個体群ゲノム解析のための十分な高品質ゲノムDNA(gDNA)を調製するのは,まだ困難である。本研究では,まず北太平洋におけるグリーンカメの個体群構造を分析した。日本の4つの地域(Yaeyama,沖縄,Amami,およびOgasawara諸島),東南アジア,台湾,MicronesiaのFedational Assity,共和国Marshall諸島,および中央または東部太平洋(C/E太平洋)は,デッドカーカスから1ngのgDNAを,そして,配列決定(MIG-seq)による多重単純配列反復(ISSR)遺伝子タイピングから,約1ngのgDNAを用いて,中央または東部太平洋(C/E太平洋)であった。さらに,ゲノムワイドSNPデータが,ミトコンドリアDNA(mtDNA)ハプロタイプのみによって同定するのが難しい採餌カメの出生起源を狭めるかどうかを調査した。ゲノムワイドSNPから観察された全体的な営巣個体群構造はmtDNAからの結果と一致し,他の北太平洋個体群からのC/E太平洋とOgasawara諸島の集団隔離が強調された。しかし,Ogasawaras以外の北西太平洋間の個体群境界は明確ではなかった。ゲノムワイドSNPデータのOgasawara個体群の一意性は,Ogasawara諸島で生まれたカメ類の同定を可能にした。結果は,ゲノムワイドSNPデータが,従来のmtDNA-basis混合ストック分析による決定が困難なカメの出生起源の同定において,より実用的であることを示した。本研究はまた,MIG-seqが,試料収集が困難な多くの海洋メガファウナにおける個体群ゲノミクスのために,多くの保存または断片化したgDNA試料を利用するための潜在的需要に適合することが期待される。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  海洋 ,  *ゲノム ,  多重化 ,  *ウミガメ科 ,  営巣 ,  個体群 ,  ハプロタイプ ,  一塩基多型
準シソーラス用語： ミトコンドリアDNA ,  ゲノミクス ,  個体群構造 ,  ゲノムDNA ,  遺伝子タイピング ,  野生種 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ウミガメ ,  集団ゲノミクス ,  現場試料 ,  MIG-seq ,  出生起源の同定

分類 (2件)： 集団遺伝学  (EC01040J) ,  魚類  (FH02020K)

引用文献 (41件)：

• Abreu-Grobois F. A., Horrocks J. A., Krueger B., Formia A., Beggs J. (2006). “"New mtDNA dloop primers which work for a variety of marine turtle species may increase the resolution of mixed stock analyses,"” in Book of Abstracts from the 26th Annual Symposium on Sea Turtle Biology and Conservation. International Sea Turtle Society, eds Frick M., Panagopoulou A., Rees A. F., Williams K., (Athens: International Sea Turtle Society), 179.
• Barbanti A., Torrado H., Macpherson E., Bargelloni L., Franch R., Carreras C., et al (2020). Helping decision making for reliable and cost-effective 2b-RAD sequencing and genotyping analyses in non-model species. Mol. Ecol. Resour. 20 756-806. doi: 10.1111/1755-0998.13144
• Bolten A. B. (2003). “"Chapter 9: variation in sea turtle life history patterns: neritic vs. oceanic developmental stages,"” in The Biology of Sea Turtles, Vol. II, eds Lutz P. L., Musick J. A., Wyneken J., (Boca Raton, FL: CRC Press), 243-257. doi: 10.1201/9781420040807.ch9
• Cassens I., Van Waerebeek K., Best P. B., Tzika A., Van Helden A. L., Crespo E. A., et al (2005). Evidence for male dispersal along the coasts but no migration in pelagic waters in dusky dolphins (Lagenorhynchus obscurus). Mol. Ecol. 14 107-121. doi: 10.1111/j.1365-294X.2004.02407.x
• Dutton P. H., Jensen M. P., Frey A., LaCasella E., Balazs G. H., Zárate P., et al (2014a). Population structure and phylogeography reveal pathways of colonization by a migratory marine reptile (Chelonia mydas) in the central and eastern Pacific. Ecol. Evol. 4 4317-4331. doi: 10.1002/ece3.1269

タイトルに関連する用語 (9件)： DNA ,  サンプル ,  ゲノム ,  集団分析 ,  北太平洋 ,  アオウミガメ ,  出生 ,  起源 ,  同定