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J-GLOBAL ID：202002249548776417   整理番号：20A1739144

全ゲノムシークエンシング分析により同定された食品加工環境における発生関連Listeria monocytogenesの移動性遺伝要素の微小進化と獲得または損失【JST・京大機械翻訳】

Microevolution and Gain or Loss of Mobile Genetic Elements of Outbreak-Related Listeria monocytogenes in Food Processing Environments Identified by Whole Genome Sequencing Analysis

著者 (5件)： Yang Helen (Center for Food Safety and Applied Nutrition, Food and Drug Administration, College Park, MD, United States) ,  Hoffmann Maria (Center for Food Safety and Applied Nutrition, Food and Drug Administration, College Park, MD, United States) ,  Allard Marc W. (Center for Food Safety and Applied Nutrition, Food and Drug Administration, College Park, MD, United States) ,  Brown Eric W. (Center for Food Safety and Applied Nutrition, Food and Drug Administration, College Park, MD, United States) ,  Chen Yi (Center for Food Safety and Applied Nutrition, Food and Drug Administration, College Park, MD, United States)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 866  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全ゲノム配列決定(WGS)分析は,リステリア菌(Lm)のトレースバック調査において機器である。長期配列分析が臨床,食品,および環境源からの分離株間の関係を捉え,記述することができることを実証するために,カンタロープ,葉菜,石果実,カラメルリンゴ,リョクトウ,マルチチーズ製品,多重アイスクリーム製品,およびそれらの生産環境に関連した16のLm発生菌株からの366の長読およびショットガン配列分離株を分析した。分析は,発生菌株が,持続的または反復汚染を通して,異なる地域および食品生産環境のゾーンに分布していることを示した。マルチ系統とマルチクローン汚染は一般的であった。さらに,WGSは,異なる時点または同じ施設における異なる生産ラインで採取した分離株の間で区別することができ,処理環境における微小進化事象を明らかにした。完全およびショットガンゲノム間の比較は,同じ発生菌株の分離株が,染色体の2から5%を構成するプラスミドおよび染色体媒介性プロファージの獲得/損失によって大部分多様化することを示した。対照的に,ショットガンゲノムに欠損した他の遺伝子はランダムに散乱し,染色体のΔΨ0.5%を構成した。同じCCの異なる発生菌株の中で,ほとんどの遺伝子規模差は,プラスミド,染色体由来プロファージ,トランスポゾンのようなTn916,およびListeria Genome Island 2のような移動性遺伝要素の獲得/損失によるものであった。同じプロファージにおけるヌクレオチド変異および同じ発生株の分離株間で共有される同じプラスミドは限られ,同じ発生株の分離株を明確にクラスター化する異なるWGSツールを可能にした。いくつかの発生株において,ゲノム骨格におけるプロファージ利得/損失と一塩基多型(SNP)蓄積間の相関が観察された。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *食品 ,  染色体 ,  食品汚染 ,  *食品加工 ,  クラスタ化 ,  *ゲノム ,  リョクトウ ,  プラスミド ,  *Listeria ,  *リステリア菌 ,  プロファージ ,  葉菜 ,  トランスポゾン ,  一塩基多型
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 長距離配列決定 ,  Listeria monocytogenes ,  プロファージ ,  発生 ,  モバイル遺伝要素

分類 (1件)： 食品の汚染  (FJ01053P)

引用文献 (61件)：

• Allard M. W., Strain E., Rand H., Melka D., Correll W. A., Hintz L., et al. (2019). Whole genome sequencing uses for foodborne contamination and compliance: discovery of an emerging contamination event in an ice cream facility using whole genome sequencing. Infect. Genet. Evol. 73, 214-220. doi: 10.1016/j.meegid.2019.04.026
• Angelo K. M., Conrad A. R., Saupe A., Dragoo H., West N., Sorenson A., et al. (2017). Multistate outbreak of Listeria monocytogenes infections linked to whole apples used in commercially produced, prepackaged caramel apples: United States, 2014-2015. Epidemiol. Infect. 145, 848-856. doi: 10.1017/S0950268816003083
• Arndt D., Grant J. R., Marcu A., Sajed T., Pon A., Liang Y., et al. (2016). PHASTER: a better, faster version of the PHAST phage search tool. Nucleic Acids Res. 44, W16-W21. doi: 10.1093/nar/gkw387
• Bouckaert R., Vaughan T. G., Barido-Sottani J., Duchene S., Fourment M., Gavryushkina A., et al. (2019). BEAST 2.5: an advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis. PLoS Comput. Biol. 15:e1006650. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006650
• Burall L. S., Grim C. J., Mammel M. K., Datta A. R. (2016). Whole genome sequence analysis using JSpecies tool establishes clonal relationships between Listeria monocytogenes strains from epidemiologically unrelated listeriosis outbreaks. PLoS ONE 11:e0150797. doi: 10.1371/journal.pone.0150797

タイトルに関連する用語 (12件)： ゲノム ,  シークエンシング ,  分析 ,  同定 ,  食品加工 ,  環境 ,  Listeria ,  移動性 ,  遺伝要素 ,  微小進化 ,  獲得 ,  損失