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J-GLOBAL ID：202002251457800586   整理番号：20A0202918

仮想スクリーニングと計算機シミュレーションの統合はヒトプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼIX(HPPO)に対する光線力学的治療を同定する【JST・京大機械翻訳】

Integration of virtual screening and computational simulation identifies photodynamic therapeutics against human Protoporphyrinogen Oxidase IX (hPPO)

著者 (11件)： Zeb Amir (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Park Chanin (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Son Minky (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Baek Ayoung (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Cho Yeongrae (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Kim Donghwan (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Rampogu Shailima (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Lee Gihwan (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...) ,  Kwak Youn-Sig (Department of Plant Medicine, Gyeongsang National University, 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of Korea) ,  Park Seok Ju (Department of Internal Medicine, College of Medicine, Busan Paik Hospital, Inje University, Republic of Korea) ,  Lee Keun Woo (Division of Applied Life Sciences (BK21 Plus), Plant Molecular Biology and Biotechnology Research Center (PMBBRC), System and Synthetic Agrobiotech Center (SSAC), Research Institute of Natural Science (RINS), Gyeongsang National University (GNU), 501 Jinju-daero, Jinju 52828, Republic of ...)
資料名： Arabian Journal of Chemistry  (Arabian Journal of Chemistry)
巻： 13  号： 1  ページ： 2245-2256  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3189A  ISSN： 1878-5352  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 光線力学療法(PDT)は,固形腫瘍に対する癌管理の急速に発展している領域である。PDTは,光増感剤(ポルフィリン)の注入またはヒトプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ IX(HPPO)の阻害による細胞内プロトポルフィリンIXの蓄積により投与される。本研究では,HPPOの新規阻害剤を,仮想スクリーニング,分子ドッキング,および分子動力学(MD)シミュレーションを統合することによって研究した。HPPOの22の阻害剤の訓練セットからリガンドに基づく薬理作用団を生成した。選択した薬理作用団は,3つの水素結合受容体と1つの疎水性を含む4つの化学的特徴を有した。薬理作用団は,0.96の最も高い相関係数,53.20のコスト差,および0.73の最低二乗平均二乗偏差によって特徴付けられた。結果として得られた薬理作用団をFischer RandomizationとTest Set Validation法により検証した。検証された薬理作用団は,NCI,Asinex,Chembridge,およびMaybridgeを含む化学データベースをスクリーニングするための3D質問として使用された。化学データベースのスクリーニングとその後のLipinskiの法則の適用とADMET評価試験は,1176の薬物様化合物を検索した。薬物様化合物をHPPOの活性部位において分子ドッキング研究を行い,偽陽性ヒットを除去し,それらの真の結合配向を解明した。高いドッキングスコアと触媒活性残基との水素結合相互作用を有するトップ3候補分子を,HPPOに対する最良の候補阻害剤として選択した。選択した候補阻害剤の結合安定性をMDシミュレーションにより評価した。hitのMDシミュレーションは,強い水素結合と,R59,R97,G159,G332およびFADのフラビン部分(HPPOの補酵素)を含むHPPOの触媒活性残基との重要な疎水性相互作用を示した。著者らの研究は,おそらく高濃度のプロトポルフィリン-IXを蓄積し,それにより光線力学療法を通して腫瘍細胞に対する細胞内光増感剤として作用するHPPOに対する3つのヒット化合物を予測する。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ドッキング ,  疎水性相互作用 ,  疎水性 ,  *計算機シミュレーション ,  触媒活性 ,  相関係数 ,  補酵素 ,  *シミュレーション ,  活性部位 ,  三次元 ,  腫瘍細胞 ,  分子動力学 ,  受容体 ,  水素結合 ,  光増感剤

著者キーワード (6件)： 光力学療法(PDT) ,  HPO阻害 ,  仮想スクリーニング ,  薬理作用団モデリング ,  分子ドッキングシミュレーション ,  分子動力学(MD)シミュレーション

分類 (1件)： 植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (7件)： 仮想スクリーニング ,  計算機シミュレーション ,  統合 ,  ヒト ,  プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ ,  光線力学的治療 ,  同定