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J-GLOBAL ID：202002255218503579   整理番号：20A2285759

LROD:k-mer分布に基づく長い読取のための重複検出アルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

LROD: An Overlap Detection Algorithm for Long Reads Based on k-mer Distribution

著者 (7件)： Luo Junwei (College of Computer Science and Technology, Henan Polytechnic University, Jiaozuo, China) ,  Chen Ranran (College of Computer Science and Technology, Henan Polytechnic University, Jiaozuo, China) ,  Zhang Xiaohong (College of Computer Science and Technology, Henan Polytechnic University, Jiaozuo, China) ,  Wang Yan (School of Computer and Information Engineering, Henan University, Kaifeng, China) ,  Luo Huimin (School of Computer and Information Engineering, Henan University, Kaifeng, China) ,  Yan Chaokun (School of Computer and Information Engineering, Henan University, Kaifeng, China) ,  Huo Zhanqiang (College of Computer Science and Technology, Henan Polytechnic University, Jiaozuo, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 632  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 第3世代の配列決定技術は,多くの分野で広く使用されてきた多数の長い読取りを作り出すことができる。ゲノムアセンブリのために長い読取を使用するとき,長い読取のあらゆるペア間の重複検出は重要なステップである。しかし,第三世代配列決定技術の配列決定エラー率は非常に高く,正確なオーバラップ検出結果を得ることは依然として挑戦的な課題である。本研究では,オーバラップ検出結果の精度を改善できる,長読重複検出(LROD)アルゴリズムを提案した。2つの長い読取りの間の重複を検出するために,LRODは最初にそれらの間の固体共通k-merだけを保持する。これらのk-merは重複検出のプロセスを単純化できる。第2に,LRODは,一貫した共通k-merを含む鎖(すなわち,候補重複)を見つける。この段階で,LRODは2つの共通k-merが一貫したかどうかを評価するための2段階戦略を提案する。最後に,LRODは,候補オーバラップが真実であり,それらを修正するかどうかを決定する新しい戦略を使用する。LRODの性能を検証するために,3つのシミュレーションおよび3つの実際の長読データセットを実験に用いた。他の2つの一般的な方法(MHAPとMinimap2)と比較して,LRODはF1スコア,精度および再現に関して良い性能を達成できる。LRODは,利用できる。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  *アルゴリズム ,  簡素化 ,  誤り率
準シソーラス用語： オーバラップ ,  重複検出 ,  ゲノムアセンブリ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 重複検出 ,  アラインメント ,  長い読取 ,  k-mer分布 ,  第3世代配列決定技術

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (27件)：

• Berlin K., Koren S., Chin C., Drake J. P., Landolin J. M., Phillippy A. M. (2015). Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing. Nat. Biotechnol. 33, 623-630. doi: 10.1038/nbt.3238
• Broder A. Z. (1997). "On the resemblance and containment of documents," in Proceedings of the Compression and Complexity of Sequences 1997 (Cat. No. 97TB100171) (Salerno: IEEE), 21-29. doi: 10.1109/SEQUEN.1997.666900
• Chaisson M. J., Tesler G. (2012). Mapping single mole-cule sequencing reads using basic local alignment with successive refinement (BLASR): application and theory. BMC Bioinformatics 13:238. doi: 10.1186/1471-2105-13-238
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タイトルに関連する用語 (3件)： 分布 ,  読取 ,  検出アルゴリズム