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J-GLOBAL ID：202002255609556120   整理番号：20A1896801

ヒト糞便サンプルにおける16S rRNA遺伝子アンプリコン配列の分析のためのバイオインフォマティクスパイプラインとオペレーティングシステムの比較【JST・京大機械翻訳】

Comparison of Bioinformatics Pipelines and Operating Systems for the Analyses of 16S rRNA Gene Amplicon Sequences in Human Fecal Samples

著者 (17件)： Marizzoni Moira (Laboratory of Neuroimaging and Alzheimer’s Epidemiology, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy) ,  Gurry Thomas (Pharmaceutical Biochemistry Group, School of Pharmaceutical Sciences, University of Geneva, Geneva, Switzerland) ,  Provasi Stefania (Laboratory of Biological Psychiatry, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy) ,  Greub Gilbert (Institut de Microbiologie de l’Universite de Lausanne, Lausanne, Switzerland) ,  Lopizzo Nicola (Laboratory of Biological Psychiatry, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy) ,  Ribaldi Federica (Laboratory of Neuroimaging and Alzheimer’s Epidemiology, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy) ,  Ribaldi Federica (Department of Molecular and Translational Medicine, University of Brescia, Brescia, Italy) ,  Ribaldi Federica (Memory Clinic and LANVIE - Laboratory of Neuroimaging of Aging, University Hospitals and University of Geneva, Geneva, Switzerland) ,  Festari Cristina (Laboratory of Neuroimaging and Alzheimer’s Epidemiology, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy) ,  Mazzelli Monica (Laboratory of Biological Psychiatry, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy) ,  Mombelli Elisa (Laboratory of Biological Psychiatry, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy) ,  Salvatore Marco (IRCCS SDN, Naples, Italy) ,  Mirabelli Peppino (IRCCS SDN, Naples, Italy) ,  Franzese Monica (IRCCS SDN, Naples, Italy) ,  Soricelli Andrea (IRCCS SDN, Naples, Italy) ,  Frisoni Giovanni B. (Memory Clinic and LANVIE - Laboratory of Neuroimaging of Aging, University Hospitals and University of Geneva, Geneva, Switzerland) ,  Cattaneo Annamaria (Laboratory of Biological Psychiatry, IRCCS Istituto Centro San Giovanni di Dio Fatebenefratelli, Brescia, Italy)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 1262  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 16SリボソームRNA(rRNA)遺伝子のアンプリコンハイスループット配列決定は,現在,複雑な腸微生物群を研究するために最も広く用いられている技術である。微生物同定は,バイオインフォマティクスパイプラインの選択を含むいくつかの因子によって影響され,研究間の比較を困難にする。ここでは,4つの一般的に用いられるパイプライン(QIIME2,バイオコンダクタ,UPARSEとガウル)を2つの運転システム(OS)(LinuxとMac)で比較し,40のヒト糞便試料の分類学的分類に対するバイオインフォマティクスパイプラインとOSの影響を評価した。SILVA132基準データベースを全てのパイプラインに適用した。Friedman順位和検定を用いて,4つのパイプラインにわたる門と属同定と相対豊度を比較した。QIIME2とBioconductorはLinuxとMac OSで同一の出力を提供したが,UPARSEとガウルはOS間で最小の差しか報告しなかった。Taxa割当は,すべてのパイプラインにわたって,門と属レベルで一致した。しかし,相対豊度に関する差異は,すべての門(p<0.013)およびBacteroides(QIIME2:24.5%,Bioconductor:24.6%,UPARSE-linx:23.6%,UPARSE-mac:20.6%,ガウル-リヌクス:22.2%,ガウル-マック:21.6%,p<0.001)のような最も豊富な属の大部分(p<0.028)に対して同定された。異なるバイオインフォマティクスパイプラインの使用は,腸内微生物群集の相対的豊度の推定に影響し,異なるパイプラインを用いた研究が直接比較できないことを示した。調和操作は,フィールドを前進させるのに必要である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *オペレーティングシステム ,  データベース ,  *rRNA ,  *遺伝子 ,  ヒト ,  腸内微生物 ,  Bacteroides ,  ミクロフローラ ,  Linux
準シソーラス用語： *16S rRNA ,  *アンプリコン ,  *バイオインフォマティクス ,  分類学 ,  微生物同定 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 16S rRNAアンプリコン配列決定 ,  QIIME2 ,  バイオコンダクタ ,  UPARSE ,  moth ,  マイクロバイオーム ,  糞便ヒト試料

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  微生物検査法  (EG02020G) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (38件)：

• Allali I., Arnold J. W., Roach J., Cadenas M. B., Butz N., Hassan H. M., et al (2017). A comparison of sequencing platforms and bioinformatics pipelines for compositional analysis of the gut microbiome. BMC Microbiol. 17:194. doi: 10.1186/s12866-017-1101-8
• Almeida A., Mitchell A. L., Tarkowska A., Finn R. D. (2018). Benchmarking taxonomic assignments based on 16S rRNA gene profiling of the microbiota from commonly sampled environments. Gigascience 7:giy054. doi: 10.1093/gigascience/giy054
• Altomare D., Ferrari C., Festari C., Guerra U. P., Muscio C., Padovani A., et al (2018). Quantitative appraisal of the Amyloid Imaging Taskforce appropriate use criteria for amyloid-PET. Alzheimers Dement 14 1088-1098. doi: 10.1016/j.jalz.2018.02.022
• Amir A., McDonald D., Navas-Molina J. A., Kopylova E., Morton J. T., Zech X. Z., et al (2017). Deblur rapidly resolves single-nucleotide community sequence patterns. mSystems 2:e00191-16. doi: 10.1128/mSystems.00191-16
• Bardou P., Mariette J., Escudié F., Djemiel C., Klopp C. (2014). Jvenn: an interactive venn diagram viewer. BMC Bioinformatics 15:293. doi: 10.1186/1471-2105-15-293

タイトルに関連する用語 (7件)： ヒト ,  糞便 ,  サンプル ,  rRNA遺伝子 ,  アンプリコン ,  分析 ,  オペレーティングシステム