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J-GLOBAL ID：202002259758446633   整理番号：20A2286307

CRISPR/Cas13d仲介微生物RNAノックダウン【JST・京大機械翻訳】

CRISPR/Cas13d-Mediated Microbial RNA Knockdown

著者 (18件)： Zhang Kun (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Zhang Kun (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Zhang Zhihui (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Zhang Zhihui (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Kang Jianan (College of Life Engineering, Shenyang Institute of Technology, Fushun, China) ,  Chen Jiuzhou (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Liu Jiao (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Gao Ning (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Gao Ning (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Fan Liwen (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Fan Liwen (School of Life Sciences, University of Science and Technology of China, Hefei, China) ,  Zheng Ping (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Zheng Ping (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Zheng Ping (School of Life Sciences, University of Science and Technology of China, Hefei, China) ,  Wang Yu (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Wang Yu (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China) ,  Sun Jibin (Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin, China) ,  Sun Jibin (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China)
資料名： Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web)  (Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web))
巻： 8  ページ： 856  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7059A  ISSN： 2296-4185  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA誘導型およびRNA標的化型IV-D CRISPR/Cas系(CRISPR/Cas13d)は,最近,哺乳類および植物細胞における効率的で特異的なRNAノックダウンのために同定され,使用されている。Cas13dは二重RNアーゼ活性を有し,CRISPRアレイを処理でき,プロトスペースフランキング配列(PFS)非依存的に標的RNAを切断する。これらの特性は,このシステムを微生物における多重遺伝子発現調節のための有望なツールにする。ここでは,細菌シャーシのためのCRISPR/Cas13d仲介RNAノックダウンプラットフォームを確立することを目的とした。Ruminococcus flavefaciens XPD3002由来のCasRx,Cas13dは,その高い活性のために選択された。しかし,CasRxは大腸菌とCorynebacterium glutamicumの両方に対して高度に毒性であり,特にそのガイドと標的RNAと協調した。低コピー数ベクター,厳密に制御されたプロモーター,および弱体化リボソーム結合部位を採用して,著者らは,CasRxのための誘導性発現系を首尾よく構築し,大腸菌における緑色蛍光蛋白質(GFP)の発現を抑制するために適用した。インデューサ使用,ガイドRNA(gRNA)構造と組合せ,および標的遺伝子発現レベルを最適化する努力にもかかわらず,最も高い遺伝子抑制効率は蛋白質レベルで30~50%,mRNAレベルで~70%であった。中程度のRNAノックダウンは,おそらく,タイプIV-D免疫の機構として作用し,微生物代謝を混乱させる,バイスタンダーRNAに対する側副切断活性によって引き起こされる。CRISPR/Cas13dに対する細胞応答およびRNAノックダウン効率の改善に関するさらなる研究は,微生物におけるこのシステムの実用化の前に必要である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  インデューサ ,  *微生物 ,  大腸菌 ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  RNアーゼ ,  哺乳類 ,  プロモーター領域 ,  遺伝子発現 ,  ベクター ,  ターゲティング ,  緑色蛍光タンパク質
準シソーラス用語： Corynebacterium glutamicum ,  遺伝子発現調節 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： RNAノックダウン ,  CRISC ,  Cas13d ,  CasRx ,  IV-D型CRISPRエフェクター

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

引用文献 (35件)：

• Abudayyeh O. O., Gootenberg J. S., Essletzbichler P., Han S., Joung J., Belanto J. J., et al (2017). RNA targeting with CRISPR-Cas13. Nature 550 280-284. doi: 10.1038/nature24049
• Abudayyeh O. O., Gootenberg J. S., Konermann S., Joung J., Slaymaker I. M., Cox D. B., et al (2016). C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector. Science 353:aaf5573. doi: 10.1126/science.aaf5573
• Cox D. B. T., Gootenberg J. S., Abudayyeh O. O., Franklin B., Kellner M. J., Joung J., et al (2017). RNA editing with CRISPR-Cas13. Science 358 1019-1027. doi: 10.1126/science.aaq0180
• Cui L., Vigouroux A., Rousset F., Varet H., Khanna V., Bikard D. (2018). A CRISPRi screen in E. coli reveals sequence-specific toxicity of dCas9. Nat. Commun. 9:1912. doi: 10.1038/s41467-018-04209-5
• Gruber A. R., Lorenz R., Bernhart S. H., Neubock R., Hofacker I. L. (2008). The Vienna RNA websuite. Nucleic Acids Res. 36 W70-W74. doi: 10.1093/nar/gkn188

タイトルに関連する用語 (5件)： CRISPR ,  仲介 ,  微生物 ,  RNA ,  ノックダウン