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J-GLOBAL ID：202002267158543315   整理番号：20A2578744

蛋白質-蛋白質ドッキングポーズのアンサンブルのためのCONSRANK様スコアリング関数の評価【JST・京大機械翻訳】

Evaluation of CONSRANK-Like Scoring Functions for Rescoring Ensembles of Protein-Protein Docking Poses

著者 (8件)： Launay Guillaume (CNRS, UMR 5086 Molecular Microbiology and Structural Biochemistry, University of Lyon, Lyon, France) ,  Ohue Masahito (Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan) ,  Prieto Santero Julia (CNRS, UMR 5086 Molecular Microbiology and Structural Biochemistry, University of Lyon, Lyon, France) ,  Matsuzaki Yuri (Tokyo Tech Academy for Leadership, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan) ,  Hilpert Cecile (CNRS, UMR 5086 Molecular Microbiology and Structural Biochemistry, University of Lyon, Lyon, France) ,  Uchikoga Nobuyuki (Department of Network Design, School of Interdisciplinary Mathematical Sciences, Meiji University, Tokyo, Japan) ,  Hayashi Takanori (Department of Computer Science, School of Computing, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan) ,  Martin Juliette (CNRS, UMR 5086 Molecular Microbiology and Structural Biochemistry, University of Lyon, Lyon, France)
資料名： Frontiers in Molecular Biosciences (Web)  (Frontiers in Molecular Biosciences (Web))
巻： 7  ページ： 559005  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7081A  ISSN： 2296-889X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： スコーリングは蛋白質-蛋白質ドッキングにおける困難な段階であり,典型的には数千の溶液が生成される。本研究では,CONSRANK法により,Oliva等(2013)により導入されたコンセンサス-回復の寄与を調べ,そこでは,解のセットを用いて,反復解を同定するための統計を構築した。ベンチマーク4のためのZDOCKデコイセットに関するコンセンサスベースの再スコアリングを実行するいくつかの方法を調査した。界面サイズの情報は,この文脈での成功裏づけのために重要であるが,それ自身におけるコンセンサス再スコアリングは,従来の物理ベース評価よりもあまり良くないことを示す。物理ベースおよびコンセンサスベースの再スコアリングの結果は部分的に重なり,これらのアプローチの組み合わせの使用を支持する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 界面 ,  *ドッキング ,  *タンパク質 ,  ベンチマーク ,  スコーリング
準シソーラス用語： *スコア化 ,  *蛋白質ドッキング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 蛋白質-蛋白質相互作用 ,  ドッキング ,  スコアリング ,  予測 ,  インタフェイス

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子化合物  (CE02000C)

引用文献 (42件)：

• AndreaniJ.FaureG.GueroisR. (2013). InterEvScore: a novel coarse-grained interface scoring function using a multi-body statistical potential coupled to evolution. Bioinformatics 29 1742-1749. doi: 10.1093/bioinformatics/btt260 23652426
• ChengT. M.-K.BlundellT. L.Fernandez-RecioJ. (2007). pyDock: electrostatics and desolvation for effective scoring of rigid-body protein-protein docking. Proteins 68 503-515. doi: 10.1002/prot.21419 17444519
• ChermakE.DonatoR. D.LensinkM. F.PettaA.SerraL.ScaranoV. (2016). Introducing a clustering step in a consensus approach for the scoring of protein-protein docking models. PLoS One 11:e0166460. doi: 10.1371/journal.pone.0166460 27846259
• ChermakE.PettaA.SerraL.VangoneA.ScaranoV.CavalloL. (2015). CONSRANK: a server for the analysis, comparison and ranking of docking models based on inter-residue contacts. Bioinformatics 31 1481-1483. doi: 10.1093/bioinformatics/btu837 25535242
• DominguezC.BoelensR.BonvinA. M. J. J. (2003). HADDOCK: a protein-protein docking approach based on biochemical or biophysical information. J. Am. Chem. Soc. 125 1731-1737. doi: 10.1021/ja026939x 12580598

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質 ,  蛋白質ドッキング ,  ポーズ ,  アンサンブル ,  スコアリング関数 ,  評価