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J-GLOBAL ID：202002267514061983   整理番号：20A2696370

インドのSARS-CoV-2ゲノムの解析は,TMPRS2とウイルス感染の相互作用の増加を予測するスパイク蛋白質におけるD614G変異の罹患率を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Analysis of Indian SARS-CoV-2 Genomes Reveals Prevalence of D614G Mutation in Spike Protein Predicting an Increase in Interaction With TMPRSS2 and Virus Infectivity

著者 (32件)： Raghav Sunil (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Ghosh Arup (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Turuk Jyotirmayee (Regional Medical Research Centre (RMRC), Bhubaneswar, India) ,  Kumar Sugandh (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Jha Atimukta (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Madhulika Swati (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Priyadarshini Manasi (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Biswas Viplov K. (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Shyamli P. Sushree (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Singh Bharati (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Singh Neha (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Singh Deepika (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Datey Ankita (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Avula Kiran (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Smita Shuchi (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Sabat Jyotsnamayee (Regional Medical Research Centre (RMRC), Bhubaneswar, India) ,  Bhattacharya Debdutta (Regional Medical Research Centre (RMRC), Bhubaneswar, India) ,  Kshatri Jaya Singh (Regional Medical Research Centre (RMRC), Bhubaneswar, India) ,  Vasudevan Dileep (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Suryawanshi Amol (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Dash Rupesh (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Senapati Shantibhushan (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Beuria Tushar K. (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Swain Rajeeb (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Chattopadhyay Soma (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Syed Gulam Hussain (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Dixit Anshuman (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Prasad Punit (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India) ,  Odisha COVID-19 Study Group ,  ILS COVID-19 Team ,  Pati Sanghamitra (Regional Medical Research Centre (RMRC), Bhubaneswar, India) ,  Parida Ajay (Institute of Life Sciences (ILS), Bhubaneswar, India)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 594928  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)ウイルスに起因するコロナウイルス病2019(COVID-19)は世界的に世界的流行として出現している。本研究では,ARTICプライマーに基づくアンプリコン配列決定を用いて,インドから225のSARS-CoV-2ゲノムをプロファイル化した。202の高品質集合体の系統解析は,個体群における5つの報告されたクレード19A,19B,20A,20B,および20Cの存在を同定した。分析は,ヨーロッパと東南アジアが,インドの病気の導入とその後の局所伝染の2つの主要な経路であることを明らかにした。興味深いことに,19Bクレードは,インドからこれまでに報告された他のゲノムと比較して,配列決定されたゲノム(17%)においてより一般的であることを見出した。ハプロタイプネットワーク分析は,インドの主にGujarat州と平行して19Aと19Bクレードの進化を示し,それは3月と4月の間,インドにおける疾患伝染の主要な経路のひとつであり,一方,20Bと20Cは20Aから進化するように見えた。同時に,20Aおよび20Bクレードは,Spike蛋白質におけるD614Gとともに,5′UTR,P4715L,F942Fにおける4つの共通変異241C>Tの有病率を示した。D614G変異はウイルスの脱落と感染性を増加させることが報告されている。著者らの分子モデリングおよびドッキング分析は,D614G変異がTMPRSS2プロテアーゼとSpike S1-S2ヒンジ領域の親和性の増強をもたらし,おそらくD614と比較してG614におけるS1ドメインの脱落の増加の理由を明らかにした。さらに,SpikeおよびORF1ab遺伝子のCt値の低下から明らかなように,ウイルス負荷によるG614変異の一致の増加も観察した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  ドッキング ,  遺伝子 ,  *ウイルス感染 ,  *タンパク質 ,  *ゲノム ,  ペプチド結合ヒドロラーゼ ,  親和性 ,  個体群 ,  ハプロタイプ
準シソーラス用語： コロナウイルス ,  アンプリコン ,  ドメイン構造 ,  クレード ,  TMPRSS2 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： SARS-CoV-2 ,  COVID-19 ,  系統発生 ,  インド ,  D614G ,  ウイルスRNA配列決定 ,  蛋白質-蛋白質相互作用

分類 (1件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y)

引用文献 (32件)：

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• FerronF.SubissiL.Silveira, De MoraisA. T.LeN. T. T.SevajolM. (2018). Structural and molecular basis of mismatch correction and ribavirin excision from coronavirus RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 115 E162-E171.

タイトルに関連する用語 (10件)： インド ,  SARS-CoV-2 ,  ゲノム ,  解析 ,  ウイルス感染 ,  相互作用 ,  予測 ,  スパイク蛋白質 ,  変異 ,  罹患率