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J-GLOBAL ID：202002274185474466   整理番号：20A2755547

藻類ホロゲノミクスおよび構造変異発見のためのナノ細孔配列決定の有望な展望【JST・京大機械翻訳】

Promising prospects of nanopore sequencing for algal hologenomics and structural variation discovery

著者 (5件)： Sauvage Thomas (Smithsonian Marine Station, Florida, USA) ,  Schmidt William E. (Biology Department, University of Louisiana at Lafayette, Louisiana, USA) ,  Yoon Hwan Su (Department of Biological Sciences, Sungkyunkwan University, Suwon, Korea) ,  Paul Valerie J. (Smithsonian Marine Station, Florida, USA) ,  Fredericq Suzanne (Biology Department, University of Louisiana at Lafayette, Louisiana, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 1-17  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： MinION Access Program(MAP,2014~2016)は,多様な生物に対する長いナノポアリードの見通しと,化学を改善する迅速な開発による応用の試験を可能にする。2014年に,緑色藻類ホロビオントCaulerpa ashmeadiiの葉緑体ゲノムに対する断片化したIllumina集合に直面して,著者らはMAPに適用して,自然およびハイブリッドアプローチによるこの種のホロゲノムをさらに探求するとともに,そのような不正確さを調査するナノポア読取の見通しを試験した。葉緑体ゲノムは,ナノポアアセンブリの環状分子としてのみ分解され,構造変異体(すなわち葉緑体多型またはヘテロプラスミー)を明らかにした。ナノ細孔集合オルガネラゲノム(クロロプラストおよびミトコンドリア)のシグナルおよびIllumina研磨は,最終品質および現在の限界に対する被覆の重要性を反映した。ハイブリッド集合において,著者らの適度なナノポアデータセットは,より大きな核および細菌ゲノムのアセンブリ長,近接性,反復量,およびビンニングを改善する有望な結果を示した。ホロビオントのナノポアまたはIlluminaデータによるプロファイリングは,6つの推定内部共生体間で優勢なRhodospirillaceae(Alphaproteobacteria)種を明らかにした。非常に断片化されたが,C.ashmeadiiの核ゲノムの累積ハイブリッド集合長は,反復で2.1Mbpを含む24.4Mbpに達し,ゲノムScopeの推定値(反復で4.8Mbpを含む>26.3Mbp)と密接に変動した。著者らの知見は,新しい化学による電流出力と比較して,非常に中程度の数のナノポアR9読み取りに依存し,藻類ホロゲノムの組立とプロファイリングのための技術の有望な展望と構造変化の分解能を示した。ホーミングエンドヌクレアーゼおよび/または逆転写酵素によるレトロホーミングにより媒介される,C.ashmeadiiにおける多型のγ′-クロロタイプの発見が,サイフォングリーン藻類における葉緑体ヘテロプラスミーの最初の報告である。C.ashmeadiiの核と細菌ゲノムの近接性を改善することは,これらの大きなゲノム区画の被覆率を大きく増加させるために,より深いナノポア配列を必要とするであろう。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 研磨 ,  電流 ,  分解能 ,  葉緑体 ,  ミトコンドリア ,  *ゲノム ,  逆転写酵素 ,  Rhodospirillaceae ,  推定量 ,  被覆率
準シソーラス用語： 細菌ゲノム ,  *ナノ細孔 ,  ヘテロプラスミー ,  構造変化 ,  プロファイリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： ヘテロプラスミー ,  ホーミングエンドヌクレアーゼ ,  レトロホーミング ,  ミニオン ,  Caulerpa ,  Ulvophyceae ,  ホロビオティック ,  Rhodospirillaceae科 ,  共生生物 ,  マイクロバイオーム

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (69件)：

• Genomics.; The sequence of sequencers: the history of sequencing DNA; JM Heather, B Chain; 107; 2016; 1-8; 10.1016/j.ygeno.2015.11.003; citation_id=CR1
• Lee H, Gurtowski J, Yoo S, Nattestad M, Marcus S, Goodwin S, W McCombie R, Schatz MC. Third-generation sequencing and the future of genomics. bioRxiv. 2016. https://doi.org/10.1101/048603.
• Genom Proteom Bioinf; Oxford nanopore MinION sequencing and genome assembly; H Lu, F Giordano, Z Ning; 14; 2016; 265-279; 10.1016/j.gpb.2016.05.004; citation_id=CR3
• Nat Methods; A complete bacterial genome assembled de novo using only nanopore sequencing data; NJ Loman, J Quick, JT Simpson; 12; 2015; 733-735; 10.1038/nmeth.3444; citation_id=CR4
• Nat Methods; Detecting DNA cytosine methylation using nanopore sequencing; JT Simpson, RE Workman, PC Zuzarte, D Matei, LJ Dursi, T Winston; 14; 2017; 407-410; 10.1038/nmeth.4184; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 藻類 ,  変異 ,  発見 ,  ナノ細孔 ,  展望