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J-GLOBAL ID：202002278015613739   整理番号：20A2761929

多発性硬化症に関連する遺伝子ネットワークに対する高密度モジュール探索【JST・京大機械翻訳】

Dense module searching for gene networks associated with multiple sclerosis

著者 (7件)： Manuel Astrid M. (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Dai Yulin (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Freeman Leorah A. (Department of Neurology, McGovern Medical School, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Jia Peilin (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Zhao Zhongming (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Zhao Zhongming (Human Genetics Center, School of Public Health, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, USA) ,  Zhao Zhongming (Department of Biomedical Informatics, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, USA)
資料名： BMC Medical Genomics (Web)  (BMC Medical Genomics (Web))
巻： 13  号： 5  ページ： 1-12  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7308A  ISSN： 1755-8794  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多発性硬化症(MS)は,免疫系が中枢神経系を攻撃する複雑な疾患である。MSの病因に寄与する分子機構は,あまり理解されていない。MSのゲノムワイド関連研究(GWAS)はゲノムレベルで重要な少数の遺伝子座を同定したが,それらは主に非コード変異体である。ネットワーク支援分析は,会合シグナルと潜在的翻訳医学応用を有する変異体の機能的役割をより良く解釈するのに役立つ。著者らのチームで開発したGWASツール(dmGWASバージョン2.4)の高密度モジュール探索を,参照ネットワークとしてヒト蛋白質インタラクトームを用いて2つのMS GWASデータセット(GeneMSAとIMSGC GWAS)に適用した。二重評価戦略を用いて,再現性を有する結果を生成した。約7500個の有意なネットワークモジュールが各独立GWASデータセットに対して同定され,20個の有意なモジュールが二重評価から同定された。トップモジュールは,中心遺伝子としてGRB2,HDAC1,JAK2,MAPK1およびSTAT3を含んだ。トップモジュール遺伝子は,”グリア細胞分化の調節”(調整p値=2.58x10-3),”T細胞共刺激”(調整p値=2.11x10-6)および”ウイルス受容体活性”(調整p値=1.67x10-3)のような機能的項で豊富であった。興味深いことに,トップ遺伝子ネットワークは,いくつかのMS FDA承認薬物標的遺伝子HDAC1,IL2RA,KEAP1,およびRELAを含み,著者らのdmGWASネットワーク分析は,GWASシグナルを解釈し,MS薬物標的にリンクする有望なトップモジュールにおけるいくつかの遺伝子(GRB2,HDAC1,IL2RA,JAK2,KEAP1,MAPK1,RELAおよびSTAT3)を強調した。グリア細胞分化に富む遺伝子は,MSにおける神経変性過程を理解し,再ミエリン化治療研究に重要である。重要なことに,T細胞共刺激とウイルス受容体活性に富む同定された遺伝的シグナルは,MSに対するウイルス感染開始仮説を支持した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ネットワーク ,  *遺伝 ,  *遺伝子 ,  ウイルス感染 ,  タンパク質 ,  中枢神経系 ,  ヒト ,  分化 ,  T細胞 ,  グリア細胞 ,  *多発性硬化症 ,  病因 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： 分子機構 ,  インタラクトーム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： GWAS ,  多発性硬化症 ,  dmGWAS ,  ネットワークモジュール ,  遺伝子セット濃縮分析 ,  薬物標的

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (60件)：

• Neurology; The prevalence of MS in the United States: A population-based estimate using health claims data; MT Wallin, WJ Culpepper, JD Campbell, LM Nelson, A Langer-Gould, RA Marrie, GR Cutter, WE Kaye, L Wagner, H Tremlett, SL Buka, P Dilokthornsakul, B Topol, LH Chen, NG LaRocca; 92; 2019; e1-12; 10.1212/WNL.0000000000007035; citation_id=CR1
• Brain; Natural history of multiple sclerosis: a unifying concept; C Confavreux, S Vukusic; 129; Pt 3; 2006; 606-616; 10.1093/brain/awl007; citation_id=CR2
• J Neuro Ophthalmol; New ways of “seeing” the mechanistic heterogeneity of multiple sclerosis plaque pathogenesis; EI Meltzer, FE Costello, EM Frohman, TC Frohman; 38; 2018; 91-100; 10.1097/WNO.0000000000000633; citation_id=CR3
• Nat Rev Immunol; Immunopathology of multiple sclerosis; CA Dendrou, L Fugger, MA Friese; 15; 2015; 545-558; 10.1038/nri3871; citation_id=CR4
• Clin Transl Immunol; Genome-wide association studies of multiple sclerosis; C Cotsapas, M Mitrovic; 7; 2018; 1-9; 10.1002/cti2.1038; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 多発性硬化症 ,  遺伝子ネットワーク ,  高密度 ,  モジュール ,  探索