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J-GLOBAL ID：202002278988327191   整理番号：20A1792579

高次元メタ動力学シミュレーションのためのスケール化超球探索を用いた解析法【JST・京大機械翻訳】

Analytical Method Using a Scaled Hypersphere Search for High-Dimensional Metadynamics Simulations

著者 (2件)： Mitsuta Yuki (Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, Ibaraki, Japan) ,  Shigeta Yasuteru (Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, Ibaraki, Japan)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 16  号： 6  ページ： 3869-3878  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタダイナミクス(MTD)は,自由エネルギー表面を計算し,稀な事象を見つけるための最も効果的な方法の1つである。それにもかかわらず,MTDを用いた多くの研究は,3Dまたは低次元集団変数(CVs)を用いて行われており,高次元CVは高価な計算資源を必要とし,得られた結果は重要な事象を理解するために複雑すぎる。後者の問題は,最小自由エネルギー経路(MFEPs)のエッジ,方程式(EQ)点,および遷移状態(TS)点から成るグラフ構造である自由エネルギー反応ネットワーク(FERN)を利用して便利に解くことができる。本論文では,MTDを用いた高次元CV上のFERNの探索とスケール超球面探索(SHS)法について述べた。7CVsの陽水におけるmet-enkephalinのMTD-SHSシミュレーションに基づく試験計算を行った。その結果,889EQポイントと1805TSポイントを見つけた。MTD-SHSアプローチはMFEPを徹底的に見つけることができる。したがって,FERNはEQとTSポイントの先験的知識なしで推定することができる。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *シミュレーション ,  *計算機シミュレーション ,  ネットワーク ,  遷移状態 ,  球面 ,  *高次元 ,  三次元 ,  *動力学シミュレーション ,  低次元 ,  *計算機利用 ,  *利用
準シソーラス用語： 計算資源 ,  グラフ構造 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  分子化合物  (CE02000C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 高次元 ,  動力学シミュレーション ,  スケール ,  球 ,  探索 ,  解析法