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J-GLOBAL ID：202002287639850499   整理番号：20A0973398

こぶ胃繊毛虫Entodinium caudatumのトランスクリプトームはいくつかの代謝特徴を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

The transcriptome of the rumen ciliate Entodinium caudatum reveals some of its metabolic features

著者 (10件)： Wang Lingling (Department of Animal Sciences, The Ohio State University, Columbus, USA) ,  Abu-Doleh Anas (Department of Biomedical Informatics, The Ohio State University, Columbus, USA) ,  Abu-Doleh Anas (Department of Electrical and Computer Engineering, The Ohio State University, Columbus, USA) ,  Abu-Doleh Anas (Current address: Department of Biomedical Systems and Informatics Engineering, Yarmouk University, Irbid, Jordan) ,  Plank Johanna (Department of Animal Sciences, The Ohio State University, Columbus, USA) ,  Catalyurek Umit V. (Department of Biomedical Informatics, The Ohio State University, Columbus, USA) ,  Catalyurek Umit V. (Department of Electrical and Computer Engineering, The Ohio State University, Columbus, USA) ,  Catalyurek Umit V. (Current address: School of Computational Science and Engineering, Georgia Institute of Technology, Atlanta, USA) ,  Firkins Jeffrey L. (Department of Animal Sciences, The Ohio State University, Columbus, USA) ,  Yu Zhongtang (Department of Animal Sciences, The Ohio State University, Columbus, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 1-18  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 第一胃繊毛虫は,飼料の消化および発酵により第一胃機能において重要な役割を果たし,第一胃ミクロビオームを形成する。しかしながら,それらは,共培養または第一胃における原核生物(共生体を含む)による影響なしで,決定的な直接証拠の欠如のために,ほとんど理解されていない。本研究では,RNA-Seqを用いて,最も優勢で代表的な第一胃繊毛虫種であるEntodiniumcaudatumのトランスクリプトームを特性化した。多数の転写産物のうち,>12,000がNR,UniProt,およびGOデータベースにおけるカーネーション遺伝子に注釈された。多数のCAZymes(リゾチームとキチナーゼを含む)とペプチダーゼをトランスクリプトームで示した。本研究は,細菌および菌類細胞壁の澱粉,ヘミセルロース,ペクチンおよび多糖類を解重合するためのE.caudatumの能力を明らかにし,蛋白質を分解した。多くのシグナル伝達経路は,E.caudatumで機能することが示されているものを含み,多くの転写物により代表されている。トランスクリプトームは,共生,活性酸素種の解毒及び電子輸送鎖に関与する遺伝子の発現も明らかにした。全体として,トランスクリプトームの証拠は,E.caudatumに関する以前の前提のいくつかと一致している。しかしながら,第一胃繊毛虫に特有のリゾチーム,ペプチダーゼおよび他の酵素をコードする特異的遺伝子の同定は,第一胃繊毛虫の活性および成長を制御することにより,窒素利用効率を改善するための特異的で効果的な阻害剤を開発するために標的となる可能性がある。トランスクリプトームデータはまた,E.caudatumの将来のゲノム配列決定における組立とアノテーションを助けるであろう。第一種のルーメン繊毛虫の最初のトランスクリプトームはこれまで配列決定されているので,それは基質スペクトル,発酵経路,種々の生物的および非生物的刺激に応答する能力,およびE.caudatumの他の生理学的および生態学的特徴に対する直接的証拠を提供する。微生物細胞の分解と分解に関与する遺伝子の存在と発現は,その生存と成長に対する他の第一胃微生物の関与に対するE.caudatumの依存性を強調する。これらの遺伝子は,第一胃におけるEntodinium種の標的制御を開発するための将来の研究において探索される可能性がある。トランスクリプトームはまた,E.caudatumおよび他の関連した第一胃繊毛虫の将来のゲノム研究を容易にすることができる。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 細菌 ,  RNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  細胞壁 ,  *繊毛虫類 ,  タンパク質 ,  発酵 ,  ペクチン ,  ペプチダーゼ ,  リゾチーム ,  原核生物 ,  キチナーゼ ,  共培養 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Entodinium Caudatum ,  代謝 ,  RNA-seq ,  ルーメン原虫 ,  トランスクリプトーム

分類 (1件)： 牛  (FD02020Y)

引用文献 (81件)：

• Rumen Microbiology; 2003; CR1; BA Dehority; citation_publisher=Nottingham University Press
• J Anim Sci; Ruminant nutrition symposium: how to use data on the rumen microbiome to improve our understanding of ruminant nutrition; JL Firkins, Z Yu; 93; 4; 2015; 1450-1470; 10.2527/jas.2014-8754; citation_id=CR2
• Front Microbiol; The role of ciliate Protozoa in the rumen; CJ Newbold, G Fuente, A Belanche, E Ramos-Morales, NR McEwan; 6; 2015; 1313; 10.3389/fmicb.2015.01313; citation_id=CR3
• Asian Australas J Anim Sci; The role of protozoa in feed digestion: review; JP Jouany, I Ushida; 12; 1; 1999; 113-128; 10.5713/ajas.1999.113; citation_id=CR4
• J Gen Microbiol; Some cultural studies with holotrich ciliate protozoa of the sheep's rumen; B Sugden, AE Oxford; 7; 1-2; 1952; 145-153; 10.1099/00221287-7-1-2-145; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： こぶ胃 ,  繊毛虫 ,  トランスクリプトーム ,  代謝