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J-GLOBAL ID：202002290685693309   整理番号：20A2217233

バナジウムニトロゲナーゼの結晶構造は反応中間体を含むか?量子精密化からの証拠【JST・京大機械翻訳】

Does the crystal structure of vanadium nitrogenase contain a reaction intermediate? Evidence from quantum refinement

著者 (3件)： Cao Lili (Department of Theoretical Chemistry, Chemical Centre, Lund University, Lund, Sweden) ,  Caldararu Octav (Department of Theoretical Chemistry, Chemical Centre, Lund University, Lund, Sweden) ,  Ryde Ulf (Department of Theoretical Chemistry, Chemical Centre, Lund University, Lund, Sweden)
資料名： Journal of Biological Inorganic Chemistry  (Journal of Biological Inorganic Chemistry)
巻： 25  号： 6  ページ： 847-861  発行年： 2020年 
JST資料番号： W1738A  ISSN： 0949-8257  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最近,V-ニトロゲナーゼの結晶構造を示し,活性部位(S2B)中のμ_2硫化物イオンの1つが軽い原子によって置換され,NHまたはNH_2,すなわち反応中間体を表すことを示した。さらに,硫黄原子はS2Bサイトから7Åであり,それが置換されるとこのイオンの貯蔵サイトを表すことを示唆した。量子精密化,すなわち,経験的拘束(最終構造が化学感覚を保障する)をより正確な量子力学計算で置換する標準的な結晶学的精密化により,この構造を再評価した。これにより,理想構造を予測し,実際の空間Zスコアおよび電子密度差マップのような結晶学的測定を用いて,構造の異なる解釈を試験でき,どの構造が結晶学的生データに最も良く適合するかを決定した。構造はN_2由来反応中間体よりむしろOH-結合状態を含むことを示した。さらに,その構造は,ε>14%非解離S2B配位子を有する活性部位において二重立体配座を示したが,貯蔵部位は完全に占有され,解離リガンドの貯蔵部位を表すという示唆を弱化した。グラフ抽象;Copyright The Author(s) 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： イオン ,  *結晶構造 ,  電子密度 ,  立体配座 ,  *バナジウム ,  活性部位 ,  結晶学 ,  量子論 ,  *反応中間体 ,  精密化

著者キーワード (5件)： ニトロゲナーゼ ,  QM/MM ,  S_2B解離 ,  窒素固定 ,  量子精密化

分類 (3件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  塩基,金属酸化物  (CD01030Z) ,  金属酸化物及び金属カルコゲン化物の結晶構造  (BK07020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 結晶構造 ,  反応中間体 ,  量子 ,  精密化 ,  証拠