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J-GLOBAL ID：202102221970501897   整理番号：21A0017723

Giardia intestinalis細胞にベンチマークされた微生物真核生物のための効率的な単一細胞トランスクリプトミクスワークフロー【JST・京大機械翻訳】

An efficient single-cell transcriptomics workflow for microbial eukaryotes benchmarked on Giardia intestinalis cells

著者 (6件)： Onsbring Henning (Department of Cell and Molecular Biology, Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Tice Alexander K. (Department of Biological Sciences, Mississippi State University, Starkville, USA) ,  Barton Brandon T. (Department of Biological Sciences, Mississippi State University, Starkville, USA) ,  Brown Matthew W. (Department of Biological Sciences, Mississippi State University, Starkville, USA) ,  Ettema Thijs J. G. (Department of Cell and Molecular Biology, Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Ettema Thijs J. G. (Laboratory of Microbiology, Department of Agrotechnology and Food Sciences, Wageningen University, Wageningen, the Netherlands)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-9  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生命の真核生物樹における大部分の多様性は,微生物真核生物によって表され,それはまた,原生者として参照される多系統群である。原生動物の中で,現在配列決定されたゲノムとトランスクリプトームは,実際の多様性の偏った見解を与える。この偏った見解は,生物医学および農業の重要性のある微生物を優先する科学的コミュニティによって部分的に引き起こされる。さらに,いくつかの原生動物は,培養において維持するのが困難であり,それはさらに研究した。培養の時間のかかるプロセスを迂回し,単一原生細胞の遺伝子含有量を直接分析することが可能である。単細胞ゲノムを,個々の原生細胞がゲノム的に探索された最初の実験で使用した。残念なことに,原生生物に対する単一細胞ゲノムは,しばしば低いゲノム回復と関係し,集合過程は反復遺伝子間領域のため複雑である。配列反復配列は,単一細胞トランスクリプトミクスが使用されるならば避けられ,転写されるゲノムの一部を標的にする。本研究では,原生者のためのロバストでより費用対効果の高いワークフローを確立するため,哺乳類細胞のために独自に開発された単一細胞RNA配列決定プロトコルであるSmart-seq2の異なる修飾を試験した。複視性Giardia intestinalisを全ての実験で使用し,この種に対する利用可能なゲノムは我々の結果のベンチマークを可能にした。凍結-融解サイクルをSmart-seq2プロトコルへの追加段階として追加した場合,転写回復の増加を観察することができた。さらに,著者らは,反応体積を減らし,代替ビーズで増幅cDNAを精製し,Smart-seq2の異なるコスト削減変化を試験した。処置を改善しず,半分の容積を減らすと,有意に少ない遺伝子を検出した。また,このプライマーに5′ビオチン修飾を加え,オリゴ-dTの濃度を低下させ,アーチファクトの発生を潜在的に減少させた。凍結融解サイクルの添加と容積の低減を除き,他の修飾は遺伝子検出に有意な変化をもたらさなかった。したがって,著者らは,原生者で働くとき,Smart-seq2に凍結融解サイクルを加え,さらに,コストと時間効率を改善するために記述した他の修正を考察する。提示した単一細胞RNA配列決定ワークフローは,個々の原生細胞の多様性と細胞生物学を探索するための効率的な方法である。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 原生動物 ,  RNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  凍結 ,  ゲノム ,  *真核生物 ,  *Giardia ,  *ベンチマーク ,  ロバスト性 ,  cDNA ,  反復配列 ,  アーチファクト ,  *ワークフロー ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： *単一細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 専門家 ,  微生物真核生物 ,  RNAseq ,  トランスクリプトーム ,  微生物多様性 ,  スマートseq2 ,  単一細胞ゲノミクス ,  Giardia testinalis ,  トランスクリプトーム ,  単一細胞RNA配列決定

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (34件)：

• Nat Ecol Evol; More protist genomes needed; SJ Sibbald, JM Archibald; 1; 5; 2017; 145; 10.1038/s41559-017-0145; citation_id=CR1
• Microb Ecol; Culturing bias in marine heterotrophic flagellates analyzed through seawater enrichment incubations; J Campo, V Balague, I Forn, I Lekunberri, R Massana; 66; 3; 2013; 489-499; 10.1007/s00248-013-0251-y; citation_id=CR2
• ISME J; Metatranscriptomic census of active protists in soils; S Geisen, AT Tveit, IM Clark, A Richter, MM Svenning, M Bonkowski, T Urich; 9; 10; 2015; 2178-2190; 10.1038/ismej.2015.30; citation_id=CR3
• Curr Biol; Marine Protists are not just big Bacteria; PJ Keeling, JD Campo; 27; 11; 2017; R541-R549; 10.1016/j.cub.2017.03.075; citation_id=CR4
• Curr Biol; Morphological identification and single-cell genomics of marine Diplonemids; RMR Gawryluk, J Campo, N Okamoto, JFH Strassert, J Lukes, TA Richards, AZ Worden, AE Santoro, PJ Keeling; 26; 22; 2016; 3053-3059; 10.1016/j.cub.2016.09.013; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： Giardia ,  細胞 ,  ベンチ ,  マーク ,  微生物 ,  真核生物 ,  単一細胞