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J-GLOBAL ID：202102223829228314   整理番号：21A0021770

乳頭状甲状腺癌におけるハブ遺伝子の同定:ロバストなランク凝集と加重遺伝子共発現ネットワーク解析【JST・京大機械翻訳】

Identification of hub genes in papillary thyroid carcinoma: robust rank aggregation and weighted gene co-expression network analysis

著者 (6件)： Liu Yang (Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan, China) ,  Chen Ting-Yu (Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan, China) ,  Yang Zhi-Yan (Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan, China) ,  Fang Wei (Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan, China) ,  Wu Qian (School of Public Health, Xi’an Jiaotong University Health Science Center, Xi’an, People’s Republic of China) ,  Zhang Chao (Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan, China)
資料名： Journal of Translational Medicine (Web)  (Journal of Translational Medicine (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 1-14  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7330A  ISSN： 1479-5876  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最も一般的な内分泌悪性腫瘍である乳頭状甲状腺癌(PTC)は,数年にわたって世界中で着実に増加しているが,PTCの病因と診断の根底にある機構は不完全である。本研究の目的はPTCの診断のための潜在的バイオマーカーを同定し,PTCの病因への新しい洞察を提供することである。加重遺伝子共発現ネットワーク分析に基づいて,ロバストRank凝集,機能的アノテーション,GSEAおよびDNAメチル化を,PTCの診断のための潜在的バイオマーカーを研究するために採用した。ロバストRank凝集および加重遺伝子共発現ネットワーク分析に基づく遺伝子発現Omnibusデータベースの6つの適格遺伝子発現プロファイルから,1807DEGにより構築された遺伝子共発現ネットワークにおいて,黒およびtur化モジュールを同定した。Hub遺伝子は,ハブ遺伝子検証における異なる段階で,有意に下方制御され,ハブ遺伝子の発現レベルは異なった。ROC曲線は,すべてのハブ遺伝子がPTCに対する良好な診断値を有することを示した(ABCA6AUC=89.5%,AUC>90%の15遺伝子)。メチル化分析は,ハブ遺伝子検証ABCA6,ACACB,RMDN1およびTFPIが差次的メチル化遺伝子として同定され,これらの遺伝子の発現レベルの低下が異常なDNAメチル化に関連するかもしれないことを示した。さらに,8つのトップハブ遺伝子の発現レベルは,腫瘍純度と腫瘍浸潤免疫細胞と相関していた。機能的アノテーションとGSEAを含むこれらの所見は,PTCの病因への新しい洞察を提供する。ハブ遺伝子のハブ遺伝子およびメチル化は,潜在的バイオマーカーがPTCの診断のための新たな洞察を提供する可能性があるので,これらすべての所見は,将来におけるPTCの根底にある機構を研究するための方向である可能性がある。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *凝集 ,  データベース ,  *ネットワーク ,  メチル化 ,  *遺伝子 ,  内分泌 ,  *ロバスト性 ,  遺伝子発現 ,  *甲状腺腫瘍 ,  バイオマーカー ,  病因 ,  アノテーション
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  悪性腫瘍 ,  *共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 甲状腺乳頭癌 ,  バイオマーカー ,  DNAメチル化 ,  ロバストなランク集約 ,  重み付き遺伝子共発現ネットワーク解析

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (68件)：

• JAMA; Increases in thyroid cancer incidence and mortality-reply; CM Kitahara, SS Devesa, JA Sosa; 318; 4; 2017; 390-391; 10.1001/jama.2017.7910; citation_id=CR1
• Semin Cancer Biol.; Thyroid autoimmune disorders and cancer; SM Ferrari, P Fallahi, G Elia, F Ragusa, I Ruffilli, SR Paparo; 2019; 10.1016/j.semcancer.2020.03.012; citation_id=CR2
• Eur J Endocrinol; ENDOCRINE TUMOURS: advances in the molecular pathogenesis of thyroid cancer: lessons from the cancer genome; G Riesco-Eizaguirre, P Santisteban; 175; 5; 2016; R203-R217; 10.1530/EJE-16-0202; citation_id=CR3
• J Endocrinol Invest; DNA methylation alterations as therapeutic prospects in thyroid cancer; K Zhang, C Li, J Liu, X Tang, Z Li; 42; 4; 2019; 363-370; 10.1007/s40618-018-0922-0; citation_id=CR4
• Cell Prolif; Suppression of long non-coding RNA TNRC6C-AS1 protects against thyroid carcinoma through DNA demethylation of STK4 via the Hippo signalling pathway; LX Yang, J Wu, ML Guo, Y Zhang, SG Ma; 52; 3; 2019; e12564; 10.1111/cpr.12564; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (9件)： 甲状腺癌 ,  ハブ ,  遺伝子 ,  同定 ,  ロバスト ,  凝集 ,  加重 ,  共発現 ,  ネットワーク解析