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J-GLOBAL ID：202102230238338208   整理番号：21A0722744

分子シミュレーションにより解読されたヒトRNAポリメラーゼIIのヌクレオチド負荷モード【JST・京大機械翻訳】

Nucleotide Loading Modes of Human RNA Polymerase II as Deciphered by Molecular Simulations

著者 (2件)： Genin Nicolas E. J. (Institut de Chimie Organique et Analytique, Universite d’Orleans, 45100 Orleans, France) ,  Weinzierl Robert O. J. (Department of Life Sciences, Imperial College London, London SW7 2AZ, UK)
資料名： Biomolecules (Web)  (Biomolecules (Web))
巻： 10  号： 9  ページ： 1289  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7148A  ISSN： 2218-273X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAポリメラーゼ(RNAP)の隔離された活性部位へのヌクレオシド三リン酸(NTP)侵入の経路をマッピングすることは,完全なヌクレオチド付加サイクルを解明するために大きな意味を持つ。2つの代替,二次チャンネル(CH_2)による直接NTPデリバリー,または触媒作用前の主チャネル(CH1)における下流部位への選択を,提案した。本研究では,RNAPIIに関する自由拡散NTPの加速分子動力学シミュレーションを適用して,CH_2モデルを精密化し,その作用機序を説明するための説得的構造フレームワークを以前に欠いたCH1モデルの原子詳細を明らかにした。下流DNAへのNTPsの拡散と結合,及び活性部位への事前選択NTPの移動を初めてシミュレートした。全原子シミュレーションは,CH1負荷が転写因子IIF(TFIIF)依存性であり,触媒異性化に影響を与えることを支持した。まとめると,代替ヌクレオチド負荷システムは,異なる転写景観を発現させる可能性がある。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 気泡 ,  計算機シミュレーション ,  異性化 ,  三リン酸 ,  DNA【核酸】 ,  *RNAポリメラーゼ ,  ヌクレオシド ,  *ヌクレオチド ,  ヒト ,  活性部位 ,  精密化 ,  *RNAポリメラーゼII
準シソーラス用語： 触媒作用 ,  *分子シミュレーション ,  分子動力学シミュレーション ,  原子論的シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： RNAポリメラーゼ ,  ヌクレオシド三りん酸 ,  主要チャネル ,  二次チャネル ,  三次チャネル ,  下流気泡 ,  負荷 ,  拡散 ,  参入 ,  TFIIF

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (90件)：

• Fu, J.; Gnatt, A.L.; Bushnell, D.A.; Jensen, G.J.; Thompson, N.E.; Burgess, R.R.; David, P.R.; Kornberg, R.D. Yeast RNA polymerase II at 5 Å resolution. Cell 1999, 98, 799-810.
• Zhang, G.; Campbell, E.A.; Minakhin, L.; Richter, C.; Severinov, K.; Darst, S.A. Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 Å resolution. Cell 1999, 98, 811-824.
• Sosunov, V.; Sosunova, E.; Mustaev, A.; Bass, I.; Nikiforov, V.; Goldfarb, A. Unified two-metal mechanism of RNA synthesis and degradation by RNA polymerase. EMBO J. 2003, 22, 2234-2244.
• Westover, K.D.; Bushnell, D.A.; Kornberg, R.D. Structural basis of transcription: Nucleotide selection by rotation in the RNA polymerase II active center. Cell 2004, 119, 481-489.
• Wang, D.; Bushnell, D.A.; Westover, K.D.; Kaplan, C.D.; Kornberg, R.D. Structural Basis of Transcription: Role of the Trigger Loop in Substrate Specificity and Catalysis. Cell 2006, 127, 941-954.

タイトルに関連する用語 (5件)： 分子シミュレーション ,  解読 ,  ヒト ,  RNAポリメラーゼII ,  ヌクレオチド