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J-GLOBAL ID：202102233210128574   整理番号：21A0092148

短いタンデム反復に対する相対的半保存複製と折畳み滑りモデル【JST・京大機械翻訳】

Relatively semi-conservative replication and a folded slippage model for short tandem repeats

著者 (9件)： Zhang Hongxi (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Li Douyue (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Zhao Xiangyan (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Pan Saichao (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Wu Xiaolong (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Peng Shan (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Huang Hanrou (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Shi Ruixue (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China) ,  Tan Zhongyang (Bioinformatics Center, College of Biology, Hunan University, Changsha, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-14  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 実質的にすべてのゲノムにおける短いタンデム反復(STRs)の遍在的存在は,それらの機能的関連性を含意するが,STRの広く受け入れられている定義はまだ確立されていない。以前の研究は,比較的長いSTRsに主に焦点を当て,一方,より短い反復は一般に除外された。ここでは,より短い反復を定義するためのより豊富な基準を採用し,事前解析を欠く多数のSTRsの定義を導いた。この定義を用いて,著者らは,動物,植物,菌類,原生動物,細菌,古細菌およびウイルスをカバーするかなり広い範囲の種から55のランダムに選択したゲノム配列における55のランダムに選択されたセグメントにおける短い反復を分析した。著者らの分析は,すべての55のランダムに選択されたセグメントにおける短い反復の高い割合を明らかにし,高含量の短い反復の普遍的な存在が,すべての生物界を通してゲノムの共通の特性であることを示した。したがって,複製プロセスを比較的半保存できる反復の連続生産に対するメカニズムを仮定することは合理的である。既存の直線滑りモデルの改善により,より明示的に機構を説明するために,ヌクレオチドと水素結合安定性の幾何学的空間を考慮した折りたたみ複製滑りモデルを提案した。折りたたみ滑りモデルは,適切な折りたたみ角を有するモノからヘキサヌクレオチド反復の膨張と収縮を説明することができる。折畳み鋳型ストランドにおける外部力の解析は,短いタンデム反復における収縮よりも膨張がより一般的に存在することを示唆する。折畳み複製滑りモデルはゲノムにおける単純配列反復の連続発生に対する合理的な説明を提供する。このモデルは,STRからゲノムへの進化の説明にも貢献し,半保存複製を補完する代替モデルである。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 水素結合 ,  細菌 ,  動物 ,  原生動物 ,  ヌクレオチド ,  *折畳み ,  ゲノム ,  ストランド ,  古細菌
準シソーラス用語： *縦列反復配列 ,  ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (83件)：

• Science; CANCER genetic diversity of tumors with mismatch repair deficiency influences anti-PD-1 immunotherapy response; R Mandal, RM Samstein, KW Lee, JJ Havel, H Wang, C Krishna, EY Sabio, V Makarov, FS Kuo, P Blecua; 364; 6439; 2019; 485-491; citation_id=CR1
• BMC Genomics; Coevolution between simple sequence repeats (SSRs) and virus genome size; X Zhao, Y Tian, R Yang, H Feng, Q Ouyang, Y Tian, Z Tan, M Li, Y Niu, J Jiang; 13; 1; 2012; 435; citation_id=CR2
• Mol Biol Evol; Comprehensive analysis of simple sequence repeats in pre-miRNAs; M Chen, Z Tan, G Zeng, J Peng; 27; 10; 2010; 2227-2232; citation_id=CR3
• Science; Unstable tandem repeats in promoters confer transcriptional evolvability; MD Vinces, M Legendre, M Caldara, M Hagihara, KJ Verstrepen; 324; 5931; 2009; 1213-1236; citation_id=CR4
• Nat Rev Genet; Microsatellites: simple sequences with complex evolution; H Ellegren; 5; 6; 2004; 435-445; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： タンデム反復 ,  保存 ,  複製 ,  折畳み ,  滑り ,  モデル