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J-GLOBAL ID：202102246029298257   整理番号：21A0021792

イラン人患者のオロナソ咽頭から分離したSARS-CoV-2のORF1abポリ蛋白質の同定と特性化におけるバイオデータマイニングとコンピュータモデリングの組み合わせ【JST・京大機械翻訳】

Combination of Biodata Mining and Computational Modelling in Identification and Characterization of ORF1ab Polyprotein of SARS-CoV-2 Isolated from Oronasopharynx of an Iranian Patient

著者 (3件)： Emameh Reza Zolfaghari (Department of Energy and Environmental Biotechnology, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology (NIGEB), Tehran, Iran) ,  Nosrati Hassan (Department of Materials Engineering, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran) ,  Taheri Ramezan Ali (Nanobiotechnology Research Center, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran)
資料名： Biological Procedures Online (Web)  (Biological Procedures Online (Web))
巻： 22  号： 1  ページ： 1-8  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7302A  ISSN： 1480-9222  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コロナウイルス病2019(COVID-19)は,中国,武漢で始まり,2019年12月に始まり,世界的流行として世界中の他の国に伝染する新興の人畜共通ウイルス感染である。イランは,疫学,生物医学,バイオデータおよびウイルス蛋白質計算モデリング研究を含む研究の多様性に対する潜在的標的としてイラン人患者を作る,COVID-19感染および死亡率症例の表におけるトップランク国の1つである。本研究では,イラン人患者のOnosopharynxから分離したSARS-CoV-2のORF1abポリ蛋白質のCDSと蛋白質配列を検出するためにバイオインフォマティクスバイオデータマイニング法を適用した。次に,計算モデリングと抗原性予測アプローチを通して,同定されたポリ蛋白質配列を分析した。その結果,同定されたORF1abポリ蛋白質はグリシン-プロリンまたは疎水性アミノ酸に富むドメインにおいて高い抗原性残基を持つ非構造蛋白質1(nsp1)の一部に属することが明らかになった。結果は,社会間のCOVID-19の拡大における毒性因子および重要な薬剤としてのnsp1が,将来の疫学,薬剤およびワクチン研究の可能性のある標的になることを明らかにした。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸配列 ,  *咽頭 ,  ウイルス感染 ,  死亡率 ,  *タンパク質 ,  ワクチン ,  イラン・イスラム共和国 ,  ウイルスタンパク質 ,  免疫原性 ,  疫学 ,  キャラクタリゼーション ,  *データマイニング
準シソーラス用語： コロナウイルス ,  *SARSウイルス ,  *重症急性呼吸器症候群 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： SARS-CoV-2 ,  COVID-19 ,  ORF1ab ,  nsp1 ,  バイオデータマイニング ,  蛋白質モデリング

分類 (2件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

引用文献 (80件)：

• Nat Rev Microbiol; Coronaviruses post-SARS: update on replication and pathogenesis; S Perlman, J Netland; 7; 6; 2009; 439-450; 10.1038/nrmicro2147; citation_id=CR1
• Virology.; Identification of N-linked glycosylation sites in the spike protein and their functional impact on the replication and infectivity of coronavirus infectious bronchitis virus in cell culture; J Zheng, Y Yamada, TS Fung, M Huang, R Chia, DX Liu; 513; 2018; 65-74; 10.1016/j.virol.2017.10.003; citation_id=CR2
• Viruses.; Mechanisms of coronavirus cell entry mediated by the viral spike protein; S Belouzard, JK Millet, BN Licitra, GR Whittaker; 4; 6; 2012; 1011-1033; 10.3390/v4061011; citation_id=CR3
• Viruses.; Altering SARS coronavirus frameshift efficiency affects genomic and subgenomic RNA production; EP Plant, AC Sims, RS Baric, JD Dinman, DR Taylor; 5; 1; 2013; 279-294; 10.3390/v5010279; citation_id=CR4
• Front Biosci; The role of programmed-1 ribosomal frameshifting in coronavirus propagation; EP Plant, JD Dinman; 13; 2008; 4873-4881; 10.2741/3046; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (10件)： イラン ,  患者 ,  咽頭 ,  SARS-CoV-2 ,  ポリ蛋白質 ,  同定 ,  特性化 ,  データマイニング ,  コンピュータモデリング ,  組み合わせ