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J-GLOBAL ID：202102246868396090   整理番号：21A0017821

天然異質四倍体Brassica napusの4つの組織におけるホモeolog発現バイアスと発現レベル優性(ELD)【JST・京大機械翻訳】

Homoeolog expression bias and expression level dominance (ELD) in four tissues of natural allotetraploid Brassica napus

著者 (4件)： Li Mengdi (State Key Laboratory of Hybrid Rice, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan, China) ,  Wang Ruihua (State Key Laboratory of Hybrid Rice, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan, China) ,  Wu Xiaoming (Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Oil Crops, Ministry of Agriculture, Oil Crops Research Institute of CAAS, Wuhan, China) ,  Wang Jianbo (State Key Laboratory of Hybrid Rice, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-15  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アロポリ倍数性は被子植物に広く分布し,強い活力と適応性を示す遺伝的および後成的修飾により2つ以上の異なるゲノムを協調できる。2つの二倍体前駆体,B.rapa(ArAr)およびB.oleracea(CoCo)に対する自然同種四倍体Brassica napus(AnAnCnCn)における相同遺伝子発現パターンの変化を調べるために,これら3種の4つの主要組織(茎,葉,花およびシクシ)における全遺伝子対発現パターンをRNA配列決定法を用いて解析した。結果は,自然家畜化の約7500年後に,自然B.napusにおいて,ΔΨ転写現象が軽減され,B.napusにおける最も異なる発現遺伝子(DEG)が,その2つの二倍体前駆細胞におけるそれらと比較して下方制御されたことを示した。KEGG分析は,光合成に関連する3つの経路が,両方の比較グループ(AnAnCnCn対ArArとAnAnCnCn対CoCo)で濃縮され,これらの経路が,B.napusの4つの組織ですべて下方制御されたことを示した。加えて,B.napusにおけるホモエログ発現バイアスと発現レベル優位(ELD)を,27,609B.rapa-B.oleracea orthologous遺伝子対の発現レベルの分析を通して徹底的に研究した。B.napusにおける遺伝子対(平均86.7%)の圧倒的多数は2つの二倍体前駆細胞におけるそれらの発現パターンを維持し,遺伝子対のおよそ78.1%はAサブゲノムに対する選好で発現バイアスを示した。全体として,平均48,29.7および22.3%の相同遺伝子対は,それぞれ,B.napusにおいて,付加的発現,ELDおよび海進的発現を示した。ELDバイアスは組織から組織に変化した。特に,茎とsil果におけるより多くの遺伝子対はELD-Aを示したが,葉と花では逆が観察された。B.napusの遺伝子対において,ダウンレギュレーションより,むしろ,より海進的アップレギュレーションが観察された。一般的に,これらの結果は,約7500年の進化と馴化後の天然B.napusにおける相同遺伝子発現パターンの変化の包括的理解を提供し,アロポリ倍数性の理解を深める可能性がある。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  光合成 ,  順応 ,  ゲノム ,  *アブラナ属 ,  *四倍体 ,  *優性 ,  二倍体 ,  ダウンレギュレーション ,  アップレギュレーション
準シソーラス用語： *Brassica napus ,  多倍数性 ,  遺伝子発現パターン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Homoeolog発現バイアス ,  発現レベル優位性 ,  Brassica napus ,  天然異質四倍体

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  酵素生理  (EH02020J)

引用文献 (72件)：

• Genome Biol Evol; Paleopolyploidy in the Brassicales: analyses of the Cleome transcriptome elucidate the history of genome duplications in Arabidopsis and other Brassicales; MS Barker, H Vogel, ME Schranz; 1; 2009; 391-399; citation_id=CR1
• Annu Rev Plant Biol; Sequencing and analyzing the transcriptomes of a thousand species across the tree of life for green plants; GK Wong, DE Soltis, J Leebens-Mack, NJ Wickett, MS Barker, Y Peer, SW Graham, M Melkonian; 71; 2020; 1.1-1.25; citation_id=CR2
• Adv Genet; Types of polyploids; their classification and significance; GL Stebbins; 1; 1947; 403-429; citation_id=CR3
• Annu Rev Genet; Polyploid incidence and evolution; SP Otto, J Whitton; 34; 2000; 401-437; citation_id=CR4
• Science.; Genomic plasticity and the diversity of polyploid plants; AR Leitch, IJ Leitch; 320; 2008; 481-483; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： Brassica ,  組織 ,  ホモ ,  発現 ,  バイアス ,  優性