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J-GLOBAL ID：202102255779873401   整理番号：21A0099211

インドKolkataからの下痢糞便サンプルの腸内マイクロバイオームとレジストームのメタゲノム解析,および微生物暗黒物質の特徴を含むコアおよび可変微生物相【JST・京大機械翻訳】

Metagenomic analysis of gut microbiome and resistome of diarrheal fecal samples from Kolkata, India, reveals the core and variable microbiota including signatures of microbial dark matter

著者 (3件)： De Rituparna (Division of Bacteriology, National Institute of Cholera and Enteric Diseases, Kolkata, India) ,  Mukhopadhyay Asish Kumar (Division of Bacteriology, National Institute of Cholera and Enteric Diseases, Kolkata, India) ,  Dutta Shanta (Division of Bacteriology, National Institute of Cholera and Enteric Diseases, Kolkata, India)
資料名： Gut Pathogens (Web)  (Gut Pathogens (Web))
巻： 12  号： 1  ページ： 1-48  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7487A  ISSN： 1757-4749  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 腸ミクロビオームとレジストームのメタゲノム解析は,下痢の病因と抗菌剤耐性伝達(AMR)の動力学を理解するために有用である。Kolkataからの20の下痢糞便試料のメタゲノム配列決定を行い,コアと可変腸微生物叢を理解した。これらの試料の5つをレジストーム分析に用いた。パイロット研究は,下痢腸における微生物叢シグネチャと抗菌剤耐性遺伝子(ARGs)の源を決定するために行われた。16S rRNAアンプリコン配列決定をIllumina MiSeqプラットフォームを用いて行い,MGnifyパイプラインを用いて分析した。ゲノムTaxonomyデータベース(GTDB-Tk)を用いて細菌分類学的同定を行った。下痢病因を培養法で測定した。Phylum Firmicutes,Bacteroidetes,Proteobacteria及びActinobacteriaは20試料に一貫して存在した。Firmicutesは11試料で最も豊富な門であった。Bacteroidetes/Firmicutes比は18試料で1未満であった。584属を観察した。これらのうち18は20試料全てに存在した。Proteobacteriaは,コレラ菌感染と関連した6つのサンプルで優勢な門であった。全試料間の操作分類単位(OTU)の保存は,コアミクロビオームの存在を示した。コレラ菌およびHelicobacter pyloriのような病原体の無症候性保菌が見つかった。Candidate門または「微生物暗物質」の兆候が発生した。共生菌と病原体の細菌科の相対存在量の有意な相関を見出した。Illumina MiSeqシステムに関する全ゲノム配列決定(WGS)とメタSPAdes v3.9.1を用いた生読取のアセンブリを,5つのサンプルのレジストームを研究するために実行した。ABRicateを用いてARG機能を割り当てた。491の耐性決定因子を同定した。サンプルの80%において,テトラサイクリン耐性は,最も豊富な耐性決定因子であった。β-ラクタム類,アミノグリコシド類,キノロン類およびマクロライド類に対するARGsの高い豊度を見出した。Eschericia sp.はARGsの主要な寄与因子であった。これは,異なる下痢病原体に関連する腸ミクロビオームの最初の比較研究である。急性下痢患者におけるコアと可変ミクロビオームを表す異なる細菌分類群の最初のカタログを示した。本研究は,下痢に関連する腸微生物叢シグネチャにおける傾向を明らかにし,ARGが豊富に存在し,AMRに寄与するメタゲノム集合ゲノム(MAG)であることを明らかにした。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *微生物 ,  *下痢 ,  抗細菌薬 ,  *ゲノム ,  *ミクロフローラ ,  病原体 ,  コレラ菌 ,  病因
準シソーラス用語： バクテロイデス門 ,  プロテオバクテリア ,  アンプリコン ,  ゲノム配列 ,  *メタゲノム ,  Firmicutes , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生態  (EG03040J)

引用文献 (80件)：

• Lancet Infect Dis.; Estimates of the global, regional, and national morbidity, mortality, and aetiologies of diarrhoea in 195 countries: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2016; ; 18; 11; 2018; 1211-1228; citation_id=CR1
• https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/diarrhoeal-disease Accessed on 3rd December,2019.
• https://www.cdc.gov/healthywater/pdf/global/programs/Globaldiarrhea508c.pdf Accessed on 3 Dec 2019.
• Am J Trop Med Hyg; Diarrhea as a cause and an effect of malnutrition: diarrhea prevents catch-up growth and malnutrition increases diarrhea frequency and duration; RL Guerrant, JB Schorling, JF McAuliffe, MA Souza; 47; 1; 1992; 28-35; citation_id=CR4
• BMC Med.; Determinants of linear growth faltering among children with moderate-to-severe diarrhea in the Global Enteric Multicenter Study; RL Brander, PB Pavlinac, JL Walson, GC John-Stewart, MR Weaver, ASG Faruque; 17; 1; 2019; 214; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (14件)： インド ,  下痢 ,  糞便 ,  サンプル ,  腸 ,  マイクロバイオーム ,  レジ ,  ストーム ,  メタゲノム解析 ,  微生物 ,  暗黒物質 ,  コア ,  可変 ,  微生物相