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J-GLOBAL ID：202102256273988851   整理番号：21A1955744

志賀毒素産生大腸菌における遺伝子発現のエピジェネティック調節:トランスクリプトームデータ【JST・京大機械翻訳】

Epigenetic regulation of gene expression in Shiga toxin-producing Escherichia coli: Transcriptomic data

著者 (3件)： Carter Michelle Qiu (U.S. Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Western Regional Research Center, Produce Safety and Microbiology Research Unit, Albany, CA, USA) ,  Hu Bin (Biosecurity and Public Health Group, Bioscience Division, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, USA) ,  Chain Patrick S.G. (Biosecurity and Public Health Group, Bioscience Division, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, USA)
資料名： Data in Brief  (Data in Brief)
巻： 36  ページ： Null  発行年： 2021年 
JST資料番号： W3049A  ISSN： 2352-3409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 志 Shiga毒素産生大腸菌(STEC)株RM13514は,米国における2010年ロマインレタス関連発生に関連する臨床分離株である。II型制限と修飾系,PstI R-Mをコードする遺伝子は,志 Shiga毒素をコードするプロファージゲノムに位置する。RM13514株におけるDNAアデニンメチラーゼをコードするPstI R-M遺伝子またはダムのフレーム内欠失は,それぞれ2つの突然変異株MQC599およびMQC602を生じた。変異株MQC599は,37°CでLuria-Bertani(LB)ブロスで増殖するとき,野生型(WT)株RM13514と同じ増殖速度を示した。対照的に,変異株MQC602の増殖はRM13514またはMQC599のどちらかよりも有意に遅かった。PstI R-M系またはDamにより転写調節された遺伝子を,RNA-Seqに基づく比較トランスクリプトミクスによって調べた。全RNAは,対数および定常相でLBブロスで増殖した各株の細胞から抽出した。3つの生物学的複製を各菌株に対して収集した。リボソームRNAの除去後,mRNAをcDNAに変換し,次いでIllumina配列ライブラリーを構築した。RM13514株とMQC599株では,6種のライブラリーが,それぞれ,指数増殖期の細胞から3種,および静止期の細胞から3種に発生した。MQC602株では,初期指数増殖期の細胞から3つの追加ライブラリーを構築した。得られた21ライブラリーを等しい量で組み合わせ,Paired End 100bp(PE100)読取フォーマットでIllumina HighSeq 2000機器で配列決定し,合計45.83Gbp配列読取を作成した。配列データのこのセットは,BioProject登録番号PRJNA684587の下でNCBI SRAデータベースで利用可能である。トランスクリプトミクスデータのこのセットは,大きな流行発生としばしば関連する重要な食品媒介病原体であるSTECにおけるメチル化媒介エピジェネティック調節に関する情報を提供し,ヒトにおいて生命を脅かす病気を引き起こす。このデータセットは,食品媒介病原体の生理学および病原性,または細菌における後成的調節の基本的機構に興味を持つ研究者にとって有用である。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *大腸菌 ,  RNA【核酸】 ,  mRNA ,  rRNA ,  *遺伝子 ,  *毒素 ,  ヒト ,  肉汁 ,  プロファージ ,  cDNA ,  *遺伝子発現 ,  *エピジェネティクス
準シソーラス用語： *Shiga毒素 ,  トランスクリプトーム解析 ,  Shiga毒素産生性大腸菌 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 志賀毒素産生大腸菌(STEC) ,  DNAアデニンメチラーゼ(Dam) ,  制限と修正(R-M)システム ,  エピジェネティックな調節 ,  RNA-Seqトランスクリプトミクス

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  食品の汚染  (FJ01053P)

タイトルに関連する用語 (6件)： 志賀毒素 ,  大腸菌 ,  遺伝子発現 ,  エピジェネティック ,  調節 ,  トランスクリプトーム