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J-GLOBAL ID：202102265725911718   整理番号：21A0095401

改良h指数アルゴリズムに基づく動的蛋白質ネットワークにおける必須蛋白質の同定【JST・京大機械翻訳】

Identifying essential proteins in dynamic protein networks based on an improved h -index algorithm

著者 (4件)： Dai Caiyan (College of Artificial Intelligence and Information Technology, Nanjing University of Chinese Medicine University, Nanjing, China) ,  He Ju (College of Artificial Intelligence and Information Technology, Nanjing University of Chinese Medicine University, Nanjing, China) ,  Hu Kongfa (College of Artificial Intelligence and Information Technology, Nanjing University of Chinese Medicine University, Nanjing, China) ,  Ding Youwei (College of Artificial Intelligence and Information Technology, Nanjing University of Chinese Medicine University, Nanjing, China)
資料名： BMC Medical Informatics and Decision Making (Web)  (BMC Medical Informatics and Decision Making (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 1-10  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7433A  ISSN： 1472-6947  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質ネットワークにおける必須蛋白質は,複雑な細胞機能および蛋白質進化において重要な役割を果たす。したがって,ネットワークにおける必須蛋白質の同定は,基本的な細胞ネットワークの構造,機能,および動力学を説明するのを助けることができる。既存の動的蛋白質ネットワークは,すべての時点で同じように蛋白質成分に関する。しかし,蛋白質の役割は時間とともに変化する。必須蛋白質を同定する精度を改善するために,減衰係数法に基づく改良h指数アルゴリズムを本論文で提案した。この方法は,必須蛋白質探索の精度を改善するために,以前に無視されたノード情報を組み込んだ。適切な減衰係数の選択に基づいて,異なる必須蛋白質探索アルゴリズムの単調性,SN,SP,PPVおよびNPVのような値を試験した。実験結果は,本論文で提案したアルゴリズムが,より必須な蛋白質を同定しながら,見出された蛋白質の精度を確実にすることができることを示す。記述した実験は,この方法が動的蛋白質ネットワークにおける必須蛋白質の同定において他の類似の方法よりも有効であることを示した。本研究は,生命活動の機構をより良く説明し,標的薬物の研究開発のための理論的基礎を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アルゴリズム ,  *ネットワーク ,  *タンパク質 ,  減衰定数
準シソーラス用語： 探索アルゴリズム ,  単調性 ,  細胞ネットワーク ,  細胞機能 ,  *蛋白質ネットワーク ,  蛋白質進化 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

引用文献 (30件)：

• Appl Intell; Ensemble learning for protein multiplex subcellular localization prediction based on weighted KNN with different features; S Qiao, B Yan, J Li; 48; 7; 2018; 1813-1824; 10.1007/s10489-017-1029-6; citation_id=CR1
• IEEE Transact Nano Biosci; Prediction of essential proteins based on overlapping essential modules; B Zhao, J Wang, M Li, FX Wu, Y Pan; 13; 4; 2014; 415-424; 10.1109/TNB.2014.2337912; citation_id=CR2
• BMC Syst Biol; Iteration method for predicting essential proteins based on orthology and protein-protein interaction networks; W Peng, JX Wang, W Wang; 6; 1; 2012; 87; 10.1186/1752-0509-6-87; citation_id=CR3
• Futur Gener Comput Syst; Efficient method for identifying influential vertices in dynamic networks using the strategy of local detection and updating; S Wang, S Cuomo, S Mei, W Cheng, N Xu; 91; 2019; 10-24; 10.1016/j.future.2018.08.047; citation_id=CR4
• BMC Bioinform; Sparse regressions for predicting and interpreting subcellular localization of multi-label proteins; S Wan, MW Mak, SY Kung; 17; 1; 2016; 97; 10.1186/s12859-016-0940-x; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： h指数 ,  アルゴリズム ,  蛋白質ネットワーク ,  蛋白質 ,  同定