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J-GLOBAL ID：202102273605892029   整理番号：21A1151102

公開CLIP-SeqデータセットからのRBP-circRNA相互作用の大規模プロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Large-Scale Profiling of RBP-circRNA Interactions from Public CLIP-Seq Datasets

著者 (10件)： Zhang Minzhe (Quantitative Biomedical Research Center, Department of Clinical Sciences, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Wang Tao (Quantitative Biomedical Research Center, Department of Clinical Sciences, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Wang Tao (Harold C. Simmons Comprehensive Cancer Center, UT Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Wang Tao (Center for the Genetics of Host Defense, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Xiao Guanghua (Quantitative Biomedical Research Center, Department of Clinical Sciences, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Xiao Guanghua (Harold C. Simmons Comprehensive Cancer Center, UT Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Xiao Guanghua (Department of Bioinformatics, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Xie Yang (Quantitative Biomedical Research Center, Department of Clinical Sciences, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Xie Yang (Harold C. Simmons Comprehensive Cancer Center, UT Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA) ,  Xie Yang (Department of Bioinformatics, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 54  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環状RNAは,その形成と機能を研究することにおいて,最近多くの研究興味を引きつけた特殊な型のRNAである。循環RNAと結合するRNA結合蛋白質(RBP)は,これらの過程において重要であるが,比較的研究されていない。CLIP-Seq技術を考案し,ゲノムワイド規模でのRBP-RNA相互作用プロファイルに適用した。mRNAは通常CLIP-Seq実験の焦点であるが,RBP-circRNA相互作用はCLIP-Seqデータセットの特殊解析により同定できた。しかし,CLIP-Seq読み出しの通常短い読取長のような,このプロセスには多くの技術的困難が含まれる。本研究では,CLIP-Seqデータで循環RNAをプロファイリングし,RBP-circRNA相互作用の特徴を解析するClircと呼ばれるパイプラインを作成した。結論として,この知見は,CLIP-Seqデータセットを再精製することを通してサーコRNAとそれらの結合パートナーを研究するための最初の研究の一つであり,著者らの研究がサーコRNAの生合成と機能への将来の研究のための貴重な資源になると期待する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  RNA生合成 ,  RNA結合タンパク質
準シソーラス用語： プロファイリング ,  読出し ,  *環状RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Circ-RNA ,  CLIP-Seq ,  RBP

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (41件)：

• Memczak, S.; Jens, M.; Elefsinioti, A.; Torti, F.; Krueger, J.; Rybak, A.; Loewer, A. Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency. Nature 2013, 495, 333.
• Jeck, W.R.; Sorrentino, J.A.; Wang, K.; Slevin, M.K.; Burd, C.E.; Liu, J.; Sharpless, N.E. Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats. RNA 2013, 19, 141-157.
• Starke, S.; Jost, I.; Rossbach, O.; Schneider, T.; Schreiner, S.; Hung, L.H.; Bindereif, A. Exon circularization requires canonical splice signals. Cell Rep. 2015, 10, 103-111.
• Wang, Y.; Wang, Z. Efficient backsplicing produces translatable circular mRNAs. RNA 2015, 21, 172-179.
• Guo, J.U.; Agarwal, V.; Guo, H.; Bartel, D.P. Expanded identification and characterization of mammalian circular RNAs. Genome Biol. 2014, 15, 409.

タイトルに関連する用語 (7件)： 公開 ,  CLIP ,  データセット ,  circRNA ,  相互作用 ,  大規模 ,  プロファイリング