文献

J-GLOBAL ID：202102281392952770   整理番号：21A0211738

3Dゲノムの動的状態の理解に向けて【JST・京大機械翻訳】

Toward understanding the dynamic state of 3D genome

著者 (3件)： Shinkai Soya (Laboratory for Developmental Dynamics, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, Kobe 650-0047, Japan) ,  Onami Shuichi (Laboratory for Developmental Dynamics, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, Kobe 650-0047, Japan) ,  Nakato Ryuichiro (Laboratory of Computational Genomics, Institute for Quantitative Biosciences, The University of Tokyo, Tokyo 113-0032, Japan)
資料名： Computational and Structural Biotechnology Journal  (Computational and Structural Biotechnology Journal)
巻： 18  ページ： 2259-2269  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3522A  ISSN： 2001-0370  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 三次元(3D)ゲノム組織とその生物活性における役割を,細胞生物学の分野で10年間にわたって調べた。ライブイメージングとポリマーシミュレーションを用いた最近の研究は,高次クロマチン構造が動的であることを示唆する。ヌクレオソームとゲノム遺伝子座の確率的変動は,バルクベースの染色体立体配座捕獲技術(Hi-C)によって捉えられない。このレビューにおいて,3Dゲノム構造の物理的性質に焦点を当てた。最初に,高分子モデリングでバルクHi-Cデータを解読する方法について述べた。次に,確率的熱雑音の存在における3Dゲノム構成の変動をモデル化するための計算ツール,最近開発したPHi-C法を紹介した。また,時間にわたるゲノム領域の柔軟性および剛性の尺度として,動的レオロジー特性(ミクロレオロジースペクトルとして表示)を解析する別の新しい方法も提示した。実際のHi-Cデータにこれらの方法を適用することにより,3Dゲノム構成に埋め込まれた時間階層を浮き彫りにした。クロマチン相互作用境界は境界内部より剛性であるが,機能的ドメインは特定の時間間隔内で動的変動として現れる。著者らの方法は,生細胞イメージングとHi-Cデータの間のギャップを埋め,動的3Dゲノム構成の性質を明らかにする。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  重合体 ,  相互作用 ,  立体配座 ,  剛性 ,  クロマチン ,  染色体 ,  *ゲノム ,  捕獲 ,  生物活性 ,  ヌクレオソーム ,  *三次元 ,  ライブイメージング ,  クロマチン構造 ,  機械的性質
準シソーラス用語： 生細胞イメージング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 3Dゲノム構成 ,  Hi-C ,  高分子モデリング ,  高分子シミュレーション ,  マイクロレオロジー

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  細胞構成体一般  (EF03010Z)

タイトルに関連する用語 (3件)： 3D ,  ゲノム ,  理解